Sekvence zesíleného fragmentu specifického lokusu (SLAF-Seq)
Podrobnosti o službě
Technické schéma
Pracovní postup
Výhody služby
Vysoká účinnost objevování markerů- Vysoce výkonná sekvenační technologie pomáhá SLAF-Seq při objevování stovek tisíc značek v celém genomu.
Nízká závislost na genomu- Může být aplikován na druhy s referenčním genomem nebo bez něj.
Flexibilní návrh schématu- Jednoenzymové, dvouenzymové, multienzymové štěpení a různé typy enzymů, všechny lze vybrat tak, aby vyhovovaly různým výzkumným cílům nebo druhům.K zajištění optimálního návrhu enzymu se používá předběžné vyhodnocení in silico.
Efektivní enzymatické trávení- Předexperiment byl proveden za účelem optimalizace podmínek, díky čemuž je formální experiment stabilní a spolehlivý.Účinnost sběru fragmentů může dosáhnout více než 95 %.
Rovnoměrně rozmístěné značky SLAF- Tagy SLAF jsou v největší míře rovnoměrně rozmístěny ve všech chromozomech a dosahují v průměru 1 SLAF na 4 kb.
Efektivní zamezení opakování- Opakující se sekvence v datech SLAF-Seq je snížena na méně než 5 %, zejména u druhů s vysokou úrovní opakování, jako je pšenice, kukuřice atd.
Bohaté zkušenosti-Více než 2000 uzavřených projektů SLAF-Seq na stovkách druhů zahrnujících rostliny, savce, ptáky, hmyz, vodní organismy atd.
Samostatně vyvinutý bioinformatický pracovní postup- Integrovaný bioinformatický pracovní postup pro SLAF-Seq byl vyvinut společností BMKGENE, aby byla zajištěna spolehlivost a přesnost konečného výstupu.
Specifikace služby
| Plošina | Konc. (ng/gl) | Celkem (ug) | OD260/280 |
| Illumina NovaSeq | >35 | >1.6(Svazek>15μl) | 1,6-2,5 |
Doporučená strategie sekvenování
Hloubka sekvence: 10X/Tag
| Velikost genomu | Doporučené značky SLAF |
| < 500 Mb | 100K nebo WGS |
| 500 Mb - 1 Gb | 100 tis |
| 1 Gb - 2 Gb | 200 K |
| Obří nebo složité genomy | 300–400 tis |
| Aplikace
| Doporučeno Populační měřítko
| Strategie sekvenování a hloubka
| |
| Hloubka
| Označ číslo
| ||
| GWAS
| Číslo vzorku ≥ 200
| 10X
|
Podle velikost genomu
|
| Genetická evoluce
| Jednotlivci každého podskupina > 10; celkový počet vzorků ≥ 30
| 10X
| |
Doporučené doručení vzorku
Nádoba: 2 ml centrifugační zkumavka
U většiny vzorků doporučujeme nekonzervovat v etanolu.
Označení vzorků: Vzorky musí být jasně označeny a shodné s předloženým formulářem informací o vzorku.
Zásilka: Suchý led: Vzorky je třeba nejprve zabalit do sáčků a uložit do suchého ledu.
Pracovní postup služby
Ukázka kontroly kvality
Pilotní experiment
SLAF-experiment
Příprava knihovny
Sekvenování
Analýza dat
Poprodejní služby
1. Statistika výsledku mapy
2. Vývoj markerů SLAF
3. Anotace variace
| Rok | Časopis | IF | Titul | Aplikace |
| 2022 | Příroda komunikace | 17,694 | Genomický základ giga-chromozomů a giga-genomu stromové pivoňky Paeonia ostii | SLAF-GWAS |
| 2015 | Nový fytolog | 7,433 | Stopy domestikace ukotvují genomické oblasti agronomického významu sójové boby | SLAF-GWAS |
| 2022 | Journal of Advanced Research | 12,822 | Genomové umělé introgrese Gossypium barbadense do G. hirsutum odhalují vynikající lokusy pro současné zlepšení kvality bavlněných vláken a výtěžnosti rysy | SLAF-Evoluční genetika |
| 2019 | Molekulární rostlina | 10,81 | Populační genomická analýza a De Novo Assembly odhalují původ Weedy Rýže jako evoluční hra | SLAF-Evoluční genetika |
| 2019 | Genetika přírody | 31,616 | Sekvence genomu a genetická diverzita kapra obecného, Cyprinus carpio | Mapa spojení SLAF |
| 2014 | Genetika přírody | 25,455 | Genom kultivovaných arašídů poskytuje pohled na karyotypy luštěnin, polyploidní evoluce a domestikace plodin. | Mapa spojení SLAF |
| 2022 | Plant Biotechnology Journal | 9,803 | Identifikace ST1 odhaluje selekci zahrnující stopování morfologie semen a obsah oleje během domestikace sóji | Vývoj SLAF-Marker |
| 2022 | International Journal of Molecular Sciences | 6.208 | Identifikace a vývoj DNA markerů pro Wheat-Leymus mollis 2Ns (2D) Dizomická chromozomová substituce | Vývoj SLAF-Marker |
