-
Sekvenování mRNA plné délky - Nanopore
Sekvenování RNA bylo neocenitelným nástrojem pro komplexní analýzu transkriptomu.Tradiční sekvenování krátkého čtení zde bezpochyby dosáhlo četných důležitých změn.Přesto často naráží na omezení v identifikaci izoforem v plné délce, kvantifikaci, zkreslení PCR.
Nanopore sekvenování se odlišuje od jiných sekvenačních platforem tím, že nukleotidy jsou čteny přímo bez syntézy DNA a generuje dlouhé čtení v desítkách kilobází.To umožňuje přímé čtení přepisů plné délky a řešení problémů ve studiích na úrovni izoforem.
Plošina：Nanopore PromethION
Knihovna:cDNA-PCR
-
De novo Sekvenování transkriptomu v plné délce - PacBio
De novosekvenování transkriptomu v plné délce, známé také jakoDe novoIso-Seq využívá výhody sekvenátoru PacBio v délce čtení, která umožňuje sekvenování molekul cDNA v plné délce bez jakýchkoli přerušení.Tím se zcela zabrání jakýmkoli chybám generovaným v krocích sestavování přepisu a konstruuje se unigenové sady s rozlišením na úrovni izoforem.Tyto unigenové sady poskytují výkonnou genetickou informaci jako „referenční genom“ na úrovni transkriptomu.Kromě toho tato služba v kombinaci se sekvenačními daty nové generace umožňuje přesnou kvantifikaci exprese na úrovni izoforem.
Platforma: PacBio Sequel IIKnihovna: SMRT zvonková knihovna -
Sekvenování eukaryotické mRNA-Illumina
Sekvenování mRNA umožňuje profilování všech mRNA transkriptovaných z buněk za specifických podmínek.Je to výkonná technologie pro odhalení profilu genové exprese, genových struktur a molekulárních mechanismů určitých biologických procesů.K dnešnímu dni bylo sekvenování mRNA široce využíváno v základním výzkumu, klinické diagnostice, vývoji léků atd.
Platforma: Illumina NovaSeq 6000
-
Nereferenční sekvenování mRNA-Illumina
Sekvenování mRNA využívá techniku sekvenování nové generace (NGS) k zachycení messengerové RNA (mRNA) z eukaryota ve specifickém období, kdy některé speciální funkce aktivují.Nejdelší sestřihaný transkript byl nazván „Unigene“ a byl použit jako referenční sekvence pro následnou analýzu, což je účinný prostředek ke studiu molekulárního mechanismu a regulační sítě druhu bez reference.
Po sestavení transkriptomových dat a unigenní funkční anotace
(1)Bude provedena analýza SNP, analýza SSR, predikce CDS a genová struktura.
(2) Bude provedena kvantifikace exprese unigenu v každém vzorku.
(3)Diferenciálně exprimované unigeny mezi vzorky (nebo skupinami) budou objeveny na základě exprese unigenů
(4)Bude provedeno shlukování, funkční anotace a analýza obohacení odlišně exprimovaných unigenů
-
Dlouhé nekódující sekvenování-Illumina
Dlouhé nekódující RNA (lncRNA) jsou typem molekul RNA o délce přesahující 200 nt, které se vyznačují extrémně nízkým kódovacím potenciálem.LncRNA, jako klíčový člen v nekódujících RNA, se nachází hlavně v jádře a plazmě.Vývoj v technologii sekvenování a bioinformatiky umožňuje identifikaci mnoha nových lncRNA a asociuje ty s biologickými funkcemi.Kumulativní důkazy naznačují, že lncRNA se široce podílí na epigenetické regulaci, regulaci transkripce a post-transkripční regulaci.
-
Malé sekvenování RNA-Illumina
Malá RNA označuje třídu nekódujících molekul RNA, které jsou obvykle kratší než 200 nt, včetně mikro RNA (miRNA), malé interferenční RNA (siRNA) a RNA interagující s piwi (piRNA).
MicroRNA (miRNA) je třída endogenních malých RNA o délce asi 20-24 nt, která hraje v buňkách řadu důležitých regulačních rolí.miRNA se účastní mnoha životních procesů, které odhalují tkáňově – specifickou a fázi – specifickou expresi a jsou vysoce konzervované u různých druhů.
-
sekvenování circRNA-Illumina
Celé sekvenování transkriptomu je navrženo tak, aby profilovalo všechny typy molekul RNA, včetně kódujících (mRNA) a nekódujících RNA (včetně lncRNA, circRNA a miRNA), které jsou transkribovány specifickými buňkami v určitém čase.Sekvenování celého transkriptomu, známé také jako „celkové sekvenování RNA“, má za cíl odhalit komplexní regulační sítě na úrovni transkriptomu.S využitím technologie NGS jsou sekvence celých transkriptomových produktů dostupné pro analýzu ceRNA a společnou analýzu RNA, což představuje první krok k funkční charakterizaci.Odhalení regulační sítě ceRNA založené na circRNA-miRNA-mRNA.
-
Celé sekvenování transkriptomu – Illumina
Celé sekvenování transkriptomu je navrženo tak, aby profilovalo všechny typy molekul RNA, včetně kódujících (mRNA) a nekódujících RNA (včetně lncRNA, circRNA a miRNA), které jsou transkribovány specifickými buňkami v určitém čase.Sekvenování celého transkriptomu, známé také jako „celkové sekvenování RNA“, má za cíl odhalit komplexní regulační sítě na úrovni transkriptomu.S využitím technologie NGS jsou sekvence celých transkriptomových produktů dostupné pro analýzu ceRNA a společnou analýzu RNA, což představuje první krok k funkční charakterizaci.Odhalení regulační sítě ceRNA založené na circRNA-miRNA-mRNA.
-
Sekvenování prokaryotické RNA
Sekvenování prokaryotické RNA využívá sekvenování nové generace (NGS) k odhalení přítomnosti a množství RNA v daném okamžiku pomocí analýzy měnícího se buněčného transkriptomu.Sekvenování prokaryotické RNA naší společnosti se konkrétně zaměřuje na prokaryota s referenčními genomy, poskytuje vám profilování transkriptomů, analýzu genové struktury atd. Široce se používá v základním vědeckém výzkumu, výzkumu a vývoji léčiv a dalších.
Platforma: Illumina NovaSeq 6000
-
Sekvenování metatranskriptomů
Metatranskriptomové sekvenování identifikuje genovou expresi mikrobů (eukaryot i prokaryot) v přirozeném prostředí (tj. půda, voda, moře, výkaly a střeva). Konkrétně vám tato služba umožňuje získat kompletní profilování genové exprese komplexních mikrobiálních společenství, taxonomickou analýzu druhů, analýza funkčního obohacení různě exprimovaných genů a další.
Platforma: Illumina NovaSeq 6000
