GENOMEG DYNOL
geneteg natur
Mae dilyniant darllen hir yn nodi ehangiadau ailadroddus GGC yn NOTCH2NLC sy'n gysylltiedig â chlefyd cynhwysiant mewn-niwclear niwronaidd
Dilyniannu ONT |Illumina |Dilyniant exome cyfan |Dilyniant targedig CRISPR-Cas9 ONT |RNA-seq |Galwad methylation ONT 5mC
Uchafbwyntiau
1.Trwy ddadansoddiad Linkage ar deulu NIID mawr, nodwyd dau ranbarth cysylltiedig.
Dilyniant darllen hir yn seiliedig ar 2.ONT a dilyniannu cyfoethogi cyfryngol Cas-9 ONT wedi darganfod achos genetig posibl o NIID, ehangu ailadrodd GGC mewn 5′ UTR o NOTCH2NLC.Nododd yr astudiaeth hon ehangiadau ailadroddus mewn genynnau dynol-benodol am y tro cyntaf a esblygodd trwy ddyblygiadau segmentaidd.
Datgelodd dilyniant 3.RNA drawsgrifiadau antisense annormal yn y dechrau neu y tu mewn i ranbarthau ehangu ailadrodd GGC yn NOTCH2NLC.
Cefndir
NMae clefyd cynhwysiant mewn-niwclear ewronig (NIID) yn glefyd niwroddirywiol cynyddol ac angheuol, a nodweddir gan bresenoldeb cynhwysiant mewnniwclear hyaline eosinoffilig mewn systemau nerfol canolog ac ymylol.Mae ei amlygiadau clinigol amrywiol iawn yn peri anawsterau mawr o ran diagnosis hyd nes y cyflwynir biopsi croen.Fodd bynnag, mae dulliau sy'n seiliedig ar histopatholeg yn dal i ddioddef o gamddiagnosis, sy'n galw am ddealltwriaeth enetig o NIID.
Llwyddiannau
Dadansoddiad Cysylltiad
SDilyniannu hort-reading seiliedig ar genom cyfan (WGS) a dilyniannu exome cyfan (WES) ei berfformio ar deulu NIID mawr (13 wedi eu heffeithio a 7 heb eu heffeithio).Datgelodd dadansoddiad cysylltedd ar SNPs a dynnwyd o'r data hyn ddau ranbarth cysylltiedig yn unig: rhanbarth 3.5 Mb ar 1p36.31-p36.22 (uchafswm LOD=2.32) a rhanbarth 58.1 Mb ar 1p22.1-q21.3 (LOD uchaf: 4.21 ).Fodd bynnag, ni nodwyd unrhyw SNPs neu CNVs pathogenig yn y rhanbarthau cysylltiedig hyn.
Ehangiadau ailadroddus GGC yn NOTCH2NLC
Nproseswyd dilyniannu seiliedig ar anopor ar 13 aelod yr effeithiwyd arnynt a 4 aelod heb eu heffeithio o 8 teulu (cafodd aelod arall yr effeithiwyd arno ei ddilyniannu gan lwyfan dilyniannu darllen hir Pacbio).Datgelodd data darllen hir ehangiadau ailadroddus GGC cysylltiedig â chlefydau yn y mapio genynnau 5′ UTR o NOTCH2NLC i ranbarth cysylltiedig 58.1 Mb (Ffigur 1).Nodwyd yr ail-ehangiadau hyn hefyd ym mhob un o'r 40 o achosion NIID achlysurol a brofwyd gan RP-PCR.
Cdefnyddiwyd dilyniant targed cyfryngol as-9 ar blatfform nanopor i gyflawni sylw darllen uwch ar ailadrodd NOTCH2NLC (100 X-1,795 X).Roedd y dilyniannau consensws hyn yn cytuno'n dda â chanfyddiadau blaenorol ar ehangu ailadroddus GGC.Ar ben hynny, nodwyd bod ailadroddiadau {(GGA)n (GGC)n}n yn farciwr genetig posibl ar gyfer ffenoteip sy'n bennaf wendid (Ffigur 2).
Ffigur 1. Ehangu ailadroddus cysylltiedig â chlefyd a nodwyd ar exon 1 isoformau NOTCH2NLC.
Ffigur 2. Dilyniannau consensws o NPTCH2NLC yn ailadrodd mewn cleifion NIID gyda (*) neu heb ffenoteip sy'n bennaf wendid
NMae genynnau OTCH2NL yn enynnau dynol-benodol, y credir eu bod yn chwarae rhan hanfodol yn esblygiad ymennydd dynol a chlefydau niwrolegol.Fodd bynnag, ni chafodd tri genyn cysylltiedig â NOTCH2 (NOTCH2NLA, NOTCH2NLB a NOTCH2NLC) â hunaniaeth dilyniant >99.1% eu datrys tan y cynulliad genom dynol diweddaraf.Mae dilyniannu di-synthesis a darlleniad hir ar blatfform nanopor wedi dangos manteision nodedig wrth ddatrys rhanbarthau o debygrwydd uchel ac ailadroddiadau (GGC)n gyda 100% cyfoethog o GC.
Ehangiadau ailadroddus GGC yn NOTCH2NLC
Tproseswyd trefniadaeth ranscriptome ar 2 aelod yr effeithiwyd arnynt a 2 heb eu heffeithio.Cyfrifwyd dyfnder darllen wedi'i normaleiddio ar linynnau synnwyr ac ansensitif yn uwch i fyny'r afon o'r exons cyntaf o baralogau NOTCH2NL.Dim ond mewn achosion yr effeithiwyd arnynt y canfuwyd trawsgrifiadau gwrth-synnwyr annormal, sy'n eistedd yn y dechrau neu y tu mewn i'r rhanbarth ehangu ailadrodd (copaon porffor yn F1-14 a F1-16 yn Ffigur 3.).Yn ogystal, nodwyd 54 DEG a chyfoethogwyd pob un yn nhermau GO ac MPO yn ymwneud â swyddogaethau niwronaidd.
Ffigur 3. Dyfnder darllen wedi'i normaleiddio ar i fyny'r afon o'r exon cyntaf o NOTCH2NLC mewn achosion heb eu heffeithio (uchod) ac yr effeithir arnynt (isod).
Technoleg
Teghnolegau Nanopore Rhydychen (ONT)
Nmae dilyniannu anopor yn gwahaniaethu ei hun oddi wrth lwyfannau dilyniannu eraill, yn yr ystyr bod y niwcleotidau yn cael eu darllen yn uniongyrchol heb broses synthesis DNA.Wrth i DNA un llinyn fynd trwy fandwll protein maint nano (nanopor), mae niwcleotidau gwahanol yn cynhyrchu ceryntau ïonig gwahanol, y gellir eu dal a'u trosglwyddo i ddilyniant o fasau.Nid yw platfform dilyniannu ONT ei hun yn dangos terfyn technegol ymddangosiadol ar hyd darlleniad DNA.Felly, mae darlleniadau Ultra-hir (ULRs) ar gael ar gyfer cydosod genom o ansawdd uchel.Ar ben hynny, mae'r darlleniadau hynod hir hyn, sy'n ddigon hir i groesi nodweddion dilyniant cymhleth neu amrywiadau strwythurol, yn helpu i oresgyn cyfyngiadau dilyniannu darllen byr yma.
Dilyniant Nanopore
Adnabod amrywiad adeiledd (SV).
SRoedd dilyniannu ‘thesis-free’ yn cadw gwybodaeth methylation DNA i raddau helaeth ar y templed.Mae A, T, C a G methylated yn cynhyrchu ceryntau ïonig gwahanol o rai heb eu methylated, y gellir eu darllen yn uniongyrchol gan y platfform.Mae dilyniannu nanopor yn galluogi proffilio genom cyfan o 5mC a 6mA ar gydraniad un niwcleotid.
Cyfeiriad
Mehefin Sone, et.al.Mae dilyniant darllen hir yn nodi ehangiadau ailadroddus GGC yn NOTCH2NLC sy'n gysylltiedig â chlefyd cynhwysiant mewn-niwclear niwronaidd.Geneteg Natur (2019)
Tech ac Uchafbwyntiau yn anelu at rannu cymhwysiad llwyddiannus mwyaf diweddar o wahanol dechnolegau dilyniannu trwybwn uchel mewn amrywiol arena ymchwil yn ogystal â syniadau gwych mewn dylunio arbrofol a chloddio data.
Amser postio: Ionawr-06-2022