ESBLYGIAD GENOME
Genom De novo
Cynulliad|Penderfyniad rhyw Darparwyd yr holl waith dilyniannu a gwasanaethau biowybodeg rhannol gan Biomarker Techonologies.
Haniaethol
“Mae ffenoteip eiconig môr-dragons yn cynnwys atodiadau tebyg i ddeilen, ceg tiwbaidd heb ddannedd, a beichiogrwydd gwrywaidd sy'n cynnwys deori wyau wedi'u ffrwythloni ar “glytiog epil.”Rydym yn dad-ddilyn genomau gwrywaidd a benywaidd o'r môr-y-môr cyffredin (Phyllopteryx taeniolatus) a'i rywogaethau sy'n perthyn yn agos, yr aligator pibysgodyn (Syngnathoides biaculeatus).Mae proffiliau trawsgrifio o newydd-deb esblygiadol, yr atodiadau tebyg i ddeilen, yn dangos bod set o enynnau sydd fel arfer yn ymwneud â datblygu esgyll wedi'u cyfethol yn ogystal â chyfoethogi sgriptiau trawsgrifio ar gyfer genynnau atgyweirio meinwe posibl ac amddiffyn imiwn.Canfuwyd bod y mutants zebrafish ar gyfer scpp5, sy'n cael ei golli ym mhob syngnathid, yn brin o ddannedd pharyngeal neu wedi dadffurfio, gan gefnogi'r ddamcaniaeth bod colli scpp5 wedi cyfrannu at golli dannedd mewn syngnathidau.Nodwyd locws tybiedig sy'n pennu rhyw yn amgodio genyn amhr2y gwrywaidd-benodol a rennir gan bysgod môr môr ac aligator cyffredin. ”
Deunyddiau a dulliau:
Defnyddiau
Fein mordragon cyffredin (P. taeniolatus) a dau bysgodyn pib aligator (S. biaculeatus) sbesimenau.Defnyddiwyd dau mordragon cyffredin (un gwryw ac un fenyw) a dau bysgodyn aligator (un gwryw ac un fenyw) ar gyfer dilyniannu genom cyfan, a defnyddiwyd dau unigolyn seadragon cyffredin gwrywaidd arall ar gyfer dilyniannu genomau.
Strategaeth Dilyniannu Genom
2Llyfrgell 70/350 bp (Hiseq 2500) + Pacbio 20Kb (Sequel) neu Nanopore 30 Kb (MinION)+ Hi-C (NovaSeq 6000). dilyniannu, a defnyddiwyd dau unigolyn seadragon cyffredin gwrywaidd arall ar gyfer dilyniannu genomau.
Dilyniannu Trawsgrifiadol
Fneu fe gasglwyd sedragon cyffredin, ymennydd, llygad, tagell, afu, calon, aren, mesentri, coluddyn, cyhyr, esgyll, croen, atodiadau tebyg i ddeilen, ceilliau, ac ofari.
Strategaeth cynulliad Genome de novo
Canu (Cywiro) + WTDBG2 (Cynulliad) + Pilon (Pwyleg) + Lachesis (Hi-C).
Prif Ganlyniadau
Ffig. 1. Nodweddion allweddol y mordragon cyffredin (P. taeniolatus) a'r pibysgodyn aligator (S. biaculeatus) a'u safleoedd ffylogenetig.
Ffig. 2. Morffoleg a chyfansoddiad genetig yr atodiadau tebyg i ddeilen yn y môr-dragon cyffredin (P. taeniolatus).
Ffig. 3. Genyn pennu rhyw tybiedig yn y seadragon cyffredin (P. taeniolatus) a'r pibysgodyn aligator (S. biaculeatus).
Ffig. 4. Ffenoteipiau dannedd pharyngeal mewn mutants homosygaidd zebrafish scpp5.
Amser post: Ionawr-08-2022