Plísňový genom
Výhody služby
● Pro různé výzkumné cíle je k dispozici více strategií sekvenování
● Velmi zkušený v sestavování genomu hub s více než 10 000 sestavenými kompletními genomy.
● Profesionální tým technické podpory po prodeji splňující specifičtější výzkumné potřeby.
Specifikace služby
| Servis | Strategie sekvenování | Kvalita zaručena | Odhadovaná doba obratu |
| Jemná houbová mapa | Illumina 50X + Nanopore 100X | Contig N50≥2 Mb | 35 pracovních dnů |
| PacBio HiFi 30X | |||
| Plísňové pene-kompletní mapa | Illumina 50X+Nanopore 100X (Pacbio HiFi 30X)+Hi-C 100X | Poměr ukotvení chromozomů >90 % | 45 pracovních dnů |
Bioinformatické analýzy
● Kontrola kvality nezpracovaných dat
● Sestavení genomu
● Analýza komponent genomu
● Anotace funkce genu
● Srovnávací genomická analýza
Vzorové požadavky a dodání
Vzorové požadavky:
ProDNA extrakty:
| Typ vzorku | Množství | Koncentrace | Čistota |
| DNA extrakty | ＞ 1,2 μg | ＞ 20 ng/μl | OD260/280= 1,6-2,5 |
Pro vzorky tkáně:
| Typ vzorku | Doporučená úprava vzorku | Uložení a odeslání vzorku |
| Jednobuněčná houba | Pozorujte kvasinky pod mikroskopem a sbírejte je v jejich exponenciální fázi Přeneste kulturu (obsahující přibližně 3-4,5e9 buněk) do 1,5 nebo 2 ml eppendorfky.(Zůstaň na ledě) Centrifugujte zkumavku po dobu 1 minuty při 14 000 g, abyste shromáždili bakterie a opatrně odstraňte supernatant Uzavřete zkumavku a zmrazte bakterie v kapalném dusíku po dobu alespoň 1-3 hodin.Zkumavku uchovávejte v lednici -80 ℃. | Zmrazte vzorky v kapalném dusíku na 3-4 hodiny a skladujte v kapalném dusíku nebo -80 stupňů pro dlouhodobou rezervaci.Vyžaduje se odeslání vzorku se suchým ledem. |
| Makro houba | Doporučuje se tkáň ve fázi aktivního růstu. Opláchněte tkáň vodou bez endotoxinů, poté 70% etonalem. Uložte vzorek do kryozkumavek. |
Tok servisní práce
Vzorová dodávka
Stavba knihovny
Sekvenování
Analýza dat
Poprodejní služby
1.Circos diagram na fungálních genomových komponentách
2.Srovnávací genomická analýza: Fylogenetický strom
