Malé RNA jsou typem krátké nekódující RNA s průměrnou délkou 18-30 nt, včetně miRNA, siRNA a piRNA.Uvádí se, že tyto malé RNA se masivně podílejí na různých biologických procesech, jako je degradace mRNA, inhibice translace, tvorba heterochromatinu atd. Sekvenační analýza malých RNA byla široce používána ve studiích vývoje zvířat/rostlin, nemocí, virů atd. Malá RNA platforma sekvenční analýzy se skládá ze standardní analýzy a pokročilého dolování dat.Na základě dat RNA-seq lze standardní analýzou dosáhnout identifikace a predikce miRNA, predikce cílového genu miRNA, anotace a analýzy exprese.Pokročilá analýza umožňuje přizpůsobené vyhledávání a extrakci miRNA, generování Vennových diagramů, miRNA a budování sítě cílových genů.