BMKCloud Log in
条形 baner-03

Newyddion

CYNULLIAD T2T GENOME, GENOM RHAD BWLCH

1stDau Genom Reis1

Teitl: Cydosod a Dilysu Dau Genom Cyfeirio Di-fwlch ar gyfer Xian/Indica Rice yn Datgelu Mewnwelediadau i Bensaernïaeth Planhigion Centromere

Doi:https://doi.org/10.1101/2020.12.24.424073

Amser Wedi'i bostio: Ionawr 01, 2021.

Sefydliad: Prifysgol Amaethyddol Huazhong, Tsieina

Defnyddiau

O. sativa xian/indicamathau o reis 'Zhenshan 97 (ZS97)' a 'Minghui 63 (MH63)

Strategaeth ddilyniannu

Mae NGS yn darllen + HiFi yn darllen + CLR yn darllen + BioNano + Hi-C

Data:

ZS97: 8.34 Gb (~23x) Mae HiFi yn darllen + 48.39 Gb (~131x ) CLR yn darllen + 25 Gb(~69x) NGS + 2 gell BioNano Irys

MH63: 37.88 Gb (~103x) Mae HiFi yn darllen + 48.97 Gb (~132x) CLR yn darllen + 28 Gb(~76x) NGS + 2 gell BioNano Irys

Ffigur-1

Ffigur 1 Dau genom di-fwlch o reis (MH63 a ZS97)

2ndGenom Banana2

Teitl: Cromosomau di-bwlch Telomere-i-telomer o fanana gan ddefnyddio dilyniannu nanopor

Doi:https://doi.org/10.1101/2021.04.16.440017

Amser Wedi'i bostio: Ebrill 17, 2021.

Sefydliad: Université Paris-Saclay, Ffrainc

Defnyddiau

haploid dwblMusa acuminatasppmalaccensis(DH-Pahang)

Strategaeth a data dilyniannu:

Modd HiSeq2500 PE250 + MinION/PromethION (93Gb, ~200X )+ Map optegol (DLE-1+BspQ1)

Tabl 1 Cymhariaeth o gynulliadau genom Musa acuminata (DH-Pahang).

Tabl 1-Cymharu-o-GRCh38-a-T2T-CHM13-cynulliadau-genom-dynol
Ffigur-Musa-genomau-pensaernïaeth-cymhariaeth

Ffigur 2 Cymhariaeth pensaernïaeth genomau Musa

3rdGenom Phaeodactylum tricornutum3

Teitl: cynulliad genom Telomere-i-telomer oP
haeodactylum tricornutum

Doi:https://doi.org/10.1101/2021.05.04.442596

Amser Wedi'i bostio: Mai 04, 2021

Sefydliad: Prifysgol y Gorllewin, Canada

Defnyddiau

Phaeodactylum tricornutum(Casgliad Diwylliant o Algâu a Phrotosoa CCAP 1055/1)

Strategaeth a data dilyniannu:

1 cell llif miniION Oxford Nanopore + rhediad canol allbwn pen parau 2 × 75 NextSeq 550

Ffigur-Llif gwaith-ar-telomere-i-telomere-genom-cynulliad-1-1024x740

Ffigur 3 Llif gwaith ar gyfer cydosod genom telomere-i-telomer

4thGenom CHM13 dynol4

Teitl: Dilyniant cyflawn genom dynol

Doi:https://doi.org/10.1101/2021.05.26.445798

Amser Wedi'i bostio: Mai 27, 2021

Sefydliad: Sefydliadau Iechyd Cenedlaethol (NIH), UDA

Deunyddiau: llinell gell CHM13

Strategaeth a data dilyniannu:

Dilyniant consensws cylchol 30 × PacBio (HiFi), dilyniant darllen uwch-hir 120 × Oxford Nanopore, dilyniant 100 × Illumina PCR-Free (ILMN), 70 × Illumina / Arima Genomeg Hi-C (Hi-C), mapiau optegol BioNano, a Strand-seq

Tabl 2 Cymhariaeth o gynulliadau genom dynol GRCh38 a T2T-CHM13

Cymhariaeth Tabl-o-Musa-acuminata-DH-Pahang-genom-cynulliadau

Cyfeiriad

1.Sergey Nurk et al.Dilyniant cyflawn genom dynol.bioRxiv 2021.05.26.445798;doi:https://doi.org/10.1101/2021.05.26.445798

2.Caroline Belser et al.Cromosomau di-bwlch Telomere-i-telomer o fanana gan ddefnyddio dilyniannu nanobor.bioRxiv 2021.04.16.440017;doi:https://doi.org/10.1101/2021.04.16.440017

3.Daniel J. Giguere et al.Cydosodiad genom Telomere-i-telomer o Phaeodactylum tricornutum.bioRxiv 2021.05.04.442596;doi:https://doi.org/10.1101/2021.05.04.442596

4.Jia-Ming Song et al.Mae Cydosod a Dilysu Dau Genom Cyfeirio Di-fwlch ar gyfer Xian/Indica Reis yn Datgelu Mewnwelediad i Bensaernïaeth Planhigion Centromere.bioRxiv 2020.12.24.424073;doi:https://doi.org/10.1101/2020.12.24.424073


Amser postio: Ionawr-06-2022

Anfonwch eich neges atom: