Ponořte se do potenciálu studia divoké rozmanitosti výzkumných druhů, jehož příkladem je klíčový případ od klientů BMKGENE.Článek s názvem „Genom divokého Hevea brasiliensis na úrovni chromozomů: Posílení šlechtění s pomocí genomu a odhalování vitálních lokusů pro zvýšený výnos kaučuku“, který byl nedávno zveřejněn v letošním vydání časopisu Plant Biotechnology Journal, představuje cennou referenci.
Kaučukovník brazilský (Hevea brasiliensis) stojí vysoko jako klíčový přírodní zdroj kaučuku.V průběhu minulého století způsobily tradiční šlechtitelské metody pozoruhodný šestinásobný nárůst výroby pryže.Základní genetické podloží odpovědné za potenciální zvýšení výnosu kaučuku však zůstává záhadné.
Tato studie se pustila do konstrukce genomu na úrovni chromozomů pro divoký kaučukovník s využitím synergie dlouhého čtení sekvenování Nanopore, sekvenování Illumina NGS a technologie Hi-C.
Paralelně byla shromážděna řada 147 zdrojů zárodečné plazmy, zahrnujících vysoce výnosné variace, divoké kmeny a příbuzné druhy, pro komplexní resekvenování celého genomu (WGS) pomocí platformy Illumina.Následná sekvenační data podstoupila přísnou analýzu populační genetiky, která umožnila rozbor populační struktury, diverzity a vazebné nerovnováhy.Tato analýza vrhla světlo na variace domestikace napříč populacemi.
Další výzkumy zahrnovaly analýzu zahrnující Fst, π, Tajima's D a LD s cílem odhalit selekční signály vyplývající ze zlepšeného výtěžku latexu, zejména se zaměřením na Wickhamovy klony.
Vyvrcholením analýzy genomové asociace (GWAS) byly přesně určeny markery spojené s výnosovými znaky a následně geny související s výnosem.Počáteční ověření odhalilo výrazné transkripční aktivity napříč různými mutanty pro dva geny ERF, což poskytlo předběžný pohled na jejich funkční význam.Další potvrzení je naplánováno v rámci nadcházejícího výzkumu.
BMKGENE je hrdá na to, že přispívá k rozsáhlému resekvenování celého genomu této značné populace, spolu s významnou rolí v bioinformatické analýze.Naše rozsáhlé zkušenosti zahrnují NGS/TGS sekvenování a multiomickou bioinformatickou analýzu napříč řadou 1000+ druhů.Těšíme se na vyhlídky na spolupráci s vámi na vašich nadcházejících projektech.
Klikněte semdozvědět se více o této studii
Čas odeslání: 29. srpna 2023