BMKCloud Log in
条形 banner-03

Zprávy

EVOLUCE GENOMU

PNAS

Evoluční původ a historie domestikace zlaté rybky (Carassius auratus)

PacBio |Illumina |Satelitní mapa genomu Bionano |Hi-C Genome Assembly |Genetická mapa |GWAS |RNA-Seq

Zvýraznění

1. Genom zlaté rybky byl aktualizován o vysoce kvalitní montážní verzi, ukotvující 95,75 % kontigů do 50 pseudochromozomů (Scaffold N50=31,84 Mb).Dva subgenomy byly odděleny.

2. Genomické oblasti selektivních zametání během domestikace byly identifikovány z resekvenačních dat 201 jedinců, které odhalily více než 390 kandidátních genů, které jsou pravděpodobně spojeny s domestikačními rysy.

3.GWAS na hřbetní ploutvi u domestikovaných zlatých rybek odhalil 378 kandidátních genů, které se potenciálně asociovaly.Reportér tyrosin-proteinkinázy byl identifikován jako kandidátní kauzální gen spojený s transparentností

Pozadí

Zlatá rybka (Carassius auratus) je jednou z nejvýznamnějších chovaných ryb, která byla domestikována z karasů ve staré Číně.Charles Darwin je okomentoval slovy: „Přecházíme-li přes téměř nekonečnou rozmanitost barev, setkáváme se s nejneobvyklejšími úpravami struktury“.Extrémně rozmanité rysy a dlouhá historie domestikace a chovu dělají ze zlatých rybek vynikající genetický modelový systém pro fyziologii a evoluci ryb.

Úspěchy

Genom zlaté rybky

JMastná analýza dat sekvenování párových konců PacBio a Illumina poskytuje počáteční sestavu náčrtu 1,657 G (Contig N50=474 Kb).Byla vytvořena optická mapa Bionano a opravena sestava na velikost 1,73 Gb (odhadovaná velikost genomu: 1,8 Gb).Sestava založená na Hi-C dále zlepšila lešení N50 z 606 Kb na 31,84 Mb a dosáhla 95,75 % (1,65 Gb) orientovaného a objednaného ukotvení.Genom obsahuje 56 251 kódujících genů a 10 098 dlouhých nekódujících transkriptů.Navíc bylo předpovězeno 38 potenciálních centromerických oblastí z 50 chromozomů.

novinky-pnas-zlatá rybka-obr1

Obr.1 Genom zlaté ryby

TV 50 chromozomech zlaté rybky byly identifikovány dvě jasné sady subgenomů, které byly výsledkem dávné hybridizace.Sada chromozomů s vyšším podílem čtení zarovnaných mezi zlatou rybkou a Barbinae byla definována jako subgenom A (ChrA01~A25), tj. subgenom společný pro Barbinae, a zbytek jako subgenom B (ChrB01~B25).

Domestikace a selektivní zametání

Acelkem 16 divokých karasů a 185 reprezentativních variant zlatých rybek bylo resekvenováno s průměrnou hloubkou sekvenování přibližně 12,5X, což generovalo 4,3 terabází dat.Fylogenetická rekonstrukce a PCA analýza potvrdily užší vztah mezi zlatou rybkou a karasem než u jiných zlatých rybek, které se dělí do dvou linií.

novinky-pnas-zlatá rybka-obr2-1-1024x287

LD analýza rozpadu na výše uvedených čtyřech subpopulacích podpořila existenci populačního genetického zúžení během domestikace a silné umělé selekce u zlatých rybek.Zvyšující se genetická diverzita (π) od karasa přes zlatou rybku obecnou až po zlaté rybky Wen a vaječné zlaté rybky naznačovaly významnou akumulaci genetických variací během jejich domestikace.Z reprezentativních dat bylo identifikováno 50 selektivních sweep genomických oblastí pokrývajících 25,2 Mb a 946 genů (33 zlatých rybek a 16 karasových keců).Rozšířením analýzy na 201 jedinců 393 genů indikovalo oblasti dokončeného selektivního rozmítání.Bylo zjištěno, že tyto geny mají nízkou diverzitu, což pravděpodobně přispívá k fenotypům spojeným s hlavními domestikačními rysy u zlatých rybek.

novinky-pnas-zlatá rybka-obr3-1024x451

Obr.3 Analýza spojená s domestikací v celém genomu

GWAS na domestikovaných zlatých rybkách

DOrsální ploutev je klíčovým znakem, který odlišuje zlatou rybku Wen od zlaté rybky Egg.GWAS hřbetní ploutve na zlaté rybce 96 Wen a zlaté rybce 87 vajec odhalilo 378 kandidátních genů rozšířených ve 13 chromozomech a byla pozorována nerovnoměrná distribuce těchto genů mezi subgenomy.Funkční analýza těchto kandidátních genů zdůraznila biologické procesy včetně „signalizace buněčných povrchových receptorů“, „transmembránového transportu“, „vývoje kosterního systému“ atd.

novinky-pnas-zlatá rybka-obr.4-1024x353

Obr.4 GWAS hřbetní ploutve na domestikované zlaté rybce

In GWAS transparentních rysů souvisejících se stupnicí byl detekován jeden silný asociační pík.V jedné z kandidátských oblastí byl identifikován gen kódující receptor tyrosin-proteinkinázy.

novinky-pnas-zlatá rybka-obr.5-1024x271

Obr.5 GWAS transparentních rysů souvisejících se stupnicí

Odkaz

Cslepice D a kol.Evoluční původ a historie domestikace zlaté rybky (Carassius auratus).PNAS (2020)

Zprávy  si klade za cíl sdílet nejnovější úspěšné případy s Biomarker Technologies, zachycovat nové vědecké úspěchy i prominentní techniky použité během studie.


Čas odeslání: leden-04-2022

Pošlete nám svou zprávu: