-
BSA
Platforma Bulked Segregant Analysis se skládá z jednokrokové standardní analýzy a pokročilé analýzy s přizpůsobeným nastavením parametrů.BSA je technika používaná k rychlé identifikaci genetických markerů spojených s fenotypem.Hlavní pracovní postup BSA obsahuje: 1. výběr dvou skupin jedinců s extrémně protichůdnými fenotypy;2. spojení DNA, RNA nebo SLAF-seq (vyvinuto Biomarkerem) všech jedinců za vzniku dvou objemů DNA;3. identifikace rozdílných sekvencí proti referenčnímu genomu nebo mezi nimi, 4. predikce kandidátních spojených oblastí pomocí ED a SNP-indexového algoritmu;5. Funkční analýza a obohacení genů v kandidátských oblastech atd. K dispozici je také pokročilejší dolování dat včetně screeningu genetických markerů a návrhu primerů.
-
Amplikon (16S/18S/ITS)
Platforma Amplicon (16S/18S/ITS) je vyvinuta s dlouholetými zkušenostmi v projektové analýze mikrobiální diverzity, která obsahuje standardizovanou základní analýzu a personalizovanou analýzu: základní analýza pokrývá hlavní proud analýzy obsahu současného mikrobiálního výzkumu, obsah analýzy je bohatý a komplexní, a výsledky analýz jsou prezentovány ve formě projektových zpráv;Obsah personalizované analýzy je různorodý.Vzorky mohou být vybrány a parametry mohou být flexibilně nastaveny podle základní zprávy o analýze a účelu výzkumu, aby bylo možné realizovat personalizované požadavky.Operační systém Windows, jednoduchý a rychlý.
-
Evoluční genetika
Evoluční genetika je komplexní sekvenační služba navržená pro poskytování komplexní interpretace evolučních informací daných materiálů na základě genetických variací, včetně SNP, InDels, SV a CNV.Poskytuje všechny základní analýzy potřebné pro popis evolučních změn a genetických rysů populací, jako je struktura populace, genetická diverzita, fylogenetické vztahy atd. Obsahuje také studie o toku genů, které umožňují odhad efektivní velikosti populace, doby divergence.
-
Srovnávací genomika
Komparativní genomika doslova znamená porovnávání kompletních genomových sekvencí a struktur různých druhů.Tato disciplína si klade za cíl odhalit evoluci druhů, funkci genů, mechanismus regulace genů na úrovni genomu identifikací sekvenčních struktur a prvků, které se zachovaly nebo diferencovaly napříč různými druhy.Typická komparativní genomická studie zahrnuje analýzy genové rodiny, evolučního vývoje, duplikace celého genomu, selektivního tlaku atd.
-
Evoluční genetika
Platforma pro populační a evoluční genetickou analýzu je založena na masivních zkušenostech nashromážděných v rámci R&D týmu BMK po léta.Je to uživatelsky přívětivý nástroj zejména pro výzkumné pracovníky, kteří se neorientují v bioinformatice.Tato platforma umožňuje základní analýzu související s evoluční genetikou, včetně konstrukce fylogenetického stromu, analýzy nerovnováhy vazeb, hodnocení genetické diverzity, analýzy selektivního rozmítání, analýzy příbuznosti, PCA, analýzy struktury populace atd.
-
Hi-C založené Genome Assembly
Hi-C je metoda navržená k zachycení konfigurace chromozomů kombinací sondování interakcí založených na blízkosti a vysoce výkonného sekvenování.Předpokládá se, že intenzita těchto interakcí negativně koreluje s fyzickou vzdáleností na chromozomech.Data Hi-C by tedy mohla vést ke shlukování, řazení a orientaci sestavených sekvencí v návrhu genomu a jejich ukotvení na určitý počet chromozomů.Tato technologie umožňuje sestavení genomu na úrovni chromozomů v nepřítomnosti genetické mapy založené na populaci.Každý genom potřebuje Hi-C.
Platforma: Platforma Illumina NovaSeq / DNBSEQ
-
Rostlinné/zvířecí sekvenování genomu De Novo
De Novosekvenování odkazuje na konstrukci celého genomu druhu pomocí sekvenačních technologií, např. PacBio, Nanopore, NGS, atd., v nepřítomnosti referenčního genomu.Pozoruhodné zlepšení délky čtení u sekvenačních technologií třetí generace přineslo nové možnosti při sestavování komplexních genomů, jako jsou genomy s vysokou heterozygotností, vysokým poměrem repetitivních oblastí, polyploidy atd. S délkou čtení na úrovni desítek kilobází umožňují tato sekvenační čtení rozlišení repetitivních prvků, oblastí s abnormálním obsahem GC a dalších vysoce komplexních oblastí.
Platforma: PacBio Sequel II /Nanopore PromethION P48/ Platforma Illumina NovaSeq
-
Sekvenování celého lidského exomu
Celé exomové sekvenování (WES) je považováno za nákladově efektivní sekvenační strategii pro identifikaci mutací způsobujících onemocnění.Přestože exony zabírají pouze přibližně 1,7 % celého genomu, představují přímo profil celkových proteinových funkcí.V lidském genomu bylo hlášeno, že více než 85 % mutací souvisejících s onemocněním se vyskytuje v oblasti kódující protein.
BMKGENE nabízí komplexní a flexibilní služby sekvenování celého lidského exomu s různými dostupnými strategiemi zachycování exonu pro splnění různých výzkumných cílů.
Platforma: Illumina NovaSeq Platform
-
Sekvence zesíleného fragmentu specifického lokusu (SLAF-Seq)
Vysoce výkonné genotypování, zejména na velké populaci, je základním krokem v genetických asociačních studiích, které poskytují genetický základ pro objev funkčních genů, evoluční analýzu atd. Namísto hlubokého resekvenování celého genomu je sekvenování genomu se sníženou reprezentací (RRGS) ) je zaveden s cílem minimalizovat náklady na sekvenování na vzorek a zároveň zachovat rozumnou účinnost při objevování genetických markerů.Toho se běžně dosahuje extrakcí restrikčních fragmentů v daném rozsahu velikostí, který se nazývá knihovna redukované reprezentace (RRL).Sekvenování fragmentů amplifikovaných na specifickém lokusu (SLAF-Seq) je samostatně vyvinutá strategie pro genotypování SNP s nebo bez referenčního genomu.
Platforma: Illumina NovaSeq Platform -
Illumina a BGI
Technologie sekvenování Illumina, založená na SBS (Sequencing by Synthesis), je celosvětově přijatá inovace NGS, která je zodpovědná za generování více než 90 % světových sekvenačních dat.Princip SBS zahrnuje zobrazování fluorescenčně značených reverzibilních terminátorů, když je každý dNTP přidán a následně štěpen, aby se umožnilo začlenění další báze.Se všemi čtyřmi reverzibilními terminátorem navázanými dNTP přítomnými v každém sekvenačním cyklu přirozená konkurence minimalizuje inkorporační zkreslení.Tato všestranná technologie podporuje knihovny s jedním čtením i knihovny s párovaným koncem, které zajišťují řadu genomických aplikací.Vysoce výkonné schopnosti a přesnost sekvenování Illumina jej staví jako základní kámen ve výzkumu genomiky a umožňují vědcům odhalit složitosti genomů s bezkonkurenčními detaily a účinností.
DNBSEQ, vyvinutý společností BGI, je další inovativní technologií NGS, které se podařilo dále snížit náklady na sekvenování a zvýšit propustnost.Příprava knihoven DNBSEQ zahrnuje fragmentaci DNA, přípravu ssDNA a amplifikaci v rotujícím kruhu k získání nanokuliček DNA (DNB).Ty jsou poté naneseny na pevný povrch a následně sekvenovány kombinatorickou syntézou sondy a kotvy (cPAS).
Naše předem připravená služba sekvenování knihoven usnadňuje zákazníkům přípravu jejich sekvenačních knihoven z různých zdrojů (mj. mRNA, celý genom, amplikon).Následně mohou být tyto knihovny odeslány do našich sekvenačních center pro kontrolu kvality a sekvenování na platformách Illumina nebo BGI.
