Yn 2021, gwelodd BMKGENE 31 o ymchwil genom De novo a gyhoeddwyd yn llwyddiannus mewn cyfnodolion effaith uchel gyda chyfanswm ffactorau effaith dros 320. Cyd-awdurwyd 15 o'r erthyglau Cyd-awdurwyd 4 ohonynt fel yr awduron cyntaf gan BMKGENE
Yn union ar ôl dechrau blwyddyn 2022, cyhoeddwyd dwy erthygl ymchwil eisoes ar y cyfnodolyn “Natural Genetics” a “Molecular Plant” yn y drefn honno.Y rhain yw, “Mae dau haploteip dargyfeiriol o genom lychee heterosygaidd iawn yn awgrymu digwyddiadau dofi annibynnol ar gyfer cyltifarau sy’n aeddfedu’n gynnar ac yn hwyr” (ymchwil genom Lychee, a gynhaliwyd gan y Coleg Garddwriaeth, prifysgol Amaethyddol De Tsieina, a chydweithwyr gwyddonol, a gyhoeddwyd ar Geneteg Naturiol. ), a “Dilyniannau genom o’r pum rhywogaeth Sitopsis o Aegilops a tharddiad gwenith polyploid B-is-genom” (genom pum rhywogaeth Sitopsis, a gynhaliwyd gan dîm ymchwil yr Athro Bao Liu o Brifysgol Gogledd-ddwyrain Normal.).Byddwn hefyd yn adolygu'r ddwy erthygl hyn ac yn eu rhannu gyda'n darllenwyr.
Nawr, gadewch i ni gael cipolwg ar yr erthyglau ymchwil rhagorol a gyhoeddwyd ar 2021 a gyd-ysgrifennwyd gan BMK a'n cyfleusterau cydweithredol.
Genom Planhigion - Datblygiadau arloesol ar amlrywogaeth.
1.Mae cynulliad genom o ansawdd uchel yn tynnu sylw at nodweddion genomig rhyg a genynnau sy'n bwysig agronomegol
Cyfleuster Cydweithredol: Prifysgol Amaethyddol Henan
Cyfnodolyn: Geneteg Naturiol
Ffactor Effaith: 38.31
Yn y prosiect hwn, trefnwyd genom rhyg Weining, math o ryg Tsieineaidd elitaidd.Roedd y contigau a gydosodwyd (7.74 Gb) yn cyfrif am 98.47% o faint amcangyfrifedig y genom (7.86 Gb), gyda 93.67% o'r contigau (7.25 Gb) wedi'u neilltuo i saith cromosom.Roedd elfennau ailadroddus yn cyfrif am 90.31% o'r genom a gasglwyd.Mae dadansoddiadau pellach o gynulliad Weining yn taflu goleuni newydd ar ddyblygiadau genynnau ar draws y genom a'u heffaith ar enynnau biosynthesis startsh, trefniadaeth ffisegol loci prolamin cymhleth, mynegiant genynnau nodweddion y nodwedd bennawd cynnar sylfaenol a rhanbarthau cromosomaidd sy'n gysylltiedig â dofiad a loci mewn rhyg.Mae'r dilyniant genom hwn yn addo cyflymu astudiaethau genomig a bridio mewn rhyg a chnydau grawn cysylltiedig.
2.Rose heb bigiad: mewnwelediadau genomig sy'n gysylltiedig ag addasu lleithder
Cyfleuster Cydweithredol: Sefydliad botaneg Kunming, Academi Gwyddorau Tsieineaidd
Cyfnodolyn: National Science Review
Ffactor Effaith: 17.273
Yn y prosiect hwn, casglwyd samplau o 'Basye's Thornless' (BT, cyltifar di-bigog o Rosa wichuraiana), 'Old Blush' (OB, genoteip sylfaenydd mewn dofi rhosod), eu hybridau F1 a BCF1.A chynhyrchwyd cynulliad genom cyfeirio o ansawdd uchel i nodi elfennau genetig sy'n gysylltiedig â datblygiad pigo coesyn.Mae maint y genom tua 530.6 Mb.Er mwyn gwirio ansawdd y genom wedi'i ymgynnull, cynhaliwyd dadansoddiad fel cymharu mapiau genetig, BUSCO, NGS, ail-osod darlleniadau, cymhariaeth â haploteip OB, rheoli cyfradd gwallau sylfaen dilyniannu a gwiriad gwerth Mynegai Cynulliad LTR genom-eang (LAI=20.03).Mae'r ymchwil hwn yn datgelu patrwm etifeddiaeth cymhleth a mecanwaith rheoleiddio pigau bonyn a rhoddodd sylfaen ac adnoddau newydd i ni astudio bioleg rhosod a marcwyr moleciwlaidd mwynglawdd sy'n gysylltiedig â nodweddion pwysig.
3.Mae Dilyniant Genom Cyfan o Allopolyploidau wedi'u Syntheseiddio yn Cucumis yn Datgelu Mewnwelediadau i Esblygiad Genom Allopolyploidization
Cyfleuster Cydweithredol: Prifysgol Amaethyddol Nanjing
Cyfnodolyn: Gwyddoniaeth Uwch
Ffactor Effaith: 16.801
Adroddodd yr astudiaeth hon genom o ansawdd uchel allotetraploid synthetig a gafwyd trwy ddefnyddio hybrideiddio rhyng-benodol rhwng ciwcymbr (C. sativus, 2n = 14) a'i rywogaethau cymharol wyllt (C. hystrix, 2n = 24) a dyblygu cromosomau dilynol, sef y cyntaf alopolyploid synthetig wedi'i ddilyniannu'n llawn.Cymhwysodd cydosod y genom y llif gwaith o ddilyniant “PacBio+BioNano+Hi-C+Illumina”, gan arwain at faint genom o 530.8Mb a contig N50 = 6.5Mb.Neilltuwyd darlleniadau i 19 o ffugochromosomau ac isgenomau.Dangosodd y canlyniadau fod hybrideiddio, yn hytrach na dyblygu genomau, yn achosi mwyafrif y newidiadau genomig mewn genomau niwclear a cp.Awgrymodd fod yr heterosygosity sefydlog yn rhoi mwy o addasiad straen i C.×hytivus.Mae'r canlyniadau'n rhoi mewnwelediad newydd i esblygiad polyploidy planhigion ac yn cynnig strategaeth fridio arfaethedig ar gyfer cnydau yn y dyfodol.
4. Dadansoddiadau Genom Cymharol Amlygu Ehangu Genom Cyfryngol Transposon a Phensaernïaeth Esblygiadol Plygu Genomig 3D mewn Cotwm
Cyfleuster Cydweithredol: Prifysgol Amaethyddol Huazhong
Cyfnodolyn: Bioleg Foleciwlaidd ac Esblygiad
Ffactor Effaith: 16.242
Defnyddiodd y prosiect hwn Nanopore Sequencing i gydosod genom o dri rhywogaeth cotwm sef: Gossypium rotundifolium (K2, maint genom = 2.44Gb, contigN50 = 5.33Mb), G. arboreum (A2, maint genom = 1.62Gb, contigN50 = 11.69Mb), a G. raimondii (D5, maint genom = 0.75Gb, contigN50 = 17.04 Gb).Cafodd dros 99% o'r tri genom eu crynhoi trwy Hi-C.Canlyniadau dadansoddiad BUSCO yw 92.5%, 93.9% a 95.4% yn y drefn honno.Roedd yr holl rifau hyn yn dangos bod tri genom y cynulliad yn gyfeirnod.Roedd dadansoddiadau genomau cymharol yn dogfennu manylion ymhelaethu ar TE penodol i linach gan gyfrannu at y gwahaniaethau mawr mewn maint genomau.Mae'r astudiaeth hon yn taflu goleuni ar rôl ehangu genom wedi'i gyfryngu â thrawsgludiad yn esblygiad strwythur cromatin uwch mewn planhigion.
5. Cydosod a dadansoddi ar raddfa cromosom o genom cnwd biomas Miscanthus lutarioriparius
Cyfleuster Cydweithredol: Canolfan Rhagoriaeth CAS mewn Gwyddorau Planhigion moleciwlaidd
Cyfnodolyn: Nature Communications
Ffactor Effaith: 14.912
Roedd y prosiect hwn yn adrodd am gynulliad ar raddfa gromosom o genom Miscanthus lutarioriparius trwy gyfuno dilyniannu Oxford Nanopore a thechnolegau Hi-C.Mae'r cynulliad 2.07Gb yn gorchuddio 96.64% o'r genom, gyda contig N50 o 1.71 Mb.Angorwyd tua 94.30% o gyfanswm y dilyniannau i 19 ffugochromosom.Trwy gymharu â dilyniant BAC, gwerthusiad LAI, gwerthusiad BUSCO, ail-gydosod gyda data NGS, ail-gydosod data trawsgrifio, gwerthuswyd y genom fel ansawdd uchel a pharhad.Cadarnheir tarddiad allotetraploid yr M. lutarioriparius gan ddefnyddio ailddarllediadau lloeren centromeric.Mae genynnau dyblyg tandem M. lutarioriparius yn cael eu cyfoethogi swyddogaethol nid yn unig o ran ymateb straen, ond biosynthesis cellfur.Mae'n debyg bod genynnau dyblyg yn chwarae rhan yn ffotosynthesis C4 ac yn cyfrannu at ffotosynthesis Miscanthus C4 ar dymheredd isel.Darparodd yr ymchwil gyfeiriad pwysig ar gyfer astudio planhigion lluosflwydd.
6.Mae cynulliad genom lefel cromosom Camptotheca acuminata yn rhoi cipolwg ar darddiad esblygiadol biosynthesis camptothecin
Cyfleuster Cydweithredol: Prifysgol Sichuan
Cyfnodolyn: Nature Communications
Ffactor Effaith: 14.912
Roedd y prosiect hwn yn adrodd am gynulliad genom C. acuminata lefel cromosom o ansawdd uchel, gyda maint genom o 414.95Mb a contingN50 1.47Mb.Canfuom fod C. acuminata yn profi dyblygu genom cyfan annibynnol ac mae genynnau niferus sy'n deillio ohono yn gysylltiedig â biosynthesis camptothecin.Felly, cyfrannodd gwahaniaeth swyddogaethol y genyn LAMT ac esblygiad cadarnhaol dau enyn SLAS yn fawr at y biosynthesis camptothecin yn C. acuminata.Pwysleisiodd y canlyniadau bwysigrwydd cydosod genom o ansawdd uchel wrth nodi newidiadau genetig yn nharddiad esblygiadol metabolyn eilaidd.
Mae genom diffiniedig 7.Allele yn datgelu gwahaniaeth biallelig yn ystod esblygiad casafa
Cyfleuster Cydweithredol: Academi Tsieineaidd Gwyddorau Amaethyddol Trofannol
Cyfnodolyn: Planhigyn Moleciwlaidd
Ffactor Effaith: 13.162
Mae'r prosiect hwn wedi crynhoi genom cyfeirio ar gyfer casafa gyda contigN50 1.1Mb gan ddefnyddio platfform dilyniannu Pacific Biosciences (PacBio).Ar ôl gwerthusiad gan BUSCO, mynegai LAI, a map genetig dwysedd uchel, cadarnheir bod y genom wedi'i ymgynnull yn radd ffens.Nodwyd y rhanbarthau segur ac angorwyd contigs ar 18 ffugochromosom gan ddefnyddio cysylltiadau Hi-C.Mae'r genom cyfeirio hwn o ansawdd uchel ac wedi'i ddiffinio alel ar gyfer casafa yn werthfawr o ran adnabod deu-alelau dargyfeiriol ar gromosomau homologaidd, gan ganiatáu i archwilio gwahaniaethu a mynegiant goruchafiaeth deu-alelau a'u grymoedd gyrru esblygiadol sylfaenol.Hwylusodd strategaethau bridio arloesol mewn casafa a chnydau heterosygaidd iawn eraill.
8. Mewnwelediadau genomig i dwf cyflym paulownias a ffurfiant banadl gwrachod Paulownia
Cyfleuster Cydweithredol: Prifysgol Amaethyddol Henan
Cyfnodolyn: Planhigyn Moleciwlaidd
Ffactor Effaith: 13.162
Casglodd y prosiect hwn genom niwclear o ansawdd uchel o Paulownia fortunei, 511.6 Mb o ran maint, gyda 93.2% o'r dilyniannau wedi'u hangori i 20 ffugochromosom.Cyflawnir effeithlonrwydd ffotosynthetig uwch trwy integreiddio ffotosynthesis C3 a'r llwybr metaboledd asid crassulacean, a allai fod wedi cyfrannu at arfer twf cyflym iawn coed paulownia.Dangosodd dilyniant genom ychwanegol o ffytoplasma PaWB, ynghyd â dadansoddiadau swyddogaethol, fod yr effeithydd PaWB-SAP54 yn rhyngweithio'n uniongyrchol â Paulownia PfSPLa, sydd yn ei dro yn achosi diraddio PfSPLa gan y llwybr ubiquitin-mediated ac yn arwain at ffurfio banadl gwrachod.Rhoddodd y data fewnwelediad sylweddol i fioleg paulownias a'r mecanwaith rheoleiddio ar gyfer ffurfio PaWB.
Genom anifeiliaid - Mewnwelediadau dwfn o esblygiad rhywogaethau
1.Mae genom Nautilus pompilius yn goleuo esblygiad llygad a biomineralization
Cyfleuster Cydweithredol: Sefydliad Eigioneg Môr De Tsieina, CAS
Cyfnodolyn: Ecoleg Naturiol ac esblygiad
Ffactor Effaith: 15.462
Cyflwynodd y prosiect hwn genom cyflawn ar gyfer Nautilus pompilius.Mae ganddo'r genom minimalaidd ymhlith cephalopodau wedi'u dilyniannu, sef 730.58Mb gyda contigN50 = 1.1Mb.Canlyniad gwerthusiad BUSCO yw 91.31%.Wedi'i gyfuno â dadansoddiad trawsgrifiad, proteome, teulu genynnau a ffylogenetig, darparodd y genom hwn gyfeiriad sylfaenol at arloesiadau cephalopod, megis llygad twll pin a bio-fwynoli.Dangosodd yr ymchwil y gallai difrod i gyflawnrwydd clwstwr genynnau Hox fod yn gysylltiedig â diflaniad cregyn Molysgiaid.Yn bwysig ddigon, mae’n debygol bod datblygiadau genomig lluosog gan gynnwys colledion genynnau, crebachiad annibynnol ac ehangu teuluoedd genynnau penodol a’u rhwydweithiau rheoleiddio cysylltiedig wedi llywio esblygiad twll pin nautilus.Roedd genom nautilus yn adnodd gwerthfawr ar gyfer ail-greu'r senarios esblygiadol a'r arloesiadau genomig sy'n siapio'r seffalopodau sy'n bodoli.
Mae dadansoddiad genom 2. Seadragon yn rhoi cipolwg ar ei ffenoteip a'i locws pennu rhyw
Cyfleuster Cydweithredol: Sefydliad Eigioneg Môr De Tsieina, CAS
Cyfnodolyn: Cynnydd Gwyddoniaeth
Ffactor Effaith: 14.132
Mae’r prosiect hwn yn rhoi dilyniant o genomau gwrywaidd a benywaidd o’r môr-y-môr cyffredin (Phyllopteryx taeniolatus) a’i rywogaethau sy’n perthyn yn agos i’w gilydd, y pibysgodyn aligator (Syngnathoides biaculeatus).Maint y genom ar gyfer taeniolatus Phyllopteryx yw ~659 Mb (♂) a ~ 663 Mb (♀）), gyda contigN50 o 10.0Mb a 12.1mb.maint y genom ar gyfer taeniolatus Phyllopteryx yw 637 Mb (♂) a ~ 648 Mb (♀）), gyda contigN50 o 18.0Mb a 21.0Mb.Trwy ddadansoddiad ffylogenetig, mae'r mordragon cyffredin a'r pibysgodyn aligator yn chwaer dacson i Syngnathinae, ac wedi dargyfeirio tua 27.3 Ma yn ôl.Mae proffiliau trawsgrifio o newydd-deb esblygiadol, yr atodiadau tebyg i ddeilen, yn dangos bod set o enynnau sydd fel arfer yn ymwneud â datblygiad esgyll wedi'u cyfethol yn ogystal â chyfoethogi trawsgrifiadau ar gyfer genynnau atgyweirio meinwe posibl ac amddiffyn imiwn.Nodwyd locws tybiedig sy'n pennu rhyw yn amgodio genyn amhr2y gwrywaidd-benodol a rennir gan bysgod môr môr ac aligator cyffredin.Darparodd y prosiect hwn dystiolaeth hanfodol ar gyfer astudiaethau o esblygiad ymaddasol.
Amser post: Medi 19-2022