ESBLYGIAD GENOME, PANGENOME
Beth yw Pan-genom?
Mae tystiolaeth gronnus yn dangos y gall amrywiaeth rhwng gwahanol fathau o rywogaeth fod yn enfawr.Mae un genom sengl ymhell o fod yn ddigon i gael y darlun cyfan o wybodaeth enetig un rhywogaeth.Pwrpas astudiaeth Pan-genom yw cael graff genomig mwy cynhwysfawr o rywogaeth a dadgodio'r berthynas rhwng nodweddion a chodau genetig trwy gynnal cydosod genome de novo o rywogaethau niferus, sy'n caniatáu cloddio'r amrywiadau yn ddyfnach ac yn ehangach.
Tueddiadau Astudiaeth Pan-genom
Ffigur 1 Tueddiadau papurau ymchwil cyhoeddedig Pan-genom.
Nodyn: Mae’r ffigwr yn dangos canlyniad cymryd “pan-genom” fel y gair allweddol i chwilio teitlau erthyglau a gyhoeddwyd yng nghyfnodolion cyfres Nature, Cell and Science
a.Mae darlleniadau o samplau lluosog wedi'u halinio â chyfeirnod ac mae rhai heb eu halinio yn cael eu cydosod yn contigs newydd.Trwy ychwanegu'r contigau newydd hyn at y dilyniant cyfeirio gwreiddiol, gellir llunio cyfeiriad pangenom.Penderfynir ar ranbarthau trosglwyddadwy ar sail mapio pob darlleniad yn ôl i'r pangenom.
b.Mae cynulliad de novo o genomau derbyniadau lluosog yn caniatáu dulliau alinio genom cyfan i nodi rhanbarthau genomig trosglwyddadwy.
c.Gellir adeiladu graff pan-genom o aliniadau genom cyfan neu drwy gydosod graff de novo, sy'n storio gwybodaeth amrywiol o ranbarthau tafladwy yn effeithlon fel llwybrau unigryw trwy'r graff.
Sut i adeiladu Pan-genom?
Ffigur 2 Cymhariaeth o ddulliau pan-genom1
a.Mae darlleniadau o samplau lluosog wedi'u halinio â chyfeirnod ac mae rhai heb eu halinio yn cael eu cydosod yn contigs newydd.Trwy ychwanegu'r contigau newydd hyn at y dilyniant cyfeirio gwreiddiol, gellir llunio cyfeiriad pangenom.Penderfynir ar ranbarthau trosglwyddadwy ar sail mapio pob darlleniad yn ôl i'r pangenom.
b.Mae cynulliad de novo o genomau derbyniadau lluosog yn caniatáu dulliau alinio genom cyfan i nodi rhanbarthau genomig trosglwyddadwy.
c.Gellir adeiladu graff pan-genom o aliniadau genom cyfan neu drwy gydosod graff de novo, sy'n storio gwybodaeth amrywiol o ranbarthau tafladwy yn effeithlon fel llwybrau unigryw trwy'r graff.
Pan-genomau a Gyhoeddwyd yn Ddiweddar
● Genomau rêp2
● Genomau pan tomato 3
● Rice Pan -genom4
● Pan-genom blodyn yr haul5
● Ffa soia Pan-genom 6
● Pan-genom reis7
● Barlys Pan-genom8
● Pan-genom Gwenith9
● Sorghum Pan-genom10
● Pan-genom Ffytoplancton11
Cyfeiriad
1. Bayer PE, Golicz AA, Scheben A, Batley J, Edwards D. Pan-genomau planhigion yw'r cyfeiriad newydd.Planhigion Nat.2020; 6(8):914-920.doi: 10.1038/s41477-020-0733-0
2. Cân JM, Guan Z, Hu J, et al.Mae wyth genom o ansawdd uchel yn datgelu pensaernïaeth pan-genom a gwahaniaethu ecodeip o Brassica napus.Planhigion Nat.2020; 6(1):34-45.doi: 10.1038/s41477-019-0577-7
3. Gao L, Gonda I, Haul H, et al.Mae'r pan-genom tomato yn datgelu genynnau newydd ac alel prin yn rheoleiddio blas ffrwythau.Nat Genet.2019; 51(6): 1044-1051.doi: 10.1038/s41588-019-0410-2
4. Zhao Q, Feng Q, Lu H, et al.Mae dadansoddiad pan-genom yn amlygu graddau'r amrywiad genomig mewn reis wedi'i drin a reis gwyllt [mae cywiriad cyhoeddedig yn ymddangos yn Nat Genet.2018 Awst; 50(8):1196].Nat Genet.2018; 50(2): 278-284.doi:10.1038/s41588-018-0041-z
5. Hübner S, Bercovich N, Todesco M, et al.Mae dadansoddiad pan-genom blodyn yr haul yn dangos bod croesrywio wedi newid cynnwys genynnau ac ymwrthedd i glefydau.Planhigion Nat.2019; 5(1):54-62.doi: 10.1038/s41477-018-0329-0
6. Liu Y, Du H, Li P, et al.Pan-genom o ffa soia gwyllt a thyfu.Cell.2020; 182(1): 162-176.e13.doi:10.1016/j.cell.2020.05.023
7. Qin P, Lu H, Du H, et al.Mae dadansoddiad pan-genom o 33 o dderbyniadau reis genetig amrywiol yn datgelu amrywiadau genomig cudd [cyhoeddwyd ar-lein cyn print, 2021 Mai 25].Cell.2021;S0092-8674(21)00581-X.doi:10.1016/j.cell.2021.04.046
8. Jayakodi M, Padmarasu S, Haberer G, et al.Mae'r pan-genom haidd yn datgelu etifeddiaeth gudd bridio mwtaniad.Natur.2020; 588(7837): 284-289.doi: 10.1038/s41586-020-2947-8
9. Walkowiak S, Gao L, Monat C, et al.Mae genomau gwenith lluosog yn datgelu amrywiad byd-eang mewn bridio modern.Natur.2020; 588(7837): 277-283.doi:10.1038/s41586-020-2961-x
10. Tao Y, Luo H, Xu J, et al.Amrywiad helaeth o fewn y genom eang o sorgwm wedi'i drin a gwyllt [cyhoeddwyd ar-lein cyn print, 2021 Mai 20].Planhigion Nat.2021;10.1038 / s41477-021-00925-x.doi:10.1038/s41477-021-00925-x
11. Fan X, Qiu H, Han W, et al.Mae pangenom ffytoplancton yn datgelu trosglwyddiad genynnau llorweddol procaryotig helaeth o swyddogaethau amrywiol.Sci Adv.2020; 6(18):eaba0111.Wedi'i gyhoeddi 2020 Ebrill 29. doi:10.1126/sciadv.aba0111
Amser postio: Ionawr-04-2022