BMKCloud Log in
条形 banner-03

produkty

Srovnávací genomika

Komparativní genomika doslova znamená porovnávání kompletních genomových sekvencí a struktur různých druhů.Tato disciplína si klade za cíl odhalit evoluci druhů, funkci genů, mechanismus regulace genů na úrovni genomu identifikací sekvenčních struktur a prvků, které se zachovaly nebo diferencovaly napříč různými druhy.Typická komparativní genomická studie zahrnuje analýzy genové rodiny, evolučního vývoje, duplikace celého genomu, selektivního tlaku atd.


Podrobnosti o službě

Výsledky ukázky

Případová studie

Výhody služby

1Srovnávací genomika

● Komplexní balíček analýz obsahující osm nejčastěji požadovaných analýz

● Vysoká spolehlivost analýzy s podrobnou a snadno srozumitelnou interpretací výsledků

● Dobře navržená čísla připravená k publikování

● Vysoce kvalifikovaný tým bioinformatiky splňuje různé požadavky na personalizované analýzy

● Kratší doba obratu s vyšší přesností analýzy

● Bohaté zkušenosti s více než 90 úspěšnými případy s kumulativním publikovaným impakt faktorem nad 900

Specifikace služby

Odhadovaná doba obratu

Počet druhů

Analýzy

30 pracovních dnů

6-12

Shlukování genové rodiny

Expanze a kontrakce genové rodiny

Fylogenetická stavba stromu

Odhad času divergence (vyžadována fosilní kalibrace)

Doba vložení LTR (pro rostliny)

Duplikace celého genomu (pro rostliny)

Selektivní tlak

Analýza Synteny

Bioinformatické analýzy

● Genová rodina

● Fylogenetika

● Čas divergence

● Selektivní tlak

● Analýza synteny

流程图Srovnávací genomika

Vzorové požadavky a dodání

Vzorové požadavky:

Tkáň nebo DNA pro sekvenování a sestavení genomu

Pro tkáň

Druh

Tkáň

Průzkum

PacBio CCS

Zvíře

Viscerální tkáň

0,5 ~ 1 g

≥ 3,5 g

Svalová tkáň

≥ 5,0 g

≥ 5,0 ml

Savčí krev

≥ 0,5 ml

Krev drůbeže/rybí

Rostlina

Čerstvý list

1 ~ 2 g

≥ 5,0 g

 

Okvětní lístek/stonek

1 ~ 2 g

≥ 10,0 g

 

Kořen/semeno

1 ~ 2 g

≥ 20,0 g

Buňky

Kultivovaná buňka

-

≥ 1 x 108

Data

Soubory genomové sekvence (.fasta) a soubory anotací (.gff3) blízce příbuzných druhů

Tok servisní práce

Ukázka kontroly kvality

Návrh experimentu

dodání vzorku

Vzorová dodávka

Příprava knihovny

Stavba knihovny

Sekvenování

Sekvenování

Analýza dat

Analýza dat

Poprodejní služby

Poprodejní služby


  • Předchozí:
  • Další:

  • *Zde uvedené ukázkové výsledky jsou všechny z genomů publikovaných společností Biomarker Technologies

    1. Odhad doby inzerce LTR: Obrázek ukazuje jedinečnou bimodální distribuci v dobách inzerce LTR-RT v genomu žita Weining ve srovnání s jinými druhy.Poslední vrchol se objevil asi před 0,5 miliony let.

    3LTR-odhad-čas-vložení-ve-Weining-žito

    Li Guang a kol.,Genetika přírody, 2021

     

     

    2. Fylogeneze a analýza genové rodiny na chayote (Sechium edule): Analýzou chayote a dalších 13 příbuzných druhů v genové rodině bylo zjištěno, že chayote je nejblíže příbuzný s tykví hadí (Trichosanthes anguina).Chayote odvozený z hadí tykve kolem 27-45 Mya a duplikace celého genomu (WGD) byla pozorována u chayote ve 25±4 Mya, což je třetí událost WGD u cucuibitaceae.

    4Fylogenetický strom chayote

    Fu A a kol.,Zahradnický výzkum, 2021

     

     

    3. Analýza synteny: Některé geny související s fytohormony ve vývoji ovoce byly nalezeny u chayote, hadí tykve a tykvi.Korelace mezi chayote a tykví je o něco vyšší než mezi chayote a hadí tykví.

    4Fylogenetický strom chayote

    Fu A a kol.,Zahradnický výzkum, 2021

     

     

    4. Analýza genové rodiny: KEGG obohacení o expanzi a kontrakci genové rodiny v genomech G.thurberi a G.davidsonii ukázalo, že biosyntéza steroidů a související geny s biosyntézou brassinosteroidů byly rozšířeny.

    4Fylogenetický strom chayote

    Yang Z a kol.,Biologie BMC, 2021

     

     

    5. Analýza duplikace celého genomu: Analýza distribuce 4DTV a Ks ukázala událost duplikace celého genomu.Vrcholy vnitrodruhových vykazovaly duplicitní události.Vrcholy mezidruhových druhů vykazovaly speciační události.Analýza ukázala, že ve srovnání s ostatními třemi blízce příbuznými druhy prošel O. europaea nedávno rozsáhlou genovou duplikací.

    4Fylogenetický strom chayote

    Rao G a kol.,Zahradnický výzkum, 2021

    Pouzdro BMK

    Růže bez trnů: genomické poznatky spojené s adaptací vlhkosti

    Publikováno: National Science Review, 2021

    Strategie sekvenování:

    'Basye'sBeztrnný' (R.Wichurainan) genom:
    Cca.93 X PacBio + cca.90 X Nanopore + 267 X Illumina

    Klíčové výsledky

    1.Vysoce kvalitní genom R.wichuraiana byl zkonstruován pomocí sekvenačních technik s dlouhým čtením, které poskytly sestavu 530,07 Mb (Odhadovaná velikost genomu byla přibližně 525,9 Mb pomocí průtokové cytometrie a 525,5 podle průzkumu genomu; Heterozygotnost byla přibližně 1,03 %).Odhadované skóre BUSCO bylo 93,9 %.Ve srovnání s „Old blush“ (haploOB) byla kvalita a úplnost tohoto genomu potvrzena základní jednobázovou přesností a indexem sestavení LTR (LAI=20,03).Genom R.wichuraiana obsahuje 32 674 genů kódujících protein.

    2. Společná multiomická analýza, sestávající z komparativní genomiky, transkriptomiky, QTL analýzy genetické populace, odhalila zásadní speciaci mezi R. wichuraiana a Rosa chinensis.Také variace exprese příbuzných genů v QTL byla pravděpodobně spojena se vzorováním trnitých kmenů.

    7KEGG-obohacení-na-rozšíření-a-kontrakce-genové-rodiny

    Srovnávací genomická analýza mezi Basye;s Thornless a Rosa chinensis včetně analýzy syntenie, shluku genových rodin, analýzy expanze a kontrakce odhalila velké množství variací, které se týkaly klíčových vlastností růží.Jedinečná expanze v rodině genů NAC a FAR1/FRS byla velmi pravděpodobně spojena s rezistencí vůči černým skvrnám.

    81Srovnávací-genomické-analýzy-mezi-BT-a-OB 82Srovnávací-genomické-analýzy-mezi-BT-a-OB 83Srovnávací-genomické-analýzy-mezi-BT-a-OB

    Srovnávací genomická analýza mezi genomy BT a haploOB.

    Odkaz

    Zhong, M., a kol.„Růže bez trnů: genomické poznatky spojené s adaptací vlhkosti“National Science Review, 2021;, nwab092.

    získat cenovou nabídku

    Zde napište svou zprávu a pošlete nám ji

    Pošlete nám svou zprávu: