-
Rostlinný/zvířecí De novo genomové sekvenování
De novosekvenování odkazuje na konstrukci celého genomu druhu pomocí sekvenačních technologií, např. PacBio, Nanopore, NGS, atd., v nepřítomnosti referenčního genomu.Pozoruhodné zlepšení délky čtení u sekvenačních technologií třetí generace přineslo nové možnosti při sestavování komplexních genomů, jako jsou genomy s vysokou heterozygotností, vysokým poměrem repetitivních oblastí, polyploidy atd. S délkou čtení na úrovni desítek kilobází umožňují tato sekvenační čtení rozlišení repetitivních prvků, oblastí s abnormálním obsahem GC a dalších vysoce komplexních oblastí.
Platforma: PacBio Sequel II /Nanopore PromethION P48/ Illumina NovaSeq6000
-
Genome Assembly na bázi Hi-C
Hi-C je metoda navržená k zachycení konfigurace chromozomů kombinací sondování interakcí založených na blízkosti a vysoce výkonného sekvenování.Předpokládá se, že intenzita těchto interakcí negativně koreluje s fyzickou vzdáleností na chromozomech.Hi-C data by tedy mohla vést ke shlukování, řazení a orientaci sestavených sekvencí v návrhu genomu a jejich ukotvení na určitý počet chromozomů.Tato technologie umožňuje sestavení genomu na úrovni chromozomů v nepřítomnosti genetické mapy založené na populaci.Každý jednotlivý genom potřebuje Hi-C.
Platforma: Illumina NovaSeq6000 / DNBSEQ
-
Evoluční genetika
Evoluční genetika je komplexní sekvenační služba navržená pro poskytování komplexní interpretace evolučních informací daných materiálů na základě genetických variací, včetně SNP, InDels, SV a CNV.Poskytuje všechny základní analýzy potřebné pro popis evolučních změn a genetických rysů populací, jako je struktura populace, genetická diverzita, fylogenetické vztahy atd. Obsahuje také studie o toku genů, které umožňují odhad efektivní velikosti populace, doby divergence.
-
Srovnávací genomika
Komparativní genomika doslova znamená porovnávání kompletních genomových sekvencí a struktur různých druhů.Tato disciplína se zaměřuje na odhalení evoluce druhů, genové funkce, genového regulačního mechanismu na úrovni genomu identifikací sekvenčních struktur a prvků, které se zachovaly nebo diferencovaly napříč různými druhy.Typická komparativní genomická studie zahrnuje analýzy genové rodiny, evoluční vývoj, duplikaci celého genomu, selektivní tlak atd.
-
Analýza hromadného segregantu
Bulked segregant analysis (BSA) je technika používaná k rychlé identifikaci genetických markerů spojených s fenotypem.Hlavní pracovní postup BSA zahrnuje výběr dvou skupin jedinců s extrémně protichůdnými fenotypy, spojení DNA všech jedinců do dvou objemů DNA, identifikaci rozdílných sekvencí mezi dvěma pooly.Tato technika byla široce používána při identifikaci genetických markerů silně spojených s cílenými geny v rostlinných/zvířecích genomech.
