Rostlinné/zvířecí sekvenování genomu De Novo
Výhody služby
Vývoj sekvenačních platforem a bioinformatiky vde novosestavení genomu
(Amarasinghe SL a kol.,Biologie genomu, 2020)
● Konstrukce nových genomů a zlepšování stávajících referenčních genomů pro sledované druhy.
● Vyšší přesnost, návaznost a kompletnost při montáži
● Vytvoření základního zdroje pro výzkum sekvenčního polymorfismu, QTL, editace genů, šlechtění atd.
● Vybaveno celým spektrem sekvenačních platforem třetí generace: řešení sestavování genomu na jednom místě
● Flexibilní strategie sekvenování a sestavování splňující různé genomy s různými vlastnostmi
● Vysoce kvalifikovaný tým bioinformatik s velkými zkušenostmi v komplexních genomových sestavách, včetně polyploidů, obřích genomů atd.
● Více než 100 úspěšných případů s kumulativním publikovaným faktorem dopadu nad 900
● Doba obratu již za 3 měsíce pro sestavení genomu na úrovni chromozomů.
● Solidní technická podpora s řadou patentů a autorských práv k softwaru jak v experimentální části, tak v bioinformatice.
Specifikace služby
|
Obsah
|
Plošina
|
Délka čtení
|
Dosah
|
| Průzkum genomu
| Illumina NovaSeq
| PE150
| ≥ 50X
|
| Sekvenování genomu
| PacBio Revio
| 15 kb HiFi čtení
| ≥ 30X
|
| Ahoj-C
| Illumina NovaSeq
| PE150
| ≥100X
|
Pracovní postup
Vzorové požadavky a dodání
Vzorové požadavky:
| Druh | Tkáň | Pro PacBio | Pro Nanopore |
| Zvířata | Viscerální orgány (játra, slezina atd.) | ≥ 1,0 g | ≥ 3,5 g |
| Sval | ≥ 1,5 g | ≥ 5,0 g | |
| Krev savců | ≥ 1,5 ml | ≥ 5,0 ml | |
| Krev ryb nebo ptáků | ≥ 0,2 ml | ≥ 0,5 ml | |
| Rostliny | Čerstvé listy | ≥ 1,5 g | ≥ 5,0 g |
| Okvětní lístek nebo stonek | ≥ 3,5 g | ≥ 10,0 g | |
| Kořeny nebo semena | ≥ 7,0 g | ≥ 20,0 g | |
| Buňky | Buněčná kultura | ≥ 3×107 | ≥ 1×108 |
Doporučené doručení vzorku
Nádoba: 2 ml centrifugační zkumavka (nedoporučuje se cínová fólie)
U většiny vzorků doporučujeme nekonzervovat v etanolu.
Označení vzorků: Vzorky musí být jasně označeny a shodné s předloženým formulářem informací o vzorku.
Zásilka: Suchý led: Vzorky je třeba nejprve zabalit do sáčků a uložit do suchého ledu.
Tok servisní práce
Návrh experimentu
Vzorová dodávka
Extrakce DNA
Stavba knihovny
Sekvenování
Analýza dat
Poprodejní služby
*Zde zobrazené ukázkové výsledky jsou všechny z genomů publikovaných společností Biomarker Technologies
1.Circos na chromozomové úrovni sestavení genomuG. rotundifoliumpomocí sekvenační platformy Nanopore
Wang M a kol.,Molekulární biologie a evoluce, 2021
2.Statistika sestavení a anotace genomu žita weining
Li G a kol.,Genetika přírody, 2021
3. Genová predikceSechium edulegenom, odvozený ze tří předpovědních metod:De novopredikce, predikce založená na homologii a predikce založená na datech RNA-Seq
Fu A a kol.,Zahradnický výzkum, 2021
4.Identifikace intaktních dlouhých terminálních repetic ve třech genomech bavlníku
Wang M a kol.,Molekulární biologie a evoluce, 2021
5.Hi-C tepelná mapaC. acuminatagenom vykazující interakce v celém genomu all-by-all.Intenzita Hi-C interakcí je úměrná lineární vzdálenosti mezi kontigy.Čistá přímka na této tepelné mapě ukazuje na vysoce přesné ukotvení kontigů na chromozomech.(Poměr ukotvení Contig: 96,03 %)
kang M a spol.,Nature Communications,2021
Pouzdro BMK
Vysoce kvalitní sestava genomu zvýrazňuje genomové vlastnosti žita a agronomicky důležité geny
Publikováno: Genetika přírody, 2021
Strategie sekvenování:
Sestavení genomu: režim PacBio CLR s knihovnou 20 kb (497 Gb, cca 63×)
Korekce sekvence: NGS s 270 bp DNA knihovnou (430 Gb, cca 54×) na platformě Illumina
Ukotvení Contigs: Hi-C knihovna (560 Gb, cca 71×) na platformě Illumina
Optická mapa: (779,55 Gb, cca 99×) na Bionano Irys
Klíčové výsledky
1. Byl publikován soubor genomu žita Weining s celkovou velikostí genomu 7,74 Gb (98,74 % odhadnuté velikosti genomu průtokovou cytometrií).Lešení N50 této sestavy dosáhlo 1,04 Gb.93,67 % kontigů bylo úspěšně ukotveno na 7 pseudochromozomech.Tato sestava byla hodnocena mapou propojení, LAI a BUSCO, což vedlo k vysokým skóre ve všech hodnoceních.
2. Na základě tohoto genomu byly provedeny další studie komparativní genomiky, genetické vazebné mapy, transkriptomické studie.Byla odhalena řada genomických rysů souvisejících s vlastnostmi, včetně genových duplikací v celém genomu a jejich dopadu na geny biosyntézy škrobu;fyzická organizace komplexních prolaminových lokusů, rysy genové exprese, které jsou základem časného hlavičkového znaku a domnělé chromozomální oblasti a lokusy spojené s domestikací v žitu.
 Circos diagram na genomických rysech genomu žita Weining |  Evoluční a chromozomové syntezické analýzy genomu žita |
Li, G., Wang, L., Yang, J.a kol.Vysoce kvalitní sestava genomu zvýrazňuje genomové vlastnosti žita a agronomicky důležité geny.Nat Genet 53,574–584 (2021).
https://doi.org/10.1038/s41588-021-00808-z
