EVOLUCE GENOMU
Srovnávací analýzy genomu zdůrazňují expanzi genomu zprostředkovanou transposony a evoluční architekturu 3D genomového skládání v bavlně
Sekvenování nanopórů |Ahoj-C |PacBio sekvenování |Illumina |RNA-sekvenování |3D architektura genomu |Transposon |Srovnávací genomika
V této studii společnost Biomarker Technologies poskytla technickou podporu v oblasti sekvenování Nanopore, Hi-C a příslušné bioinformatické analýzy.
Abstraktní
Amplifikace transponovatelného prvku (TE) byla uznána jako hnací síla zprostředkovávající expanzi a evoluci velikosti genomu, ale důsledky pro utváření 3D genomové architektury zůstávají u rostlin do značné míry neznámé.Zde uvádíme genomová sestavení referenčního stupně pro tři druhy bavlny s trojnásobnou velikostí genomu, jmenovitěGossypium rotundifolium(K2),G. arboreum(A2) aG. raimondii(D5), s použitím Oxford Nanopore Technologies.Srovnávací genomové analýzy dokumentují detaily amplifikace TE specifické pro linii přispívající k velkým rozdílům ve velikosti genomu (K2, 2,44 Gb; A2, 1,62 Gb; D5, 750,19 Mb) a ukazují relativně konzervovaný obsah genů a syntenické vztahy mezi genomy.Zjistili jsme, že přibližně 17 % syntenických genů vykazuje změnu stavu chromatinu mezi aktivními („A“) a neaktivními („B“) kompartmenty a amplifikace TE byla spojena se zvýšením podílu kompartmentu A v genových oblastech (~ 7 000 genů ) v K2 a A2 vzhledem k D5.Mezi těmito třemi genomy bylo zachováno pouze 42 % hranic topologicky asociujících domén (TAD).Naše data implikují nedávnou amplifikaci TE po vytvoření hranic TAD specifických pro linii.Tato studie vrhá světlo na roli expanze genomu zprostředkované transposony ve vývoji struktury chromatinu vyššího řádu v rostlinách.
Klíčové statistiky sestavení genomu
Postava.Sestavení genomu a popis vlastností G. rotundifolium (K2)
Novinky a hlavní události si klade za cíl sdílet nejnovější úspěšné případy s Biomarker Technologies, zachycovat nové vědecké úspěchy i prominentní techniky použité během studie.
Čas odeslání: leden-05-2022