GENOM
Sestavení a analýza biomasy na úrovni chromozomů, genom Miscanthus lutarioriparius
Sekvenování nanopórů |Illumina |Ahoj-C |RNA-sekvenování |Fylogeneze
V této studii společnost Biomarker Technologies poskytla technickou podporu pro sekvenování Nanopore, sestavení genomu de novo, sestavení za pomoci Hi-C atd.
Abstraktní
Miscanthus, oddenková vytrvalá rostlina, má velký potenciál pro produkci bioenergie pro svou vysokou biomasu a odolnost vůči stresu.Uvádíme sestavu v měřítku chromozomůMiscanthus lutaroripariusgenom kombinací Oxford Nanopore sekvenování a Hi-C technologií.Sestava 2,07-Gb pokrývá 96,64 % genomu s kontigem N50 1,71 Mb.Centromerové a telomerové sekvence jsou sestaveny pro všech 19 chromozomů a chromozom 10, v daném pořadí.Allotetraploidní původ M. lutarioriparius je potvrzen pomocí centromerických satelitních repetic.Struktura tetraploidního genomu a několik chromozomálních přestaveb vzhledem k čiroku jsou jasně prokázány.Tandemové duplicitní genyM. lutaroripariusjsou funkčně obohaceny nejen z hlediska souvisejících se stresovou reakcí, ale i biosyntézou buněčné stěny.Genové rodiny související s odolností vůči chorobám, biosyntézou buněčné stěny a transportem kovových iontů jsou značně rozšířeny a vyvíjeny.Expanze těchto rodin může být důležitým genomickým základem pro posílení pozoruhodných vlastnostíM. lutaroriparius.
Klíčové statistiky sestavení genomu
Postava.Přehled sestavení genomu M. lutarioriparius
Novinky a hlavní události si klade za cíl sdílet nejnovější úspěšné případy s Biomarker Technologies, zachycovat nové vědecké úspěchy i prominentní techniky použité během studie.
Čas odeslání: leden-05-2022