Celé sekvenování transkriptomu – Illumina
Funkce
● Duální knihovna pro sekvenování kompletního transkriptomu: deplece rRNA následovaná přípravou knihovny PE150 a výběrem velikosti s následnou přípravou knihovny SE50
● Kompletní bioinformatická analýza mRNA, lncRNA, circRNA a miRNA v samostatných bioinformatických zprávách
● Společná analýza veškeré exprese RNA v kombinované zprávě, včetně analýzy sítí ceRNA.
Výhody služby
●Hloubková analýza regulačních sítí: Analýza sítě ceRNA je umožněna společným sekvenováním mRNA, lncRNA, circRNA a miRNA a vyčerpávajícím bioinformatickým pracovním postupem.
●Obsáhlá anotace: používáme několik databází k funkčně anotaci diferenciálně vyjádřených genů (DEG) a provádění odpovídající analýzy obohacení, která poskytuje pohled na buněčné a molekulární procesy, které jsou základem transkriptomové odpovědi.
●Rozsáhlá odbornost: s historií úspěšného uzavření více než 2000 celých transkriptomových projektů v různých oblastech výzkumu přináší náš tým do každého projektu bohaté zkušenosti.
●Přísná kontrola kvality: implementujeme základní kontrolní body ve všech fázích, od přípravy vzorků a knihoven až po sekvenování a bioinformatiku.Toto pečlivé sledování zajišťuje trvale vysoce kvalitní výsledky.
● Komplexní anotace: používáme několik databází k funkčně anotaci diferenciálně vyjádřených genů (DEG) a provádění odpovídající analýzy obohacení, která poskytuje pohled na buněčné a molekulární procesy, které jsou základem transkriptomové odpovědi.
●Poprodejní podpora: Náš závazek přesahuje dokončení projektu s 3měsíčním poprodejním servisem.Během této doby nabízíme sledování projektu, pomoc při řešení problémů a schůzky s otázkami a odpověďmi, abychom mohli odpovědět na jakékoli dotazy související s výsledky
Vzorové požadavky a dodání
| Knihovna | Strategie sekvenování | Doporučené údaje | Kontrola kvality |
| rRNA vyčerpaná | Illumina PE150 | 16 Gb | Q30≥85 % |
| Velikost vybrána | Illumina SE50 | 10-20M čtení |
Vzorové požadavky:
Nukleotidy:
| Konc. (ng/μl) | množství (μg) | Čistota | Integrita |
| ≥ 100 | ≥ 1 | OD260/280 = 1,7-2,5 OD260/230=0,5-2,5 Omezená nebo žádná kontaminace proteiny nebo DNA na gelu. | Rostliny: RIN≥6,5 Zvíře: RIN≥7,0 5,0≥28S/18S≥1,0; omezená nebo žádná základní elevace |
Doporučené doručení vzorku
Kontejner:
2 ml centrifugační zkumavka (nedoporučuje se cínová fólie)
Označení vzorků: Skupina+replikace např. A1, A2, A3;B1, B2, B3......
Náklad:
1. Suchý led: Vzorky je třeba zabalit do sáčků a zahrabat do suchého ledu.
2. Zkumavky RNAstable: Vzorky RNA lze sušit ve zkumavce pro stabilizaci RNA (např. RNAstable®) a přepravovat při pokojové teplotě.
Tok servisní práce
Návrh experimentu
Vzorová dodávka
Extrakce RNA
Stavba knihovny
Sekvenování
Analýza dat
Poprodejní služby
Bioinformatika
Přehled exprese RNA
Diferenciálně vyjádřené geny
analýza ceRNA
Diferenciálně exprimované miRNA a příbuzné RNA
Prozkoumejte pokroky ve výzkumu, které umožňují služby sekvenování celého transkriptomu BMKGene prostřednictvím kurátorské sbírky publikací.
Dai, Y. a kol.(2022) 'Komplexní expresní profily mRNA, lncRNA a miRNA u Kashin-Beckovy choroby identifikované sekvenováním RNA', Molecular Omics, 18 (2), str. 154–166.doi: 10.1039/D1MO00370D.
Liu, N. nan a kol.(2022) 'Úplná analýza transkriptomů odolnosti proti chladu Apis cerana v hoře Changbai během období přezimování.', Gene, 830, str. 146503–146503.doi: 10.1016/J.GENE.2022.146503.
Wang, XJ a kol.(2022) „Upřednostňování konkurenčních endogenních regulačních sítí endogenní RNA u malobuněčného karcinomu plic na základě integrace multiomik: Molekulární charakteristiky a kandidáti na léky“, Frontiers in Oncology, 12, s.904865. doi: 10.3389/FONC.2022.904865/BIBTEX.
Xu, P. a kol.(2022) „Integrovaná analýza profilů exprese lncRNA/circRNA-miRNA-mRNA odhaluje nové poznatky o potenciálních mechanismech v reakci na háďátka kořenového v arašídu“, BMC Genomics, 23(1), str. 1–12.doi: 10.1186/S12864-022-08470-3/FIGURES/7.
Yan, Z. a kol.(2022) „Sekvenování RNA celého transkriptomu zdůrazňuje molekulární mechanismy spojené s udržováním posklizňové kvality brokolice pomocí červeného ozáření LED“, Postharvest Biology and Technology, 188, str.111878. doi: 10.1016/J.POSTHARVBIO.2022.111878.
