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Sequenza di l'immunoprecipitazione di cromatina (ChIP-seq)
ChIP-Seq furnisce una profilazione genomica di i target di DNA per a modificazione di istoni, fattori di trascrizione, è altre proteine associate à l'ADN.Unisce a selettività di l'immuno-precipitazione di cromatina (ChIP) per ricuperà complexi specifici di proteina-DNA, cù u putere di a sequenza di a prossima generazione (NGS) per a sequenza d'alta produzzione di l'ADN recuperatu.Inoltre, perchè i cumplessi proteini-DNA sò recuperati da e cellule viventi, i siti di ubligatoriu ponu esse paragunati in diversi tipi di cellule è tessuti, o in diverse cundizioni.L'applicazioni varienu da a regulazione trascrizionale à i percorsi di sviluppu à i meccanismi di a malatia è oltre.
Piattaforma: piattaforma Illumina NovaSeq
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Sequenza metagenomica -NGS
Metagenome si riferisce à una cullizzioni di materiale geneticu tutale di una cumunità mista d'urganismi, cum'è metagenome ambientale, metagenome umanu, etc. Contene genomi di i microorganismi cultivabili è incultivabili.A sequenza metagenomica hè un strumentu molekulari utilizatu per analizà i materiali genomici misti estratti da campioni ambientali, chì furnisce infurmazioni detallate in a diversità è l'abbundanza di spezie, a struttura di a pupulazione, a relazione filogenetica, i geni funzionali è a rete di correlazione cù fatturi ambientali.
piattaforma:Piattaforma Illumina NovaSeq
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Sequencing Metagenomic-Nanopore
A metagenomica hè un strumentu molekulari utilizatu per analizà i materiali genomici misti estratti da campioni ambientali, chì furnisce infurmazioni detallate in a diversità è l'abbundanza di e spezie, a struttura di a pupulazione, a relazione filogenetica, i geni funzionali è a rete di correlazione cù i fatturi ambientali, etc. I plataformi di sequenza Nanopore anu introduttu recentemente. à i studii metagenomici.A so prestazione eccezziunale in a lunghezza di lettura hà largamente rinfurzata l'analisi metagenomica in a valle, in particulare l'assemblea metagenomica.Pigliendu i vantaghji di a lunghezza di lettura, u studiu metagenomicu basatu in Nanopore hè capaci di ottene un assemblamentu più cuntinuu cumparatu cù a metagenomica di fucile.Hè statu publicatu chì a metagenomica basata in Nanopore hà generatu cun successu genomi batterichi cumpleti è chjusi da microbiomi (Moss, EL, et. al,Natura Biotech, 2020)
piattaforma:Nanopore PromethION P48
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Sequenza di bisulfite di tuttu u genoma
A metilazione di DNA à a quinta pusizione in a citosina (5-mC) hà una influenza fundamentale nantu à l'espressione genica è l'attività cellulare.I mudelli di metilazione anormali sò stati assuciati cù parechje cundizioni è malatie, cum'è u cancer.WGBS hè diventatu u standard d'oru per studià a metilazione in tuttu u genoma à una risoluzione di basa unica.
Piattaforma: piattaforma Illumina NovaSeq
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Assai per a cromatina accessibile à a transposasi cù sequenziamentu à altu rendimentu (ATAC-seq)
ATAC-seq hè un metudu di sequencing high-throughput per l'analisi di l'accessibilità di cromatina in tuttu u genoma, chì hè impurtante per u cuntrollu epigeneticu globale di l'espressione genica.L'adattatori di sequenza sò inseriti in regioni di cromatina aperte da a transposase Tn5 iperattiva.Dopu l'amplificazione PCR, una biblioteca di sequenza hè custruita.Tutte e regioni di cromatina aperta ponu esse ottenute in una cundizione specifica di u spaziu-tempu, micca solu limitatu à i siti di ubligatoriu di un fattore di trascrizione, o una certa regione mudificata di histona.
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16S/18S/ITS Amplicon Sequencing-PacBio
A subunità nantu à 16S è 18S rRNA chì cuntene sia regioni altamente conservate è ipervariabili hè una perfetta impronta molecolare per l'identificazione di organismi procarioti è eucarioti.Apprufittannu di a sequenza, sti ampliconi ponu esse mirati in basa di e parti cunsirvate è e regioni ipervariabili ponu esse cumpletamente carattarizati per l'identificazione microbica cuntribuiscenu à studii chì coprenu l'analisi di a diversità microbica, a tassonomia, a filogenesia, ecc. ) a sequenza di a piattaforma PacBio permette di ottene letture longu assai precise, chì puderanu copre ampliconi di lunghezza completa (circa 1,5 Kb).A vista allargata di u campu geneticu hà aumentatu assai a risoluzione in l'annotazione di spezie in a comunità di batteri o fungi.
piattaforma:PacBio Sequel II
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16S/18S/ITS Amplicon Sequencing-NGS
A sequenza di l'amplicone 16S / 18S / ITS hà per scopu di revelà a filogenesi, a tassonomia è l'abbundanza di spezie in una comunità microbica investigando i prudutti PCR di marcatori genetichi di pulizia chì cuntenenu parti altamente conversate è ipervariabili.L'intruduzione di queste impronte moleculari perfette da Woeses et al, (1977) permette un prufilu di microbioma senza isolamentu.A sequenza di 16S (bacteria), 18S (fungi) è spaziatore trascrittu internu (ITS, fungi) permette l'identificazione di e spezie abbundanti è di spezie rare è micca identificate.Sta tecnulugia hè diventata una strumenta largamente applicata è maiò per identificà a cumpusizioni microbiana differenziale in diversi ambienti, cum'è bocca umana, intestini, feci, etc.
piattaforma:Piattaforma Illumina NovaSeq
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Re-Sequencing di u genoma tutale di batteri è fungi
A re-sequenza di u genoma sanu di batteri è fungi hè un strumentu criticu per cumplettà i genomi di battìri è fungi cunnisciuti, è ancu di paragunà parechji genomi o di cartografia genomi di novi organismi.Hè di grande impurtanza à sequenzianu genomi interi di batteri è fungi per generà genomi di riferimentu precisi, per fà l'identificazione microbica è altri studii comparativi di genoma.
Piattaforma: piattaforma Illumina NovaSeq
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PacBio-Sequence d'amplicons 16S/18S/ITS à pleine longueur
A piattaforma Amplicon (16S/18S/ITS) hè sviluppata cù anni di sperienza in l'analisi di prughjetti di diversità microbica, chì cuntene analisi basi standardizzate è analisi persunalizate: l'analisi basica copre u cuntenutu di l'analisi mainstream di a ricerca microbiana attuale, u cuntenutu di l'analisi hè riccu è cumpletu, è i risultati di l'analisi sò presentati in forma di rapporti di prughjettu;U cuntenutu di l'analisi persunalizata hè diversu.I campioni ponu esse selezziunati è i paràmetri ponu esse stabiliti in modu flessibile secondu u rapportu di analisi di basa è u scopu di ricerca, per rializà esigenze persunalizate.Sistema upirativu Windows, simplice è veloce.
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PacBio-Trascriptome Full-length (Non-Reference)
Pigliendu Pacific Biosciences (PacBio) Isoform sequencing data cum'è input, sta App hè capaci di identificà sequenze di trascrizione full-length (senza assemblea).Cartografiandu sequenze full-length contr'à u genoma di riferimentu, i trascrizioni ponu esse ottimisati da geni cunnisciuti, trascrizioni, regioni codificanti, etc. In questu casu, l'identificazione più precisa di strutture mRNA, cum'è splicing alternativu, etc.L'analisi cumuna cù i dati di sequenza di trascrittomi NGS permette una annotazione più cumpleta è una quantificazione più precisa in l'espressione à u livellu di trascrizione, chì benefiziu largamente l'espressione differenziale downstream è l'analisi funzionale.
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Sequenza di bisulfite à rappresentazione ridotta (RRBS)
A ricerca di metilazione di l'ADN hè sempre stata un tema caldu in a ricerca di e malatie, è hè strettamente ligata à l'espressione genica è e caratteristiche fenotipiche.RRBS hè un metudu precisu, efficiente è ecunomicu per a ricerca di metilazione di DNA.L'arricchimentu di e regioni isulane di promotore è CpG per clivaggio enzimaticu (Msp I), cumminatu cù sequencing Bisulfite, furnisce a rilevazione di metilazione di DNA à alta risoluzione.
Piattaforma: piattaforma Illumina NovaSeq
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Sequenza di mRNA procarioti
A sequenza di mRNA permette a profilazione cumpleta di tutte e trascrizioni di mRNA in e cellule in cundizioni specifiche.Sta tecnulugia d'avanguardia serve cum'è un strumentu putente, svelendu profili intricati di espressione genica, strutture genetiche è meccanismi molecolari assuciati à diversi prucessi biologichi.Ampiamente aduttatu in a ricerca fundamentale, a diagnostica clinica è u sviluppu di droghe, a sequenza di mRNA offre una visione di e intricacies di a dinamica cellulare è a regulazione genetica.A nostra elaborazione di campioni di mRNA procarioti hè adattatu per i transcriptomi procarioti, chì implica l'esaurimentu di l'rRNA è a preparazione di libreria direzionale.
Piattaforma: Illumina NovaSeq X
