Dilyniant mRNA hyd llawn -PacBio

Dilyniant mRNA hyd llawn - Delwedd dan Sylw PacBio

De novodilyniannu trawsgrifiad hyd llawn, a elwir hefyd ynDe novoMae Iso-Seq yn cymryd manteision dilyniannydd PacBio o ran hyd darllen, sy'n galluogi dilyniannu moleciwlau cDNA hyd llawn heb unrhyw doriadau.Mae hyn yn llwyr osgoi unrhyw wallau a gynhyrchir yn y camau cydosod trawsgrifio ac yn adeiladu setiau unigene gyda chydraniad lefel isoform.Mae'r set unigene hwn yn darparu gwybodaeth enetig bwerus fel "genom cyfeirio" ar lefel trawsgrifiad.Yn ogystal, gan gyfuno â data dilyniannu cenhedlaeth nesaf, mae'r gwasanaeth hwn yn galluogi meintioliad cywir o fynegiant lefel isoform.

Llwyfan: PacBio Sequel II

Llyfrgell: llyfrgell gloch SMRT

Cysylltwch â Ni

Manylion Gwasanaeth

Canlyniadau Demo

Astudiaeth Achos

Manteision Gwasanaeth

● Darlleniad uniongyrchol o foleciwl cDNA hyd llawn o 3'- pen i ben 5'-

● Cydraniad lefel iso-ffurf yn strwythur dilyniant

● Trawsgrifiadau gyda chywirdeb a chywirdeb uchel

● Hynod gydnaws i rywogaethau vaiours

● Capasiti dilyniannu mawr gyda 4 platfform dilyniannu PacBio Sequel II wedi'u cyfarparu

● Profiadol iawn gyda dros 700 o brosiectau dilyniannu RNA yn seiliedig ar Pacbio

● Cyflwyno canlyniadau seiliedig ar BMKCloud: Mwyngloddio data wedi'i deilwra ar gael ar y platfform.

● Gwasanaethau ôl-werthu yn ddilys am 3 mis ar ôl cwblhau'r prosiect

Manylebau Gwasanaeth

Llwyfan: PacBio Sequel II

Llyfrgell ddilyniannu: Llyfrgell mRNA poly A-gyfoethog

Cynnyrch data a argymhellir: 20 Gb/sampl (yn dibynnu ar rywogaethau)

FLNC (%）： ≥75%

*FLNC: trawsgrifiadau hyd llawn anchimerig

Dadansoddiadau biowybodeg

● Prosesu data amrwd

● Adnabod trawsgrifiad

● Strwythur dilyniant

● Meintioli Mynegiant

● Anodi Swyddogaeth

Gofynion Sampl a Chyflenwi

Gofynion Sampl:

Niwcleotidau:

Conc.(ng/μl)

Swm (μg)

Purdeb

Uniondeb

≥ 120

≥ 0.6

OD260/280=1.7-2.5

OD260/230=0.5-2.5

Dangosir halogiad protein neu DNA cyfyngedig neu ddim o gwbl ar y gel.

Ar gyfer planhigion: RIN≥7.5;

Ar gyfer anifeiliaid: RIN≥8.0;

5.0≥ 28S/18S≥1.0;

drychiad gwaelodlin cyfyngedig neu ddim drychiad gwaelodlin

Meinwe: Pwysau (sych):≥1 g
* Ar gyfer meinwe llai na 5 mg, rydym yn argymell anfon sampl meinwe wedi'i rewi â fflach (mewn nitrogen hylifol).

Ataliad cell:Cyfrif celloedd = 3×10⁶- 1×10⁷
* Rydym yn argymell llongio lysate cell wedi'i rewi.Rhag ofn bod y gell honno'n cyfrif llai na 5 × 10⁵, argymhellir fflach wedi'i rewi mewn nitrogen hylifol, sy'n well ar gyfer echdynnu micro.

Samplau gwaed:Cyfrol≥1 mL

Micro-organeb:Màs ≥ 1 g

Cyflwyno Sampl a Argymhellir

Cynhwysydd:
Tiwb centrifuge 2 ml (Ni argymhellir ffoil tun)
Labelu enghreifftiol: Grŵp+ at ei gilydd ee A1, A2, A3;B1, B2, B3......

Cludo:

1. Iâ sych: Mae angen pacio samplau mewn bagiau a'u claddu mewn rhew sych.
2. Tiwbiau RNAstable: Gellir sychu samplau RNA mewn tiwb sefydlogi RNA (ee RNAstable®) a'u cludo yn nhymheredd yr ystafell.

Llif Gwaith Gwasanaeth

Dyluniad arbrawf

Cyflwyno sampl

echdynnu RNA

Adeiladu llyfrgell

Dilyniannu

Dadansoddi data

Gwasanaethau ôl-werthu

Pâr o: mRNA ewcaryotig Dilyniannu-Illumina

Nesaf: Dilyniannu mRNA Hyd Llawn-Nanopor

Dosbarthiad hyd 1.FLNC

Mae hyd y darlleniad anchimerig hyd llawn (FLNC) yn dynodi hyd cDNA wrth adeiladu llyfrgelloedd.Mae dosbarthiad hyd FLNC yn ddangosydd hanfodol wrth werthuso ansawdd adeiladu llyfrgelloedd.

mRNA-FLNC-darllen-hyd-dosbarthiad

Dosbarthiad hyd darllen FLNC

2.Complete dosbarthiad hyd rhanbarth ORF

Rydym yn defnyddio TransDecoder i ragfynegi rhanbarthau codio protein a dilyniannau asid amino cyfatebol i gynhyrchu setiau unigene, sy'n cynnwys gwybodaeth trawsgrifiad cyflawn nad yw'n ddiangen ym mhob sampl.

mRNA-Cyflawn-ORF-hyd-dosbarthiad

Cwblhau dosbarthiad hyd rhanbarth ORF

Dadansoddiad cyfoethogi llwybr 3.KEGG

Gellir nodi trawsgrifiadau a fynegir yn wahaniaethol (DETs) trwy alinio data dilyniannu RNA yn seiliedig ar NGS ar setiau trawsgrifiadau hyd llawn a gynhyrchir gan ddata dilyniannu PacBio.Gellir prosesu'r DETs hyn ymhellach ar gyfer dadansoddiadau swyddogaethol amrywiol, ee dadansoddiad cyfoethogi llwybr KEGG.

mRNA-DEG-KEGG-llwybr-cyfoethogi

Cyfoethogi llwybr DET KEGG - Plot dot

Achos BMK

Mae dynameg datblygiadol trawsgrifiad coesyn Populus

Cyhoeddwyd: Cylchgrawn Biotechnoleg Planhigion, 2019

Strategaeth ddilyniannu:
Casgliad sampl:rhanbarthau bôn: apex, internode cyntaf (IN1), ail internod (IN2), trydydd internod (IN3), internode (IN4) ac internode (IN5) o Nanlin895
Dilyniant NGS:Cyfunwyd RNA o 15 o unigolion fel un sampl biolegol.Proseswyd tri atgynhyrchiad biolegol o bob pwynt ar gyfer dilyniant NGS
Dilyniant TGS:Rhannwyd rhanbarthau coesyn yn dri rhanbarth, hy apex, IN1-IN3 ac IN4-IN5.Proseswyd pob rhanbarth ar gyfer dilyniannu PacBio gyda phedwar math o lyfrgelloedd: 0-1 kb, 1-2 kb, 2-3 kb a 3-10 kb.

Canlyniadau allweddol

1. Nodwyd cyfanswm o 87150 o drawsgrifiadau hyd llawn, lle nodwyd 2081 o isofformau newydd a 62058 o isoformau sbleis amgen newydd.
Nodwyd 2.1187 lncRNA a 356 o enynnau ymasiad.
3.O dwf cynradd i dwf eilaidd, adnabuwyd 15838 o drawsgrifiadau a fynegwyd yn wahaniaethol o 995 o enynnau a fynegwyd yn wahaniaethol.Ym mhob DEG, roedd 1216 yn ffactorau trawsgrifio, ac nid yw'r rhan fwyaf ohonynt wedi'u hadrodd eto.
Datgelodd dadansoddiad cyfoethogi 4.GO bwysigrwydd rhaniad celloedd a phroses lleihau ocsidiad mewn twf cynradd ac uwchradd.