16S/18S/ITS Amplikonové sekvenování-NGS
Výhody služby
● Bezizolační a rychlá identifikace mikrobiálního složení ve vzorcích životního prostředí
● Vysoké rozlišení v málo zastoupených složkách v environmentálních vzorcích
● Nejnovější tok analýzy QIIME2 s různými analýzami z hlediska databáze, anotace, OTU/ASV.
● Vysoká propustnost, vyšší přesnost
● Použitelné pro různé studie mikrobiálních komunit
● BMK má rozsáhlé zkušenosti s více než 100 000 vzorky/rok，pokrývajícími půdu, vodu, plyn, kal, výkaly, střeva, kůži, fermentační vývar, hmyz, rostliny atd.
● BMKCloud usnadnil interpretaci dat obsahující 45 personalizovaných analytických nástrojů
Specifikace služby
| SekvenováníPlošina | Knihovna | Doporučená výtěžnost dat | Odhadovaná doba obratu |
| Platforma Illumina NovaSeq | PE250 | Tagy 50K/100K/300K | 30 dní |
Bioinformatické analýzy
● Kontrola kvality nezpracovaných dat
● OTU clustering/De-noise (ASV)
● Anotace OTU
● Alfa rozmanitost
● Beta rozmanitost
● Meziskupinová analýza
● Asociační analýza proti experimentálním faktorům
● Predikce funkčního genu
Vzorové požadavky a dodání
Vzorové požadavky:
ProDNA extrakty:
| Typ vzorku | Množství | Koncentrace | Čistota |
| DNA extrakty | ＞ 30 ng | ＞ 1 ng/μl | OD260/280= 1,6-2,5 |
Pro vzorky životního prostředí:
| Typ vzorku | Doporučený postup odběru vzorků |
| Půda | Vzorkovací množství: cca.5 g;Zbývající uschlá hmota musí být odstraněna z povrchu;Velké kusy rozemlejte a nechte projít 2 mm filtrem;Alikvotní vzorky ve sterilní EP zkumavce nebo cyrotube k rezervaci. |
| Feces | Vzorkovací množství: cca.5 g;Odeberte a alikvotní vzorky odeberte do sterilní EP zkumavky nebo kryozkumavky pro rezervaci. |
| Střevní obsah | Vzorky musí být zpracovány za aseptických podmínek.Promyjte odebranou tkáň PBS;Odstřeďte PBS a seberte srážedlo do EP zkumavek. |
| Kal | Vzorkovací množství: cca.5 g;Odeberte a alikvotní vzorek kalu ve sterilní EP zkumavce nebo kryozkumavce pro rezervaci |
| Vodní tělo | U vzorku s omezeným množstvím mikrobiálních látek, jako je voda z vodovodu, studniční voda atd., odeberte alespoň 1 l vody a nechte projít filtrem 0,22 μm, abyste obohatili mikrobiální látky na membráně.Uchovávejte membránu ve sterilní zkumavce. |
| Kůže | Opatrně seškrábněte povrch kůže sterilním vatovým tamponem nebo chirurgickou čepelí a vložte jej do sterilní zkumavky. |
Doporučené doručení vzorku
Zmrazte vzorky v kapalném dusíku na 3-4 hodiny a skladujte v kapalném dusíku nebo -80 stupňů pro dlouhodobou rezervaci.Vyžaduje se odeslání vzorku se suchým ledem.
Tok servisní práce
Vzorová dodávka
Stavba knihovny
Sekvenování
Analýza dat
Poprodejní služby
1.Rozdělení druhů
2. Tepelná mapa: Shlukování druhové bohatosti
3. Křivka vzácné frakce
4. NMDS analýza
5.Lefse analýza
Pouzdro BMK
Obézní jedinci s diabetem typu 2 a bez něj vykazují různou funkční kapacitu a složení střevních mikrobů
Publikováno:Cell Host & Microbe, 2019
Strategie sekvenování:
štíhlá nediabetička (n=633);Obézní nediabetik (n=494);obézní diabetes typu 2 (n=153);
Cílová oblast: 16S rDNA V1-V2
Platforma: Illumina Miseq (sekvenování amplikonu na bázi NGS)
Podskupina extraktů DNA byla podrobena metagenomickému sekvenování na Illumina Hiseq
Klíčové výsledky
Mikrobiální profily těchto metabolických onemocnění byly úspěšně diferencovány.
Porovnáním mikrobiálních rysů generovaných sekvenováním 16S bylo zjištěno, že obezita souvisí se změnami v mikrobiálním složení, individuálními rysy, zejména významným poklesem Akkermansia, Faecalibacterium, Oscillibacter, Alistipes atd. Navíc bylo zjištěno, že T2D souvisí se zvýšením Escherichia/shigella .
Odkaz
Thingholm, LB, a kol."Obézní jedinci s diabetem typu 2 a bez něj vykazují různou funkční kapacitu a složení střevních mikrobů."Buněčný hostitel a mikrob26.2 (2019).
