Sekvenování celého genomu rostlin/zvířat
1. Výhody služby
Rozsáhlé zkušenosti se sekvenováním genomu pro více než 1000 druhů.
Více než 800 publikovaných případů s kumulativním dopadovým faktorem přes 4000.
Komplexní bioinformatická analýza na volání variací a funkční analýza.
2. Specifikace služby
| Plošina | Knihovna | Doporučená seq hloubka | |
| Illumina | PE 150 | Pro SNP, volání InDel ≥ 10x Pro SV, volání CNY ≥ 30x
| |
| Nanopore
| 8 kb | Pro SV, volání CNY ≥ 20x | |
| Pacbio | CCS | 15 kb | Pro volání SNP, InDel, SV, CNY ≥ 10x |
3. Vzorové požadavky
| Plošina | Konc.(ng/μL)
| Částka (ng)
| Čistota
| Agarózový gel
| ||
| OD260/280 | OD260/230 | 1. Jasné hlavní pásmo s žádným nebo omezenýmdegradace pozorovaná na gelu. 2. Žádná nebo omezená kontaminace RNA nebo proteiny
| ||||
| Illumina | ≥1 | ≥30
| - | - | ||
| Nanopore
| ≥30 | Závisí na výnosu dat 10 μg/buňku | 1,7-2,2 | ≥1,5 | ||
| Pacbio | CCS | ≥50 | 1,7-2,2 | 1,8-2,5 | ||
4. Bioinformační analýza
5. Tok servisních prací
Vzorová dodávka
Extrakce DNA
Stavba knihovny
Sekvenování
Analýza dat
Doručování dat
1) Statistika mapování genomu
Tabulka 1 Statistika výsledku mapování
Obrázek 1 Rozložení velikosti vložky a pokrytí čtení.
2) Variate Detection
Obrázek 2 Statistika a anotace SNP/INDEL/SV mezi vzorky
Obrázek 3 Distribuce vatiací v celém genomu
3) Funkční anotace variací
| 2019 | Příroda komunikace | Resekvenování celého genomu odhaluje původ Brassica napus a genetická lokusy podílející se na jeho zlepšení |
| 2020 | PNAS | Evoluční původ a historie domestikace zlaté rybky (Carassius auratus) |
| 2021 | Plant Biotechnology Journal | Referenční genomy dvou pěstovaných druhů juty |
| 2021 | Plant Biotechnology Journal | Genomické znaky rostlinného a olejnatého allopolyploidu Brassicajuncea a genetické lokusy kontrolující akumulaci glukosinolátů |
| 2019 | Molekulární rostlina | Resekvenování celého genomu celosvětové sbírky přírůstků řepky odhaluje genetický základ jejich ekotypové divergence |
| 2022 | Zahradnický výzkum | Analýza asociací v rámci celého genomu poskytuje molekulární pohledy na přirozené variace velikosti semen melounu |
| 2021 | Časopis experimentální botaniky | Celogenomová asociační studie identifikuje varianty GhSAD1, které udělují bavlnu toleranci vůči chladu |
| 2021 | Časopis experimentální botaniky | Celogenomová asociační studie a srovnání transkriptomů odhalují nové QTL a kandidátní geny, které kontrolují velikost okvětních lístků v řepkovém semenu |
