ESBLYGIAD GENOME
PNAS
Tarddiad esblygiadol a hanes dofi pysgod aur (Carassius auratus)
PacBio |Illumina |Map Genom Bionano |Cynulliad Genom Hi-C |Map Genetig |GWAS |RNA-Seq
Uchafbwyntiau
Diweddarwyd genom 1.Goldfish gyda fersiwn cydosod o ansawdd uchel, gan angori 95.75% o contigau i mewn i 50 ffugochromosom (Sgaffald N50=31.84 Mb).Datgysylltwyd dau isgenom.
2.Cafodd rhanbarthau genomig o ysgubiadau dethol yn ystod dofi eu nodi o ddata dilyniannu 201 o unigolion, gan ddadorchuddio dros 390 o enynnau ymgeisydd sy'n debygol o fod yn gysylltiedig â nodweddion dofi.
Datgelodd 3.GWAS ar asgell ddorsal mewn pysgod aur domestig 378 o enynnau ymgeisiol a allai fod yn gysylltiedig.Nodwyd gohebydd tyrosine-protein kinase fel genyn achosol ymgeisydd sy'n gysylltiedig â thryloywder
Cefndir
Pysgod Aur (Carassius auratus) yw un o'r pysgod ffermio pwysicaf, a gafodd eu dof o garp crucian yn Tsieina hynafol.Dywedwyd wrthynt gan Charles Darwin fel “Wrth basio amrywiaeth bron yn ddiddiwedd o liw, rydym yn cwrdd â'r addasiadau strwythur mwyaf rhyfeddol”.Mae nodweddion hynod amrywiol a hanes hir o ddofi a bridio yn gwneud pysgod aur yn system model genetig ardderchog ar gyfer ffisioleg ac esblygiad pysgod.
Llwyddiannau
Genom pysgod aur
Jmae dadansoddiad eli o ddata dilyniannu pen pâr PacBio ac Illumina yn esgor ar gynulliad drafft cychwynnol o 1.657 G (Contig N50=474 Kb).Cynhyrchwyd map optegol Bionano a chywirodd y cynulliad i 1.73 Gb o ran maint (Amcangyfrif o faint genom: 1.8 Gb).Gwellodd y cynulliad yn seiliedig ar Hi-C sgaffald N50 ymhellach o 606 Kb i 31.84 Mb a chyflawnodd gyfradd angori gogwyddo a threfnus o 95.75% (1.65 Gb).Mae'r genom yn cynnwys 56,251 o enynnau codio a 10,098 o drawsgrifiadau hir heb godio.Ar ben hynny, rhagwelwyd 38 o ranbarthau centromig posibl allan o 50 cromosom.
Ffig.1 Genom pysgod aur
Tnodwyd setiau clir o isgenomau yn y 50 cromosom pysgod aur a ddeilliodd o ddigwyddiad hybrideiddio hynafol.Diffiniwyd y set o gromosomau gyda chyfran uwch o ddarlleniadau wedi'u halinio rhwng pysgod aur a Barbinae fel isgenom A (ChrA01 ~ A25), hy isgenom sy'n gyffredin i Barbinae, a'r gweddillion fel isgenom B (ChrB01 ~ B25).
Domestig a sgubo dethol
Aroedd cyfanswm o 16 carp crucian math gwyllt a 185 o amrywiadau pysgod aur cynrychioliadol yn ddilyniant gyda dyfnder dilyniannu cyfartalog o tua 12.5X, gan gynhyrchu 4.3 o gronfeydd data.Cadarnhaodd adluniad ffylogenetig a dadansoddiad PCA berthynas agosach rhwng pysgod aur cyffredin a charp crucian na physgod aur eraill, a rannodd yr olaf yn ddwy linach.
LRoedd dadansoddiad pydredd D ar fwy na phedwar isboblogaeth yn cefnogi bodolaeth tagfa enetig yn y boblogaeth yn ystod y dofi a detholiad artiffisial cryf mewn pysgod aur.Roedd amrywiaeth genetig gynyddol (π) o garp crucian i bysgod aur cyffredin ymhellach i bysgod aur Wen a physgod aur Egg yn dangos bod amrywiadau genetig yn cronni'n sylweddol yn ystod eu dofi.Canfuwyd 50 o ranbarthau genomig ysgubo dethol yn cwmpasu 25.2 Mb a 946 o enynnau o ddata cynrychioliadol (33 pysgodyn aur ac 16 crap crucian).Wrth ehangu'r dadansoddiad i 201 o unigolion, nododd 393 o enynnau ranbarthau o ehangiad dethol wedi'i gwblhau.Canfuwyd y genynnau hyn o amrywiaeth isel, sy'n debygol o gyfrannu at y ffenoteipiau sy'n gysylltiedig â phrif nodweddion domestig pysgod aur.
Ffig.3 Dadansoddiad domestig-gysylltiedig â genom
GWAS ar bysgod aur dof
DMae asgell y geg yn nodwedd allweddol sy'n gwahaniaethu pysgod aur Wen oddi wrth bysgod aur Egg.Datgelodd GWAS o asgell ddorsal ar 96 pysgodyn aur Wen ac 87 pysgodyn aur wyau 378 o enynnau ymgeisiol wedi'u lledaenu ar draws 13 cromosom a gwelwyd dosbarthiad anwastad o'r genynnau hyn rhwng isgenomau.Amlygodd dadansoddiad swyddogaethol ar yr ymgeiswyr genynnau hyn brosesau biolegol gan gynnwys “Sylwadau derbynnydd arwyneb celloedd”, “Cludiant trawsbilen”, “Datblygiad system ysgerbydol”, ac ati.
Ffig.4 GWAS o asgell ddorsal ar bysgod aur dof
In GWAS o nodweddion tryloyw cysylltiedig â graddfa, canfuwyd un brig cysylltiad cryf.Nodwyd genyn sy'n amgodio derbynnydd tyrosin-protein kinase yn un o'r rhanbarthau ymgeisiol.
Ffig.5 GWAS o nodweddion tryloyw cysylltiedig â graddfa
Cyfeiriad
Chen D et al.Tarddiad esblygiadol a hanes dofi pysgod aur (Carassius auratus).PNAS (2020)
Newyddion yn anelu at rannu'r achosion llwyddiannus diweddaraf gyda Biomarker Technologies, gan ddal cyflawniadau gwyddonol newydd yn ogystal â thechnegau amlwg a ddefnyddiwyd yn ystod yr astudiaeth.
Amser postio: Ionawr-04-2022