EVOLUZIONE GENOMA, PANGENOME
Cos'è Pan-genoma?
L'evidenza accumulata mostra chì a varianza trà e diverse ceppi di una spezia pò esse enormi.Un unicu genoma hè luntanu da abbastanza per acquistà a stampa sana di l'infurmazione genetica di una sola spezia.U scopu di u studiu di Pan-genome hè di ottene un gràficu genomicu più cumpletu di una spezia è decodificà e relazioni trà e caratteristiche è i codici genetichi cunducendu l'assemblea di genoma de novo di numerosi ceppi, chì permette una minera più profonda è più larga di e variazioni.
Trends of Pan-genome Study
Figura 1 I tendenzi di i documenti di ricerca publicati di Pan-genome.
Nota: A figura mostra u risultatu di piglià "pan-genome" cum'è a parolla chjave per circà i tituli di l'articuli publicati in i ghjurnali di a serie Nature, Cell and Science.
a.Leghjite da parechji campioni sò allinati à una riferimentu è quelli micca allineati sò assemblati in novi contigs.Aghjunghjendu sti novi contigs à a sequenza di riferimentu originale, un riferimentu di pangenomu pò esse custruitu.E regioni dispensabili sò determinate nantu à a mappatura di tutte e letture à u pangenoma.
b.L'assemblea de novo di i genomi di più accessioni permette approcci di allineamentu di u genoma sanu per identificà e regioni genomiche dispensabili.
c.Un graficu pan-genomu pò esse custruitu da allineamenti di genoma sanu o da assemblea di gràficu de novo, chì almacena in modu efficiente l'infurmazioni varianti di e regioni dispensabili cum'è percorsi unichi attraversu u graficu.
Cumu custruisce un Pan-genoma?
Figura 2 Comparazione di l'avvicinamenti pan-genomi1
a.Leghjite da parechji campioni sò allinati à una riferimentu è quelli micca allineati sò assemblati in novi contigs.Aghjunghjendu sti novi contigs à a sequenza di riferimentu originale, un riferimentu di pangenomu pò esse custruitu.E regioni dispensabili sò determinate nantu à a mappatura di tutte e letture à u pangenoma.
b.L'assemblea de novo di i genomi di più accessioni permette approcci di allineamentu di u genoma sanu per identificà e regioni genomiche dispensabili.
c.Un graficu pan-genomu pò esse custruitu da allineamenti di genoma sanu o da assemblea di gràficu de novo, chì almacena in modu efficiente l'infurmazioni varianti di e regioni dispensabili cum'è percorsi unichi attraversu u graficu.
Pan-genomi publicati di pocu tempu
● Rape pan-genomes2
● Pan-genomi di tomate 3
● Rice Pan -genomu4
● Girasole Pan-genomu5
● Soybean Pan-genome 6
● Rice Pan-genomu7
● Orzu Pan-genomu8
● Pan-genomu di granu9
● Sorghum Pan-genome10
● Fitoplancton Pan-genomu11
Riferimentu
1. Bayer PE, Golicz AA, Scheben A, Batley J, Edwards D. Plant pan-genomes sò a nova riferenza.Nat Plants.2020;6(8):914-920.doi:10.1038/s41477-020-0733-0
2. Song JM, Guan Z, Hu J, et al.Ottu genomi di alta qualità rivelanu l'architettura pan-genoma è a differenziazione di l'ecotipu di Brassica napus.Nat Plants.2020;6(1):34-45.doi:10.1038/s41477-019-0577-7
3. Gao L, Gonda I, Sun H, et al.U pan-genomu di tomate scopre novi geni è un allele raru chì regula u gustu di fruttu.Nat Genet.2019;51(6):1044-1051.doi:10.1038/s41588-019-0410-2
4. Zhao Q, Feng Q, Lu H, et al.L'analisi pan-genoma mette in risaltu l'estensione di a variazione genomica in u risu cultivatu è salvaticu [a correzione publicata appare in Nat Genet.2018 Aug;50(8):1196].Nat Genet.2018;50(2):278-284.doi:10.1038/s41588-018-0041-z
5. Hübner S, Bercovich N, Todesco M, et al.L'analisi pan-genoma di girasole mostra chì l'ibridazione hà alteratu u cuntenutu di u genu è a resistenza à e malatie.Nat Plants.2019;5(1):54-62.doi:10.1038/s41477-018-0329-0
6. Liu Y, Du H, Li P, et al.Pan-Genome di soia salvatica è cultivata.Cell.2020;182(1):162-176.e13.doi:10.1016/j.cell.2020.05.023
7. Qin P, Lu H, Du H, et al.L'analisi pan-genoma di 33 accessioni di risu geneticamente diverse revela variazioni genomiche nascoste [publicatu in linea prima di stampa, u 25 di maghju 2021].Cell.2021;S0092-8674(21)00581-X.doi:10.1016/j.cell.2021.04.046
8. Jayakodi M, Padmarasu S, Haberer G, et al.U pan-genomu di l'orzu palesa u legatu oculatu di l'allevamentu di mutazione.Natura.2020;588(7837):284-289.doi:10.1038/s41586-020-2947-8
9. Walkowiak S, Gao L, Monat C, et al.Diversi genomi di granu revelanu una variazione globale in a ripruduzzione muderna.Natura.2020;588(7837):277-283.doi:10.1038/s41586-020-2961-x
10. Tao Y, Luo H, Xu J, et al.Variazione estensiva in u pan-genoma di u sorgo cultivatu è salvaticu [publicatu in ligna prima di stampa, 2021 May 20].Nat Plants.2021;10.1038 / s41477-021-00925-x.doi:10.1038/s41477-021-00925-x
11. Fan X, Qiu H, Han W, et al.U pangenoma di fitoplancton revela un vastu trasferimentu di geni orizzontali procarioti di diverse funzioni.Sci Adv.2020;6(18):eaba0111.Publicatu u 29 Apr 2020. doi:10.1126/sciadv.aba0111
Tempu di Postu: 04-Jan-2022