I prudutti

Sequenza di RNA procarioti

Sequenza di l'RNA procarioticu Image Featured Image

A sequenza di l'RNA procarioticu usa a sequenza di a prossima generazione (NGS) per revelà a presenza è a quantità di RNA in un mumentu determinatu, analizendu u transcriptoma cellulare cambiante.A sequenza di l'RNA procarioticu di a nostra cumpagnia, hè specificamente destinata à i procarioti cù genomi di riferimentu, chì vi furnisce u prufilu di transcriptome, l'analisi di a struttura di u genu, etc. Hè stata largamente appiicata à a ricerca di a scienza basica, a ricerca è u sviluppu di droghe, è più.

Piattaforma: piattaforma Illumina NovaSeq

Cuntatta ci

Dettagli di serviziu

Specificazioni di serviziu

Piattaforma: piattaforma Illumina NovaSeq, PE150

Tipu di libreria: 350bp inserisci libreria cDNA (dipende da a distribuzione di punta)

Strategia di sequenza: Paired-End 150 bp

Cunsigliu di quantità di dati: 2 Gb di dati crudi / campione

Bioinformatica

(1) Sequenza di cuntrollu di qualità di dati: distribuzione di nucleotidi, distribuzione di qualità di basa, valutazione di u rapportu rRNA;

(2) Analisi d'allineamentu di sequenza: statistiche di risultati di l'allineamentu, Saturazione di sequenza, Copertura di sequenza;

(3) Annotazione di u genoma di riferimentu (NR, Swiss-Prot, Pfam, COG, GO, KEGG);

(4) Analisi di l'espressione: Distribuzione di l'espressione (Cù dui o più campioni), Analisi di l'espressione trà i campioni (analisi Venn, Analisi di correlazione, analisi PCA);

(5) Analisi di espressione differenziale (Cù dui o più campioni);

(6) Analisi di l'inseme di Gene: Analisi Venn, Analisi Cluster, Analisi di annotazione di funzioni (COG, GO, KEGG), Analisi di arricchimentu di funzioni (GO, KEGG), Graficu di corda di arricchimentu di funzioni, analisi Ipath;

(7) analisi sRNA: predizione sRNA, annotazione sRNA (Blast, sRNAMap, sRNATarBase, SIPHT, Rfam), predizione di struttura secondaria sRNA, predizione di gene target sRNA;

(8) Analisi di a struttura di Trascrizione: Analisi di l'Operoni, Predizione di siti di partenza è di fine di Trascrizione, annotazione è analisi UTR, Predizione di sequenza di promotore, analisi SNP / InDel (annotazione SNP / InDel, distribuzione regionale SNP / InDel, statistiche SNP).