Teplotní mapa
Soubor maticových dat se používá pro kreslení tepelných map, které mohou filtrovat, normalizovat a shlukovat maticová data.Většinou se používá pro shlukovou analýzu úrovně genové exprese mezi různými vzorky.
Genová anotace
Anotace genové funkce se provádí mapováním sekvencí v souboru FASTA proti různým databázím.
Genová anotace
Základní nástroj pro vyhledávání místního zarovnání
CDS_UTR_Prediction
Tento nástroj je navržen tak, aby predikoval kódující oblasti (CDS) a nekódující oblasti (UTR) v daných transkriptových sekvencích na základě blastingu proti známé proteinové databázi a predikci ORF.
Spiknutí na Manhattanu
Graf Manhattan umožňuje zobrazení dat s velkým počtem datových bodů.Běžně se používá v celogenomových asociačních studiích (GWAS).
Circos
CIRCOS diagram umožňuje přímou prezentaci distribucí SNP, InDeL, SV, CNV na genomu.
GO_Enrichment
TopGO je nástroj určený pro funkční obohacení.Balíček TopGO-Bioconductor obsahuje diferenciální expresní analýzu, analýzu obohacení GO a vizualizaci výsledků.Vygeneruje složku s výstupem s názvem „Graph“, která obsahuje výsledky pro topGO_BP, topGO_CC a topGO_MF.
WGCNA
WGCNA je široce používaná metoda dolování dat pro objevování modulů pro koexpresi genů.Je použitelný pro různé expresní datové sady včetně dat microarray a dat genové exprese pocházejících ze sekvenování nové generace.
InterProScan
InterPro proteinová sekvenční analýza a klasifikace
GO_KEGG_Enrichment
Tento nástroj je navržen tak, aby generoval histogram obohacení GO, histogram obohacení KEGG a dráhu obohacení KEGG na základě poskytnuté sady genů a odpovídající anotace.