Analýza asociací v celém genomu
1. Výhody služby
● Abundant Project Cases: od svého založení v roce 2009 dokončila BMKGENE stovky druhů projektů v populačním výzkumu GWAS, pomohla výzkumníkům publikovat více než 100 článků a kumulativní impakt faktor dosáhl 500.
● Profesionální analytici.
● Krátký cyklus analýzy.
● Přesné dolování dat.
2. Specifikace služby
| Typ | Populační měřítko | Strategie sekvenování a hloubka |
| SLAF-GWAS | Číslo vzorku ≥200 | Velikost genomu < 400M, s referenčním genomem, doporučuje se WGS |
| Velikost genomu ≤ 1G, 100K tagů a 10X | ||
| 1G ≤ Velikost genomu ≤ 2G, 200 000 tagů a 10X | ||
| Velikost genomu > 2G, 300K tagů a 10X | ||
| WGS-GWAS | Číslo vzorku ≥200 | 10X za každý vzorek |
3. Výběr materiálu
Různé variety, poddruhy, krajové rasy/genové banky/smíšené rodiny/divoké zdroje
Různé odrůdy, poddruhy, krajové rasy
Rodina polovičního sourozence/rodina úplného sourozence/divoké zdroje
4. Bioinformační analýza
● Analýza asociací v rámci celého genomu
● Analýza a screening významného SNP
● Funkční anotace kandidátního genu
5. Tok servisních prací
Návrh experimentu
Vzorová dodávka
Extrakce RNA
Stavba knihovny
Sekvenování
Analýza dat
Poprodejní služby
A.Fenotyp QC
Histogram rozdělení frekvencí
Statistika fenotypů
b.Asociační analýza (Model: GEMMA, FaST-LMM, EMMAX)
Zápletka QQ
Spiknutí na Manhattanu
| Rok | Časopis | IF | Titul |
| 2022 | NC | 17,69 | Genomický základ giga-chromozomů a giga-genomu stromové pivoňky Paeonia ostii |
| 2015 | NP | 7.43 | Stopy domestikace ukotvují genomické oblasti agronomického významu v sójových bobech |
| 2018 | MP | 9.32 | Resekvenování celého genomu celosvětové sbírky přírůstků řepky odhaluje genetický základ jejich ekotypové divergence |
| 2022 | HR | 7.29 | Analýza asociací v rámci celého genomu poskytuje molekulární pohledy na přirozené variace velikosti semen melounu |
