● Zkušení: V BMK bylo zpracováno více než 200 000 vzorků pokrývajících různé typy vzorků, včetně buněčné kultury, tkáně, tělesné tekutiny atd. a více než 7 000 projektů mRNA-Seq pokrývajících různé oblasti výzkumu bylo uzavřeno.
● Přísný systém kontroly kvality: Základní body kontroly kvality ve všech krocích včetně přípravy vzorků, přípravy knihovny, sekvenování a bioinformatiky jsou pečlivě sledovány, aby bylo možné poskytovat vysoce kvalitní výsledky.
● Více databází dostupných pro anotaci funkcí a studie obohacování pro splnění různých výzkumných cílů.
● Poprodejní služby: Poprodejní služby platné 3 měsíce po dokončení projektu, včetně sledování projektů, řešení problémů, dotazů a odpovědí na výsledky atd.
Knihovna | Strategie sekvenování | Doporučené údaje | Kontrola kvality |
Obohaceno o Poly A | Illumina PE150 | 6 Gb | Q30≥85 % |
Nukleotidy:
Konc. (ng/μl) | množství (μg) | Čistota | Integrita |
≥ 20 | ≥ 0,5 | OD260/280 = 1,7-2,5 OD260/230=0,5-2,5 Omezená nebo žádná kontaminace proteiny nebo DNA na gelu. | Pro rostliny: RIN≥6,5; Pro zvířata: RIN≥7,0; 5,0≥28S/18S≥1,0; omezená nebo žádná základní elevace |
Tkáň: Hmotnost (suchá):≥1 g
*Pro tkáň menší než 5 mg doporučujeme odeslat bleskově zmrazený (v tekutém dusíku) vzorek tkáně.
Buněčná suspenze:Počet buněk = 3×106- 1×107
*Doporučujeme zasílat zmrazený buněčný lyzát.V případě, že počet buněk je menší než 5×105.
Vzorky krve:Objem≥1 ml
Mikroorganismus:Hmotnost ≥ 1 g
Nádoba: 2 ml centrifugační zkumavka (nedoporučuje se cínová fólie)
Označení vzorků: Skupina+replikace např. A1, A2, A3;B1, B2, B3......
Náklad:
Bioinformatika
Eukaryotické Pracovní postup analýzy sekvenování mRNA
Bioinformatika
ØKontrola kvality nezpracovaných dat
ØReferenční zarovnání genomu
ØAnalýza struktury přepisu
ØKvantifikace exprese
ØAnalýza diferenciální exprese
ØAnotace a obohacení funkcí
1.Křivka saturace dat mRNA
2.Diferenciální expresní analýza-Vulcano plot
3.Anotace KEGG na stupních
4.GO klasifikace na stupních