TRANSCRIPTOMICS
natur
CYFATHREBU
Mae nodweddu trawsgrifiad hyd llawn o fwtaniad SF3B1 mewn lewcemia lymffosytig cronig yn datgelu is-reoleiddio mewnronau wrth gefn
Trawsgrifiadau hyd llawn|Dilyniant nanopor|Dadansoddiad isoform amgen
Cefndir
Streigladau omatig mewn ffactor splicing SF3B1 wedi cael ei adrodd yn eang i gysylltu â chanserau amrywiol, gan gynnwys lewcemia lymffosytig cronig (CLL), melanoma uveal, canser y fron, ac ati.Fodd bynnag, mae astudiaethau ar y patrymau splicing amgen hyn wedi'u cyfyngu ers amser maith i lefel digwyddiad a diffyg gwybodaeth ar lefel isoform oherwydd cyfyngiadau trawsgrifiadau darllen byr wedi'u cydosod.Yma, cyflwynwyd llwyfan dilyniannu nanopor i gynhyrchu trawsgrifiadau hyd llawn, a oedd yn galluogi gwrthdroad ar isoformau UG.
Dylunio Arbrofol
Arbrofion
Grwpio:1. CLL-SF3B1(WT) 2. CLL-SF3B1(treiglad K700E);3. B-gelloedd arferol
Strategaeth ddilyniannu:Dilyniant llyfrgell 2D MinION, dilyniannu llyfrgell PromethION 1D;data darllen byr o'r un samplau
Llwyfan dilyniannu:ONT MinION;ONT PromethION;
Dadansoddiad Biowybodeg
Canlyniadau
ACynhyrchwyd cyfanswm o 257 miliwn o ddarlleniadau o 6 sampl CLL a 3 chell B.Ar gyfartaledd, nodwyd 30.5% o'r darlleniadau hyn fel trawsgrifiadau hyd llawn.
FDatblygwyd dadansoddiad isoform amgen hyd-llawn o RNA (FLAIR) i gynhyrchu set o isoformau hyder uchel.Gellir crynhoi FLAIR fel:
Nanopore yn darllen aliniad: nodi strwythur trawsgrifiad cyffredinol yn seiliedig ar genom cyfeirio;
Scywiro cyffordd plice: gwallau dilyniant cywir (coch) gyda safle sbleis naill ai o fewntronau anodedig, intronau o ddata darllen byr neu'r ddau;
Collapse: crynhoi isoformau cynrychioliadol yn seiliedig ar gadwyni cyffordd sbleis (set tocyn cyntaf).Dewiswch isofrom hyder uchel yn seiliedig ar nifer y darlleniadau ategol (Trothwy: 3).
Ffigur 1. Dadansoddiad FLAIR i nodi isoformau hyd llawn sy'n gysylltiedig â threiglad SF3B1 mewn CLL
FLAIR Nodwyd 326,699 o isoformau wedi'u hollti â hyder uchel, y mae 90% ohonynt yn isoformau newydd.Canfuwyd bod y rhan fwyaf o'r isoformau heb eu hanodi hyn yn gyfuniadau newydd o gyffyrddau sbleis hysbys (142,971), tra bod y gweddill o isoformau nofel yn cynnwys naill ai intron (21,700) neu nofel exon (3594).
Lmae dilyniannau ong-ddarllen yn galluogi adnabod safleoedd sbleis wedi'u newid SF3B1-K700E mutant ar lefel isoform.Canfuwyd bod 35 o 3'SS amgen a 10 5'SS amgen wedi'u hollti'n sylweddol wahanol rhwng SF3B1-K700E a SF3B1-WT.Roedd 33 o'r 35 o addasiadau newydd eu darganfod gan ddilyniannau darllen hir.Yn nata Nanopore, mae dosbarthiad y pellter rhwng SF3B1-K700E-3'SSs wedi'i newid i gopaon safleoedd canonaidd tua -20 bp, sy'n wahanol iawn i ddosbarthiad rheoli, yn debyg i'r hyn a adroddwyd mewn dilyniannau darllen-byr CLL.Dadansoddwyd isofformau genyn ERGIC3, lle darganfuwyd isoform newydd yn cynnwys y safle sbleis procsimol yn fwy niferus yn SF3B1-K700E .Roedd 3'SS procsimol a distal yn gysylltiedig â phatrymau UG nodedig a oedd yn cynhyrchu isoformau lluosog.
Ffigur 2. Patrymau splicing amgen 3′ wedi'u nodi â data dilyniannu nanopor
Mae dadansoddiad defnydd digwyddiad IR wedi bod yn gyfyngedig ers amser maith mewn dadansoddiad byr-darllen oherwydd hyder mewn adnabod a meintioli IR.Mesurwyd mynegiant isoformau IR yn SF3B1-K700E a SF3B1-WT yn seiliedig ar ddilyniannau nanopore, gan ddatgelu is-reoleiddio byd-eang o isoformau IR yn SF3B1-K700E .
Ffigur 4. Dwysedd amaethyddiaeth a chysylltedd rhwydwaith ar draws tair system ffermio (A a B);Dadansoddiad coedwig ar hap (C) a pherthynas rhwng dwyster amaethyddol a gwladychu AMF (D)
Ffigur 3. Mae digwyddiadau llogi mewnol yn cael eu hisreoli'n gryfach yn CLL SF3B1-K700E
Technoleg
Dilyniant Darllen Hir Nanopore
NMae dilyniannu anopore yn dechnoleg dilyniannu signal trydanol amser real moleciwl sengl.
DBydd DNA neu RNA sownd dwbl yn rhwymo i brotein nanoporaidd sydd wedi'i fewnosod yn y bioffilm ac yn dad-ddirwyn o dan blwm protein modur.
DMae llinynnau NA/RNA yn mynd trwy brotein sianel nanopor ar gyfradd benodol o dan weithred gwahaniaeth foltedd.
MMae oleciwlau yn cynhyrchu signalau trydanol gwahanol yn ôl strwythur cemegol.
RCyflawnir canfod dilyniannau amser real trwy ffonio sylfaen.
Perfformiad dilyniannu trawsgrifio hyd llawn
√ Dirlawnder Data
Mae angen 7 gwaith yn llai o ddarlleniadau i gyrraedd dirlawnder data cymaradwy.
√ Adnabod Strwythur Trawsgrifiad
Nodi amrywiadau strwythurol amrywiol gyda darlleniad hyd llawn consensws o bob trawsgrifiad
√ Dadansoddiad gwahaniaethol ar lefel trawsgrifiad -Datgelu newidiadau sy'n cael eu cuddio gan ddarlleniadau byr
Cyfeiriad
Tang AD , Soulette CM , Baren MJV , et al.Mae nodweddu trawsgrifiad hyd llawn o fwtaniad SF3B1 mewn lewcemia lymffosytig cronig yn datgelu is-reoleiddio intronau wrth gefn[J].Cyfathrebu Natur.
Tech ac Uchafbwyntiau yn anelu at rannu cymhwysiad llwyddiannus mwyaf diweddar o wahanol dechnolegau dilyniannu trwybwn uchel mewn amrywiol arena ymchwil yn ogystal â syniadau gwych mewn dylunio arbrofol a chloddio data.
Amser post: Ionawr-08-2022