Geneteg Esblygiadol
Manteision Gwasanaeth
Takagi et al.,Y dyddlyfr planhigion, 2013
● Amcangyfrif amser a chyflymder dargyfeirio rhywogaethau yn seiliedig ar amrywiadau ar lefel niwcleotid ac asidau amino
● Datgelu perthynas ffylogenetig mwy dibynadwy rhwng rhywogaethau gyda llai o ddylanwad esblygiad cydgyfeiriol ac esblygiad cyfochrog
● Creu cysylltiadau rhwng newidiadau genetig a ffenoteipiau i ddatgelu genynnau sy'n gysylltiedig â nodweddion
● Amcangyfrif amrywiaeth genetig, sy'n adlewyrchu potensial esblygiadol rhywogaethau
● Amser troi cyflymach
● Profiad helaeth: Mae BMK wedi cronni profiad enfawr mewn prosiectau cysylltiedig â phoblogaeth ac esblygiad ers dros 12 mlynedd, gan gwmpasu cannoedd o rywogaethau, ac ati ac wedi cyfrannu mewn dros 80 o brosiectau lefel uchel a gyhoeddwyd yn Nature Communications, Molecular Plants, Plant Biotechnology Journal, ac ati.
Manylebau Gwasanaeth
Deunyddiau:
Fel arfer, argymhellir o leiaf tair is-boblogaeth (ee isrywogaeth neu straen).Dylai pob is-boblogaeth gynnwys dim llai na 10 unigolyn (Gellir lleihau Planhigion ＞15 ar gyfer rhywogaethau prin).
Strategaeth ddilyniannu:
* Gellir defnyddio WGS ar gyfer rhywogaethau â genom cyfeirio o ansawdd uchel, tra bod SLAF-Seq yn berthnasol i rywogaethau naill ai â genom cyfeirio neu hebddo, neu genom cyfeirio o ansawdd gwael.
| Yn berthnasol i faint genom | WGS | SLAF-Tagiau (×10,000) |
| ≤ 500 Mb | 10 × / unigol | Argymhellir WGS yn fwy |
| 500 Mb - 1 Gb | 10 | |
| 1 Gb - 2 Gb | 20 | |
| ≥2 Gb | 30 |
Dadansoddiadau biowybodeg
● Dadansoddiad esblygiadol
● Ysgubo dethol
● Llif genynnau
● Hanes demograffig
● Amser dargyfeirio
Gofynion Sampl a Chyflenwi
Gofynion Sampl:
| Rhywogaeth | Meinwe | WGS-NGS | SLAF |
| Anifail
| Meinwe visceral |
0.5 ~ 1g
|
0.5g
|
| Meinwe cyhyrau | |||
| gwaed mamaliaid | 1.5mL
| 1.5mL
| |
| Gwaed dofednod/pysgod | |||
| Planhigyn
| Deilen Ffres | 1 ~ 2g | 0.5 ~ 1g |
| Petal/Coesyn | |||
| Gwraidd/Had | |||
| Celloedd | Cell ddiwylliedig |
| gDNA | Crynodiad | Swm (ug) | OD260/OD280 |
| SLAF | ≥35 | ≥1.6 | 1.6-2.5 |
| WGS-NGS | ≥1 | ≥0.1 | - |
Llif Gwaith Gwasanaeth
Dyluniad arbrawf
Cyflwyno sampl
Adeiladu llyfrgell
Dilyniannu
Dadansoddi data
Gwasanaethau ôl-werthu
*Daw'r canlyniadau demo a ddangosir yma o genomau a gyhoeddwyd gyda BMKGENE
Mae dadansoddiad 1.Evolution yn cynnwys adeiladu coeden ffylogenetig, strwythur poblogaeth a PCA yn seiliedig ar amrywiadau genetig.
Mae coeden ffylogenetig yn cynrychioli perthnasoedd tacsonomaidd ac esblygiadol ymhlith rhywogaethau â hynafiad cyffredin.
Nod PCA yw delweddu agosrwydd rhwng is-boblogaethau.
Mae adeiledd poblogaeth yn dangos presenoldeb is-boblogaeth enetig wahanol yn nhermau amleddau alel.
Chen, et.al.,PNAS, 2020
Ysgubo 2.Selective
Mae cyrch detholus yn cyfeirio at broses lle mae safle manteisiol yn cael ei ddewis ac mae amlder safleoedd niwtral cysylltiedig yn cynyddu a rhai safleoedd digyswllt yn cael eu lleihau, gan arwain at ostyngiad mewn safleoedd rhanbarthol.
Mae canfod genom-eang ar ranbarthau ysgubo dethol yn cael ei brosesu trwy gyfrifo mynegai genetig poblogaeth （π，Fst, Tajima's D) o'r holl SNPs o fewn ffenestr llithro (100 Kb) ar gam penodol (10 Kb).
Amrywiaeth niwcleotid(π)
D.Tajima
Mynegai gosod (Fst)
Wu, et.al.,Planhigyn Moleciwlaidd, 2018
Llif 3.Gene
Wu, et.al.,Planhigyn Moleciwlaidd, 2018
4.Demograffig hanes
Zhang, et.al.,Ecoleg ac Esblygiad Natur, 2021
5.Divergence amser
Zhang, et.al.,Ecoleg ac Esblygiad Natur, 2021
Achos BMK
Mae map amrywiadau genomig yn rhoi cipolwg ar sail enetig detholiad Bresych Tsieineaidd y Gwanwyn (Brassica rapa ssp. Pekinensis)
Cyhoeddwyd: Planhigyn Moleciwlaidd, 2018
Strategaeth ddilyniannu:
Dilyniannu: dyfnder dilyniannu: 10 ×
Canlyniadau allweddol
Yn yr astudiaeth hon, proseswyd 194 o fresych Tsieineaidd i'w hail-dilyniannu gyda dyfnder cyfartalog o 10 ×, a arweiniodd at 1,208,499 PCE a 416,070 InDels.Dangosodd dadansoddiad ffylogenetig ar y 194 llinell hyn y gellir rhannu'r llinellau hyn yn dri ecodeip, sef gwanwyn, haf a hydref.Yn ogystal, nododd strwythur poblogaeth a dadansoddiad PCA fod bresych Tsieineaidd y gwanwyn yn tarddu o bresych hydref yn Shandong, Tsieina.Wedi hynny, cyflwynwyd y rhain i Gorea a Japan, wedi'u croesi â llinellau lleol a chyflwynwyd rhai mathau o bolltio hwyr ohonynt yn ôl i Tsieina ac yn y diwedd daethant yn fresych Gwanwyn Tsieineaidd.
Datgelodd sganio genom-eang ar fresych Tsieineaidd y gwanwyn a bresych yr hydref wrth ddethol 23 o loci genomig sydd wedi mynd trwy ddetholiad cryf, dau ohonynt wedi'u gorgyffwrdd â rhanbarth rheoli amser bolltio yn seiliedig ar fapio QTL.Canfuwyd bod y ddau ranbarth hyn yn cynnwys genynnau allweddol sy'n rheoleiddio blodeuo, BrVIN3.1 a BrFLC1.Cadarnhawyd ymhellach bod y ddau enyn hyn yn rhan o amser bolltio trwy astudiaeth drawsgrifiad ac arbrofion trawsenynnol.
 Dadansoddiad strwythur poblogaeth ar bresych Tsieineaidd |  gwybodaeth genetig ar ddewis bresych Tseiniaidd.... |
Tongbing, et al.“Mae Map Amrywiad Genomig yn Rhoi Mewnwelediad i Sail Genetig Detholiad Bresych Tsieineaidd y Gwanwyn (Brassica rapa ssp.pekinensis).”Planhigion moleciwlaidd,11(2018): 1360-1376.
