produkty

Jednojaderné sekvenování RNA

Vybraný obrázek pro sekvenování jednojádrové RNA

Pokrok v zachycování jedné buňky a technika konstrukce individuální knihovny v kombinaci s vysoce výkonným sekvenováním umožňuje studie genové exprese na bázi buňky po buňce.Umožňuje hlubší a kompletní systémovou analýzu komplexních buněčných populací, ve které se do značné míry vyhne maskování jejich heterogenity tím, že se vezme průměr ze všech buněk.

Některé buňky však nejsou vhodné pro výrobu jednobuněčné suspenze, takže jsou nutné jiné způsoby přípravy vzorků – extrakce jádra z tkání, to znamená, že jádro je přímo extrahováno z tkání nebo buňky a připraveno na jednojadernou suspenzi pro jedno- sekvenování buněk.

BMK poskytuje službu sekvenování jednobuněčné RNA na bázi 10× Genomics ChromiumTM.Tato služba byla široce používána ve studiích studií souvisejících s nemocemi, jako je diferenciace imunitních buněk, heterogenita nádorů, vývoj tkání atd.

Prostorový transkriptomový čip: 10× Genomics

Platforma: Illumina NovaSeq Platform

Kontaktujte nás

Podrobnosti o službě

Bioinformatika

Výsledky ukázky

Technický princip

Izolace jader je dosaženo pomocí 10× Genomics ChromiumTM, což je osmikanálový mikrofluidní systém s dvojitým křížením.V tomto systému jsou gelové kuličky s čárovými kódy a primerem, enzymy a jediné jádro zapouzdřeny v kapce oleje o velikosti nanolitrů, čímž se vytváří gelová kulička v emulzi (GEM).Po vytvoření GEM se v každém GEM provede buněčná lýza a uvolnění čárových kódů.mRNA jsou reverzně transkribovány do molekul cDNA s 10× čárovými kódy a UMI, které dále podléhají standardní konstrukci sekvenační knihovny.

Tkáň není vhodná pro přípravu jednobuněčné suspenze

Buňka / tkáň	Důvod
Nečerstvě zmrazenou tkáň	Nelze získat nové nebo dlouho uložené organizace
Svalové buňky, megakaryocyty, tuk…	Průměr buňky je příliš velký pro vstup do přístroje
Játra…	Příliš křehké na rozbití, neschopné rozlišit jednotlivé buňky
Neuronová buňka, mozek…	Citlivější, snadno podléhající stresu, změní výsledky sekvenování
Slinivka, štítná žláza…	Bohaté na endogenní enzymy ovlivňující produkci suspenze jednotlivých buněk

Jednojádro vs jednobuněčné

Jednojádro	Jediná buňka
Neomezený průměr buňky	Průměr buňky: 10-40 μm
Materiálem může být zmrazená tkáň	Materiál musí být čerstvý tkáň
Nízký stres zmrazených buněk	Enzymová léčba může způsobit buněčnou stresovou reakci
Není třeba odstraňovat žádné červené krvinky	Je třeba odstranit červené krvinky
Nukleární vyjadřuje bioinformace	Celá buňka exprimuje bioinformace