EVOLUCE GENOMU
Genom De novo
Montáž|Určení pohlaví Celé sekvenační práce a dílčí bioinformatické služby poskytla společnost Biomarker Technologies.
Abstraktní
“Ikonický fenotyp seadragonů zahrnuje přídavky podobné listům, bezzubá trubicová ústa a samčí těhotenství zahrnující inkubaci oplodněných vajíček na otevřeném „plochu“.De novo jsme sekvenovali samčí a samičí genomy dračince obecného (Phyllopteryx taeniolatus) a jeho blízce příbuzného druhu, aligátora chřástalého (Syngnathoides biaculeatus).Transkripční profily z evoluční novinky, listovitých příloh, ukazují, že byla kooptována sada genů typicky zapojených do vývoje ploutví, stejně jako obohacení transkriptů pro potenciální geny pro opravu tkání a imunitní obranu.Bylo zjištěno, že mutanti zebrafish pro scpp5, který se ztrácí u všech syngnathidů, postrádají nebo mají deformované faryngeální zuby, což podporuje hypotézu, že ztráta scpp5 přispěla ke ztrátě zubů u syngnathidů.Byl identifikován domnělý lokus určující pohlaví kódující gen amhr2y specifický pro samce sdílený obecným seadragonem a aligátorem. “
Materiály a metody:
Materiály
Fnáš společný mořský drak (P. taeniolatus) a dvě aligátoří trubice (S. biaculeatus) exempláře.Pro sekvenování celého genomu byli použiti dva jedinci seadragona obecného (jeden samec a jedna samice) a dva jedinci aligátorů (jeden samec a jedna samice) a pro resekvenování genomu byli použiti dva další jedinci samce seadrana obecného.
Strategie sekvenování genomu
2Knihovna 70/350 bp (Hiseq 2500) + Pacbio 20 Kb (Sequel) nebo Nanopore 30 Kb (MinION)+ Hi-C (NovaSeq 6000).
Sekvenování transkriptomu
Fnebo byly shromážděny dračice, mozek, oko, žábry, játra, srdce, ledviny, mezenterium, střevo, sval, ploutev, kůže, listy podobné přívěskům, varlata a vaječník.
Strategie sestavení genomu de novo
Canu (Oprava) + WTDBG2 (Montáž) + Pilon (polsky) + Lachesis (Hi-C).
Hlavní výsledky
Obr. 1. Klíčové znaky dračíře obecného (P. taeniolatus) a aligátora (S. biaculeatus) a jejich fylogenetické pozice.
Obr. 2. Morfologie a genetická výbava listovitých přívěsků u seadraka obecného (P. taeniolatus).
Obr. 3. Předpokládaný gen pro určování pohlaví u dračince obecného (P. taeniolatus) a aligátora trubkovitého (S. biaculeatus).
Obr. 4. Fenotypy hltanových zubů u homozygotních mutantů scpp5 zebrafish.
Čas odeslání: leden-08-2022