-
Metagenomické sekvenování (NGS)
Metagenom označuje sbírku celkového genetického materiálu smíšeného společenství organismů, jako je environmentální metagenom, lidský metagenom atd. Obsahuje genomy kultivovatelných i nekultivovatelných mikroorganismů.Metagenomické sekvenování je molekulární nástroj používaný k analýze smíšených genomických materiálů extrahovaných ze vzorků životního prostředí, který poskytuje podrobné informace o druhové diverzitě a početnosti, struktuře populace, fylogenetickém vztahu, funkčních genech a korelační síti s faktory prostředí.
Plošina:Illumina NovaSeq6000
-
Metagenomické sekvenování-Nanopore
Metagenomika je molekulární nástroj používaný k analýze smíšených genomických materiálů extrahovaných ze vzorků životního prostředí, který poskytuje podrobné informace o druhové diverzitě a početnosti, struktuře populace, fylogenetických vztazích, funkčních genech a korelační síti s faktory prostředí atd. Nedávno byly zavedeny platformy pro sekvenování nanoporů k metagenomickým studiím.Jeho vynikající výkon v délce čtení značně zlepšil následnou metagenomickou analýzu, zejména sestavení metagenomu.S využitím výhod délky čtení je metagenomická studie založená na Nanopore schopna dosáhnout kontinuálnějšího sestavení ve srovnání s metagenomikou brokovnice.Bylo publikováno, že metagenomika založená na Nanopore úspěšně vytvořila kompletní a uzavřené bakteriální genomy z mikrobiomů (Moss, EL, et. al,Příroda Biotech, 2020)
Plošina:Nanopore PromethION P48
-
16S/18S/ITS Amplicon Sequencing-PacBio
Podjednotka na 16S a 18S rRNA obsahující vysoce konzervované i hypervariabilní oblasti je dokonalým molekulárním otiskem pro identifikaci prokaryotických a eukaryotických organismů.S využitím sekvenování lze tyto amplikony zacílit na základě konzervovaných částí a hypervariabilní oblasti lze plně charakterizovat pro mikrobiální identifikaci, což přispívá ke studiím zahrnujícím analýzu mikrobiální diverzity, taxonomii, fylogenezi atd. Jedna molekula v reálném čase (SMRT ) sekvenování platformy PacBio umožňuje získat vysoce přesná dlouhá čtení, která by mohla pokrýt amplikony plné délky (cca 1,5 Kb).Rozšířený pohled na genetické pole výrazně zvýšil rozlišení v anotaci druhů ve společenství bakterií nebo hub.
Plošina:Pokračování PacBio II
-
16S/18S/ITS Amplikonové sekvenování-NGS
Sekvenování amplikonu 16S/18S/ITS se zaměřuje na odhalení fylogeneze, taxonomie a četnosti druhů v mikrobiální komunitě zkoumáním produktů PCR housekeeping genetických markerů, které obsahují jak vysoce konverzní, tak hypervariabilní části.Zavedení těchto dokonalých molekulárních otisků od Woesese a kol., (1977) umožňuje profilování mikrobiomu bez izolace.Sekvenování 16S (bakterie), 18S (houby) a Internal transkribovaného spaceru (ITS, houby) umožňuje identifikaci jak hojných druhů, tak i vzácných a neidentifikovaných druhů.Tato technologie se stala široce používaným a hlavním nástrojem při identifikaci rozdílného mikrobiálního složení v různých prostředích, jako jsou lidská ústa, střeva, výkaly atd.
Plošina:Illumina NovaSeq6000
-
Resekvenování celého genomu bakterií a hub
Resekvenování celého genomu bakterií a hub je kritickým nástrojem pro dokončení genomů známých bakterií a hub, stejně jako pro porovnání více genomů nebo pro mapování genomů nových organismů.Je velmi důležité sekvenovat celé genomy bakterií a hub, aby bylo možné vytvořit přesné referenční genomy, provést mikrobiální identifikaci a další srovnávací genomové studie.
Platforma: Illumina NovaSeq 6000
-
Plísňový genom
Biomarker Technologies poskytuje průzkum genomu, jemný genom a kompletní genom plísní v závislosti na konkrétním cíli výzkumu.Sekvenování genomu, sestavení a funkční anotace lze dosáhnout kombinací sekvenování nové generace + sekvenování třetí generace k dosažení sestavení genomu na vysoké úrovni.Technologie Hi-C může být také použita k usnadnění sestavení genomu na úrovni chromozomů.
Plošina:Pokračování PacBio II
Nanopore PromethION P48
Illumina NovaSeq 6000
-
Kompletní genom bakterií
Biomarker Technologies poskytuje sekvenační službu při konstrukci kompletního genomu bakterií s nulovou mezerou.Hlavní pracovní postup kompletní konstrukce genomu bakterií zahrnuje sekvenování třetí generace, sestavení, funkční anotaci a pokročilou bioinformatickou analýzu splňující specifické výzkumné cíle.Komplexnější profilování genomu bakterií umožňuje odhalit základní mechanismy, které jsou základem jejich biologických procesů, což by také mohlo poskytnout cennou referenci pro genomické výzkumy vyšších eukaryotických druhů.
Plošina:Nanopore PromethION P48 + Illumina NovaSeq 6000
Pokračování PacBio II
