Sekvenování DNA/RNA -PacBio Sequencer
Funkce
Dva režimy sekvenování na sekvenátoru PacBio: Continuous Long Read (CLR) a Circular Consensus Read (CCS)
| Režim sekvenování | Velikost knihovny | Teoretická dataVýtěžek (na buňku) | JednozákladníPřesnost | Aplikace |
| CLR | 20 kb, 30 kb atd. | 80 Gb až 130 Gb | Cca.85 % | De novo, volání SV atd. |
| CCS | 15-20 kb | 14 až 40 Gb/buňku (pokračování II) 70 až 110 Gb/buňku (Revio) Záleží na vzorcích | Cca.99 % | De novo, volání SNP/Indel/SV, Iso-Seq, |
Porovnání výkonu a funkcí Revio a Sequel II
| Podmínky | Systém pokračování II | Systém Revio | Zvýšit |
| Vyšší hustota | 8 milionů ZMW | 25 milionů ZMW | 3x |
| Nezávislé etapy | 1 | 4 | 4x |
| Kratší doby chodu | 30 hodin | 24 hodin | 1,25x |
| 30X HiFi lidských genomů / rok | 88 | 1 300 | 1celkem 5x |
Výhody služby
● Více než 8 let zkušeností na platformě sekvenování PacBio s tisíci uzavřených projektů s různými druhy.
● Plně vybavena nejnovějšími platformami PacBio Sequencing, Revio, aby byla zaručena dostatečná propustnost sekvenování.
● Rychlejší doba zpracování, vyšší výtěžnost dat a přesnější data.
● Přispěno ve stovkách vysoce působivých publikací založených na PacBio.
Vzorové požadavky
| Typ vzorku | Množství | Koncentrace （Qubit®） | Hlasitost | Čistota | Ostatní |
| Genomová DNA | Závisí na požadavcích na data | ≥50 ng/μl | ≥15μl | OD260/280=1,7-2,2; OD260/230=1,8-2,5； Jasný pík při 260 nm,žádné kontaminace | Koncentraci je třeba měřit pomocí Qubit a Qubit/Nanopore = 0,8-2,5 |
| Celková RNA | ≥1,2 μg | ≥120 ng/μl | ≥15μl | OD260/280=1,7-2,5; OD260/230=0,5-2,5；žádné kontaminace | Hodnota RIN ≥7,5 5≥28S/18S≥1 |
Pracovní postup služby
příprava vzorků
Stavba knihovny
Sekvenování
Analýza dat
Dodání projektu
1. Výnos vlastních dat
Data generovaná z 63 buněk CCS (z 26 druhů)
| DATA-PacBio-CCS-15 Kb | Průměrný | Max | Min | Medián |
| Výnos – dílčí čtení (Gb) | 421,12 | 544,27 | 221,38 | 426,58 |
| Yiled – CCS(Gb) | 25,93 | 38,59 | 10,86 | 25,43 |
| Polymeráza N50 | 145,651 | 175 430 | 118,118 | 144 689 |
| Dílčí čtení N50 | 17 509 | 23,924 | 12,485 | 17,584 |
| CCS N50 | 14 490 | 19 034 | 9,876 | 14,747 |
| Průměrná délka-Polymeráza | 67,995 | 89,379 | 49,664 | 66,433 |
| Průměrná délka – dílčí čtení | 15,866 | 21 036 | 11,657 | 16 012 |
| Průměrná délka-CCS | 14,489 | 19 074 | 8,575 | 14,655 |
Data generovaná z 16 buněk CLR (ze 76 druhů)
| DATA-PacBio-CLR-30Kb | Průměrný | Max | Min | Medián |
| Výnos – dílčí čtení (Gb) | 142,20 | 291,40 | 50,55 | 142,49 |
| Polymeráza N50 | 39,456 | 121,191 | 15,389 | 35,231 |
| Dílčí čtení N50 | 28 490 | 41 012 | 14,430 | 29,063 |
| Průměrná délka-Polymeráza | 22 063 | 48,886 | 8,747 | 21,555 |
| Průměrná délka – dílčí čtení | 17 720 | 27,225 | 8,293 | 17,779 |
2. Kontrola kvality dat – DemoStatistiky o výtěžnosti dat
| Vzorek | ccs Přečte Num | Celkový počet základů ccs (bp) | ccs čtení N50 (bp) | ccs střední délka (bp) | ccs nejdelší čtení (bp) | dílčí přečtení báze (bp) | sazba ccs (%) |
| PB_BMKxxx | 3,444,159 | 54,164,122,586 | 15,728 | 15,726 | 36,110 | 863,326,330,465 | 6.27 |
