produkty

Sekvenování prokaryotické RNA

Sekvenování prokaryotické RNA využívá sekvenování nové generace (NGS) k odhalení přítomnosti a množství RNA v daném okamžiku pomocí analýzy měnícího se buněčného transkriptomu.Sekvenování prokaryotické RNA naší společnosti se konkrétně zaměřuje na prokaryota s referenčními genomy, poskytuje vám profilování transkriptomů, analýzu genové struktury atd. Široce se používá pro základní vědecký výzkum, výzkum a vývoj léčiv a další.

Platforma: Illumina NovaSeq Platform

Kontaktujte nás

Podrobnosti o službě

Specifikace služby

Platforma: Platforma Illumina NovaSeq, PE150

Typ knihovny: 350bp inzertní cDNA knihovna (závisí na distribuci píku)

Strategie sekvenování: Paired-End 150 bp

Doporučené množství dat: 2 Gb nezpracovaných dat/vzorek

Bioinformatika

(1) Kontrola kvality sekvenačních dat: distribuce nukleotidů, distribuce základní kvality, hodnocení poměru rRNA;

(2) Analýza zarovnání sekvencí: Statistika výsledků zarovnání, Sytost sekvenování, Pokrytí sekvenování;

(3) Anotace referenčního genomu (NR, Swiss-Prot, Pfam, COG, GO, KEGG);

(4) Analýza exprese: Distribuce exprese (se dvěma nebo více vzorky), Analýza exprese mezi vzorky (Vennova analýza, korelační analýza, PCA analýza);

(5) Analýza diferenciální exprese (se dvěma nebo více vzorky);

(6) Analýza genové sady: Vennova analýza, Clusterová analýza, Analýza anotací funkcí (COG, GO, KEGG), Analýza obohacení funkcí (GO, KEGG), Chordální graf obohacení funkcí, Analýza Ipath;

(7) analýza sRNA: predikce sRNA, anotace sRNA (Blast, sRNAMap, sRNATarBase, SIPHT, Rfam), predikce sekundární struktury sRNA, predikce cílového genu sRNA;

(8) Analýza struktury transkriptu: Operonová analýza, predikce místa začátku a konce transkripce, anotace a analýza UTR, predikce sekvence promotoru, analýza SNP/InDel (anotace SNP/InDel, regionální distribuce SNP/InDel, statistika SNP).