L'isolamentu di i nuclei hè ottenutu da 10 × Genomics Chromium TM, chì hè custituitu un sistema di microfluidica di ottu canali cù doppia traversata.In questu sistema, un perle di gel cù codici a barre è primer, enzimi è un unicu nucleu sò incapsulati in una goccia d'oliu di dimensioni nanolitri, chì genera Gel Bead-in-Emulsion (GEM).Una volta chì i GEM sò furmati, a lisi cellulare è a liberazione di codici à barre sò realizati in ogni GEM.L'ARNm sò trascritte inversamente in molécule d'ADNc cù codici a barre 10 × è UMI, chì sò ancu sottumessi à a custruzzione di biblioteca di sequenza standard.
Cellule / Tissu | Ragiò |
Unfresh tissue congelatu | Impussibule di ottene urganisazioni fresche o salvate longu |
Cellule muscolari, megacariociti, grassi... | U diametru di a cellula hè troppu grande per entra in u strumentu |
Fegato… | Troppu fragile per rompe, incapace di distingue e cellule singole |
Cellule neuronale, cervellu… | Più sensibile, faciule da stressà, cambierà i risultati di sequenza |
Pancreas, tiroide... | Riccu in enzimi endogeni, chì affettanu a pruduzzione di sospensjoni di una cellula |
Nucleu unicu | Unicu cellula |
Diametru di cellula illimitatu | Diametru cellula: 10-40 μm |
U materiale pò esse tissutu congelatu | U materiale deve esse tissutu frescu |
Bassu stress di e cellule congelate | U trattamentu enzimaticu pò causà a reazione di stress cellulare |
Ùn ci hè micca bisognu di sguassà i globuli rossi | I globuli rossi anu da esse eliminati |
Nuclear esprime bioinformazione | A cellula sana esprime bioinformazione |
Biblioteca | Strategia di sequenza | Volume di dati | Requisiti di mostra | Tissu |
10 × Genomica biblioteca unicu nuclei | 10x Genomica -Illumina PE150 | 100.000 letture / cellula circa.100-200 Gb | Numeru di cellula: > 2 × 105 Cell cunc.à 700-1.200 cellule/μL | ≥ 200 mg |
Per più dettagli nantu à a guida di preparazione di mostra è u flussu di travagliu di serviziu, sentite liberu di parlà cun aEspertu BMKGENE
1.Spot clustering
2.Marker expression abbundanza clustering heatmap
3.Maker distribuzione di geni in diversi clusters
4.Cell trajectoria analisi / pseudotime