MIKROBIÁLNÍ
Bakteriální kompatibilita a imobilizace s biouhelem zlepšila degradaci tebukonazolu, složení a fungování půdního mikrobiomu
Sekvenování amplikonu plné délky 16S |PacBio HiFi |Alfa rozmanitost |Beta rozmanitost
V této studii bylo sekvenování 16S amplikonu v plné délce pomocí PacBio a bioinformatická analýza poskytnuta společností Biomarker Technologies.
Zvýraznění
Bakterie Alcaligenes faecalis WZ-2 imobilizované tebukonazolem byly studovány na účinnost biodegradace a vliv na půdu kontaminovanou tebukonazolem ve srovnání s volně degradujícím kmenem WZ-2.
1. Biouhlem imobilizovaný WZ-2 ukázal účinnější degradaci v tebukonazolu ve srovnání s volným WZ-2 snížením poločasu tebukonazolu v půdě z 18,7 dne na 13,3 dne.
2. WZ-2 imobilizované biouhlem byly schopny obnovit nativní půdní mikrobiální enzymové aktivity, včetně ureázy, dehydrogenázy a invertázy atd.
3. Mikrobiální profil v půdě ošetřené biouhlem imobilizovaným WZ-2 stanovený sekvenováním 16S plné délky silně podporuje, že tento systém by mohl obnovit zdraví půdy zlepšením struktury bakteriální komunity při kontaminaci tebukonazolem.
Experiment (související se sekvenováním)
Seskupení: CK: Přírodní půda;T: Půda obohacená tebukonazolem;S: Tebuconazol obsahoval půdu s volným kmenem WZ-2;BC: Tebuconazol obsahoval půdu s biouhlem;BCS: Tebuconazol obsahoval půdu s biouhelem imobilizovaným WZ-2.
Odběr vzorků: Celková extrakce DNA z půdy amplifikovaná primery 16S rDNA
27F (5′-AGAGTTTGATCCTGGCTCAG-3′) a 1492R (5′-GGTTACCTTGTTACGA),představující plnou délku 16S rDNA
Sekvenační platforma: PacBio RS II
Strategie sekvenování: čtení CCS HIFI
Analýza dat:BMKCloudBioinformatická platforma dělá ze zlaté rybky vynikající genetický modelový systém pro fyziologii a evoluci ryb.
Výsledek
Struktura půdního mikrobiálního společenstva byla určena sekvenováním 16S rDNA.Byly vyhodnoceny indexy bohatosti OTU a alfa diverzity, včetně indexů Chao1, Ace, Shannon a Simpson, aby se odhalila druhová diverzita v každém systému.Po 60 dnech inkubace všechny indexy vykazovaly podobný trend, tj. tebukonazol mohl vyvolat snížení druhové bohatosti a diverzity v půdě.Přidáním kmene WZ-2 se však komunita půdních bakterií částečně obnovila z hlediska bohatosti i diverzity.Mezi BC, BCS a CK byl pozorován omezený rozdíl, což naznačuje, že biouhel a biouhel imobilizovaný WZ-2 by mohly účinně obnovit biologické zdraví půdy.
V této studii byla použita metoda nevážených párových skupin s aritmetickými průměry (UPGMA), aby se ukázala beta diverzita mezi skupinami.Jak je znázorněno na následujícím obrázku, BC, BSC a CK sdílely podobnější vzorec mikrobiálního složení ve srovnání se skupinou T a S, což dále naznačovalo, že zavedení biouhlu do bioremediace půdy kontaminované tebukonazolem by mohlo do značné míry usnadnit obnovu mikrobiální komunity v půdě.
Postava.UPGMA shlukování bakteriální komunity na úrovni kmene při různé léčbě
Odkaz
Sun, Tong a kol."Bakteriální kompatibilita a imobilizace s biouhelem zlepšila degradaci tebukonazolu, složení a fungování půdního mikrobiomu."Journal of Hazardous Materials398 (2020): 122941.
Novinky a hlavní události si klade za cíl sdílet nejnovější úspěšné případy s Biomarker Technologies, zachycovat nové vědecké úspěchy i prominentní techniky použité během studie.
Čas odeslání: leden-08-2022