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ASSEMBLEA GENOME T2T, GENOME GAP FREE

1stDui genomi di risu1

Titulu: Assemblea è Validazione di dui Genomi di Riferimentu Gap-free per Xian / indica Rice Reveals Insights in Plant Centromere Architecture

Doi:https://doi.org/10.1101/2020.12.24.424073

Tempu publicatu: 01 di Ghjennaghju di u 2021.

Istitutu: Università Agricola Huazhong, Cina

Materiali

O. sativa xian/indicavarietà di risu 'Zhenshan 97 (ZS97)' è 'Minghui 63 (MH63)

Strategia di sequenza

NGS leghje + HiFi leghje + CLR leghje + BioNano + Hi-C

Dati:

ZS97: 8,34 Gb (~23x) letture HiFi + 48,39 Gb (~131x) letture CLR + 25 Gb (~69x) NGS + 2 cellule BioNano Irys

MH63: 37,88 Gb (~103x) letture HiFi + 48,97 Gb (~132x) letture CLR + 28 Gb (~76x) NGS + 2 cellule BioNano Irys

Figura-1

Figura 1 Dui genomi senza gap di risu (MH63 è ZS97)

2ndGenoma di banana2

Titulu: Cromosomi senza interruzzione di telomeri à telomeri di banana chì utilizanu a sequenza di nanopori

Doi:https://doi.org/10.1101/2021.04.16.440017

Tempu publicatu: 17 d'aprile di u 2021.

Istitutu: Université Paris-Saclay, France

Materiali

Doppiu aploideMusa acuminatasppmalaccensis(DH-Pahang)

Strategia di sequenza è dati:

Modalità HiSeq2500 PE250 + MinION/ PromethION (93Gb, ~ 200X) + Mappa ottica (DLE-1+BspQ1)

Table 1 Comparazione di Musa acuminata (DH-Pahang) genome assemblies

Tabella 1-Paragone-di-assemblaggi-di-genomi-umani-GRCh38-e-T2T-CHM13
Figura-Musa-genomi-architettura-paragone

Figura 2 Paragone di l'architettura di i genomi Musa

3rdGenoma di Phaeodactylum tricornutum3

Titre : Assemblage du génome de télomères à télomèresP
haeodactylum tricornutum

Doi:https://doi.org/10.1101/2021.05.04.442596

Tempu publicatu: 04 di maghju di u 2021

Istitutu: Western University, Canada

Materiali

Phaeodactylum tricornutum(Culture Collection of Algues and Protozoa CCAP 1055/1)

Strategia di sequenza è dati:

1 cella di flusso Oxford Nanopore minION + un 2 × 75 paired-end mid-output NextSeq 550 run

Figure-Workflow-for-telomere-to-telomere-genome-assembly-1-1024x740

Figura 3 Flussu di travagliu per l'assemblea di u genoma di telomeri à telomeri

4thGenomu CHM13 umanu4

Titulu: A sequenza cumpleta di un genoma umanu

Doi:https://doi.org/10.1101/2021.05.26.445798

Tempu publicatu: 27 di maghju di u 2021

Istitutu: National Institutes of Health (NIH), USA

Materiali: linea cellulare CHM13

Strategia di sequenza è dati:

30× PacBio sequenziamento consensu circular (HiFi), 120× Oxford Nanopore sequenziamento ultra-lungo di lettura, 100× sequenziamento Illumina PCR-Free (ILMN), 70× Illumina / Arima Genomics Hi-C (Hi-C), carte ottiche BioNano, è Strand-seq

Tabella 2 Paragone di l'assemblee di genoma umanu GRCh38 è T2T-CHM13

Table-Comparison-of-Musa-acuminata-DH-Pahang-genome-assembles

Riferimentu

1.Sergey Nurk et al.A sequenza cumpleta di un genoma umanu.bioRxiv 2021.05.26.445798;doi:https://doi.org/10.1101/2021.05.26.445798

2.Caroline Belser et al.Cromusomi gapless da telomeri à telomeri di banana utilizendu a sequenza di nanopori.bioRxiv 2021.04.16.440017;doi:https://doi.org/10.1101/2021.04.16.440017

3.Daniel J. Giguere et al.Assemblage du génome télomère à télomère de Phaeodactylum tricornutum.bioRxiv 2021.05.04.442596;doi:https://doi.org/10.1101/2021.05.04.442596

4.Jia-Ming Song et al.L'Assemblea è a Validazione di dui Genomi di Riferimentu senza Gap per u Rice Xian / indica Reveals Insights in Plant Centromere Architecture.bioRxiv 2020.12.24.424073;doi:https://doi.org/10.1101/2020.12.24.424073


Tempu di posta: 06-Jan-2022

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