Dadansoddiad Arwahanol Swmpus
Manteision Gwasanaeth
Takagi et al., Y cyfnodolyn planhigion, 2013
● Lleoli cywir: Cymysgu swmpiau gyda 30+30 i 200+200 o unigolion i leihau sŵn cefndir;rhagfynegiad rhanbarth ymgeisydd nad yw'n gyfystyr â mwtatyddion.
● Dadansoddiad cynhwysfawr: Anodi swyddogaeth genynnau ymgeisydd manwl, gan gynnwys NR, SwissProt, GO, KEGG, COG, KOG, ac ati.
● Amser troi cyflymach: Lleoli genynnau cyflym o fewn 45 diwrnod gwaith.
● Profiad helaeth: Mae BMK wedi cyfrannu at leoleiddio miloedd o nodweddion, gan gwmpasu rhywogaethau amrywiol fel cnydau, cynhyrchion dyfrol, coedwig, blodau, ffrwythau, ac ati.
Manylebau Gwasanaeth
Poblogaeth:
Gwahanu epil rhieni â ffenoteipiau gwrthgyferbyniol.
ee epil F2, Backcrossing (BC), llinell fewnfrid ailgyfunol (RIL)
Pwll cymysgu
Ar gyfer nodweddion ansoddol: 30 i 50 o unigolion (lleiafswm 20)/swmp
Ar gyfer tratis meintiol: y 5% i 10% uchaf o unigolion gyda ffenoteipiau eithafol yn y boblogaeth gyfan (lleiafswm 30+30).
Dyfnder dilyniannu a argymhellir
O leiaf 20X / rhiant ac 1X / epil unigol (ee ar gyfer pwll cymysgu epil o 30 + 30 unigolyn, dyfnder dilyniannu fydd 30X y swmp)
Dadansoddiadau biowybodeg
● Dilyniant genom cyfan
● Prosesu data
● Galwadau SNP/Indel
● Sgrinio rhanbarth ymgeiswyr
● Anodiad ffwythiant genyn yr ymgeisydd
Gofynion Sampl a Chyflenwi
Gofynion Sampl:
Niwcleotidau:
| sampl gDNA | Sampl meinwe |
| Crynodiad: ≥30 ng/μl | Planhigion: 1-2 g |
| Swm: ≥2 μg (Cyfrol ≥15 μl) | Anifeiliaid: 0.5-1 g |
| Purdeb: OD260/280 = 1.6-2.5 | gwaed cyfan: 1.5 ml |
Llif Gwaith Gwasanaeth
Dyluniad arbrawf
Cyflwyno sampl
echdynnu RNA
Adeiladu llyfrgell
Dilyniannu
Dadansoddi data
Gwasanaethau ôl-werthu
1.Sylfaen dadansoddiad cymdeithas ar Pellter Ewclidaidd (ED) i nodi rhanbarth ymgeisiol.Yn y ffigur canlynol
Echel X: Rhif cromosom;Mae pob dot yn cynrychioli gwerth ED PCE.Mae'r llinell Ddu yn cyfateb i werth ED wedi'i ffitio.Mae gwerth ED uwch yn dynodi cysylltiad mwy arwyddocaol rhwng y safle a'r ffenoteip.Mae llinell doriad coch yn cynrychioli trothwy cysylltiad arwyddocaol.
2.Association dadansoddiad yn seiliedig dim PCE-mynegai
Echel X: Rhif cromosom;Mae pob dot yn cynrychioli gwerth mynegai PCE.Mae'r llinell ddu yn sefyll am werth mynegai SNP wedi'i osod.Po fwyaf yw'r gwerth, y mwyaf arwyddocaol yw'r cysylltiad.
Achos BMK
Mae'r nodwedd feintiol fawr-effaith locws Fnl7.1 yn amgodio protein helaeth embryogenesis hwyr sy'n gysylltiedig â hyd gwddf ffrwythau mewn ciwcymbr
Cyhoeddwyd: Cylchgrawn Biotechnoleg Planhigion, 2020
Strategaeth ddilyniannu:
Rhieni (Jin5-508, YN): Dilyniannu genom cyfan ar gyfer 34 × a 20 ×.
Pyllau DNA (50 gwddf hir a 50 gwddf byr): Dilyniannu ar gyfer 61 × a 52 ×
Canlyniadau allweddol
Yn yr astudiaeth hon, cynhyrchwyd gwahanu poblogaeth (F2 a F2:3) trwy groesi llinell ciwcymbr gwddf hir Jin5-508 ac YN gwddf byr.Adeiladwyd dau bwll DNA gan 50 o unigolion gwddf hir eithafol a 50 o unigolion gwddf byr eithafol.Nodwyd QTL effaith fawr ar Chr07 trwy ddadansoddiad BSA a mapio QTL traddodiadol.Cafodd y rhanbarth ymgeisiol ei leihau ymhellach gan fapio manwl, meintioli mynegiant genynnau ac arbrofion trawsenynnol, a ddatgelodd genyn allweddol wrth reoli hyd gwddf, CsFnl7.1.Yn ogystal, canfuwyd bod polymorphism yn rhanbarth hyrwyddwr CsFnl7.1 yn gysylltiedig â mynegiant cyfatebol.Awgrymodd dadansoddiad ffylogenetig pellach fod locws Fnl7.1 yn debygol iawn o ddod o India.
 Mapio QTL mewn dadansoddiad BSA i nodi rhanbarth ymgeisiol sy'n gysylltiedig â hyd gwddf ciwcymbr |  Proffiliau LOD o QTL hyd gwddf ciwcymbr wedi'u nodi ar Chr07 |
Xu, X. , et al.“Mae’r nodwedd feintiol fawr-effaith locws Fnl7.1 yn amgodio protein helaeth embryogenesis hwyr sy’n gysylltiedig â hyd gwddf ffrwythau mewn ciwcymbr.”Cyfnodolyn Biotechnoleg Planhigion 18.7(2020).
