Sequenza di fragmentu amplificata à locu specificu (SLAF-Seq)
Dettagli di serviziu
Schema Tecnicu
Flussu di travagliu
Vantaghji di serviziu
Alta efficienza di scuperta di marcatori- A tecnulugia di sequencing high-throughput aiuta SLAF-Seq à scopre centinaie di millaie di tag in tuttu u genoma.
Bassa dipendenza da u genoma- Pò esse appiicata à spezie sia cù genomu di riferimentu sia senza.
Disegnu di schema flessibile- A digestione di una sola enzima, doppia enzima, multi-enzima è diversi tipi di enzimi, tutti ponu esse scelti per risponde à diversi scopi di ricerca o spezie.A preevaluazione in silico hè aduprata per assicurà un disignu enzima ottimali.
Digestione enzimatica efficace- Pre-sperimentazione hè stata realizata per ottimisà e cundizioni, chì rende l'esperimentu formale stabile è affidabile.L'efficienza di raccolta di frammenti pò ottene più di 95%.
Etichette SLAF distribuite uniformemente- I tag SLAF sò distribuiti uniformemente in tutti i cromusomi à a maiò parte, ottenendu una media di 1 SLAF per 4 kb.
Evitazione efficace di ripetizioni- A sequenza ripetitiva in i dati SLAF-Seq hè ridutta à menu di 5%, in particulare in spezie cù un altu livellu di ripetizioni, cum'è u granu, u mais, etc.
Vasta sperienza- Più di 2000 prughjetti SLAF-Seq chjusi nantu à centinaie di spezie chì copre i pianti, mammiferi, uccelli, insetti, aqua-organismi, etc.
Flussu di travagliu bioinformaticu auto-sviluppatu- Un flussu di travagliu bioinformaticu integratu per SLAF-Seq hè statu sviluppatu da BMKGENE per assicurà l'affidabilità è l'accuratezza di l'output finale.
Specificazioni di serviziu
| Piattaforma | Conc. (ng/gl) | Totale (ug) | OD 260/280 |
| Illumina NovaSeq | > 35 | >1.6(Volume> 15μl) | 1,6-2,5 |
Strategia di sequenza cunsigliata
Profundità di sequenza: 10X/Tag
| Size Genome | Tag SLAF cunsigliatu |
| < 500 Mb | 100K o WGS |
| 500 Mb - 1 Gb | 100 K |
| 1 Gb - 2 Gb | 200 K |
| Genomi giganti o cumplessi | 300 - 400K |
| Applicazioni
| Cunsigliatu Scala di pupulazione
| Strategia di sequenza è prufundità
| |
| Prufundità
| Numero di tag
| ||
| GWAS
| U numeru di campionu ≥ 200
| 10X
|
Secondu dimensione di u genoma
|
| Evoluzione genetica
| Individuali di ognunu sottugruppu ≥ 10; campioni totali ≥ 30
| 10X
| |
Cunsigliu Cunsigliu di Campione
Contenitore: tubu da centrifuga da 2 ml
Per a maiò parte di i campioni, ricumandemu micca di priservà in etanolu.
Etichettatura di campioni: I campioni anu da esse chjaramente etichettati è identici à a forma d'infurmazione di mostra presentata.
Spedizione: Ghiaccio secco: I campioni anu da esse imballati in sacchetti prima è intarrati in ghiaccio seccu.
U flussu di travagliu di serviziu
Esempiu QC
Esperimentu pilotu
Esperimentu SLAF
Preparazione di a biblioteca
Sequencing
Analisi di dati
Servizi post-vendita
1. Statistiche di u risultatu di a mappa
2. Sviluppu marcatore SLAF
3. Annotazione di variazione
| Annu | Journal | IF | Titulu | Applicazioni |
| 2022 | Comunicazioni di natura | 17.694 | A basa genomica di i giga-cromusomi è giga-genomu di a peonia d'arburu Paeonia ostii | SLAF-GWAS |
| 2015 | Fitologu novu | 7.433 | L'impronte di domesticazione ancoranu e regioni genomiche d'impurtanza agronomica in soia | SLAF-GWAS |
| 2022 | Journal of Advanced Research | 12.822 | Introgressioni artificiali di u genoma di Gossypium barbadense in G. hirsutum revelanu lochi superiore per a migliione simultanea di a qualità è u rendiment di a fibra di cuttuni tratti | SLAF-Genetica evolutiva |
| 2019 | Pianta Molecular | 10.81 | L'analisi genomica di a pupulazione è l'Assemblea De Novo revelanu l'origine di Weedy Rice cum'è un ghjocu evolutivu | SLAF-Genetica evolutiva |
| 2019 | Genetica di a natura | 31.616 | Sequence genomique et diversité génétique de la carpe commune, Cyprinus carpio | Mappa SLAF-Linkage |
| 2014 | Genetica di a natura | 25.455 | U genoma di l'arachide cultivata furnisce una visione di i cariotipi di legumi, poliploidi evoluzione è domesticazione di i culturi. | Mappa SLAF-Linkage |
| 2022 | Rivista di Biotecnologia vegetale | 9.803 | L'identificazione di ST1 palesa una selezzione chì implica l'autostop di a morfologia di sementi è u cuntenutu di l'oliu durante a domesticazione di a soia | Sviluppu SLAF-Marker |
| 2022 | Rivista Internaziunale di Scienze Moleculari | 6.208 | Identificazione è sviluppu di marcatori di DNA per un Wheat-Leymus mollis 2Ns (2D) Sostituzione di cromosomi disomicu | Sviluppu SLAF-Marker |
