U genotipamentu d'altu rendimentu, in particulare in a pupulazione à grande scala, hè un passu fundamentale in i studii di l'associazione genetica, chì furnisce una basa genetica per a scuperta di geni funzionali, l'analisi evoluzione, ecc. ) hè introduttu per minimizzà u costu di sequenza per campionu, mentre mantene una efficienza raghjone nantu à a scuperta di marcatura genetica.Questu hè comunmente ottenutu per estrazione di un frammentu di restrizione in un intervallu di dimensioni determinate, chì hè chjamatu biblioteca di rappresentanza ridotta (RRL).A sequenza di frammenti amplificati di locu specificu (SLAF-Seq) hè una strategia auto-sviluppata per a scuperta di SNP de novo è u genotipamentu SNP di grandi populazioni.
Flussu di travagliu tecnicu
SLAF versus metudi RRL esistenti
Vantaghji di SLAF
A più alta efficienza di scuperta di marcatori genetichi- Cumminatu cù a tecnulugia di sequencing high-throughput, SLAF-Seq puderia ottene centinaie di millaie di tag scuperti in tuttu u genoma per risponde à a dumanda di diversi prughjetti di ricerca, sia cù un genoma di riferimentu sia senza.
Disegnu sperimentale persunalizatu è flessibile- Per diversi scopi di ricerca o spezie, diverse strategie di digestione enzimatica sò dispunibuli cumpresi a digestione à una sola enzima, a doppia enzima è a multi-enzima.A strategia di digestione serà pre-evaluata in silico per assicurà un disignu enzima ottimale.
Alta efficienza in a digestione enzimatica- A digestione enzimatica pre-progettata furnisce SLAF distribuiti più uniformemente nantu à u cromusoma.A raccolta di frammenti efficace pò ottene più di 95%.
Evite a sequenza ripetitiva- A percentuale di sequenza ripetitiva in i dati SLAF-Seq hè ridutta à menu di 5%, in particulare in spezie cù un altu livellu di elementi ripetitivi, cum'è u granu, u mais, etc.
Flussu di travagliu bioinformaticu auto-sviluppatu- BMK hà sviluppatu un flussu di travagliu bioinformaticu integratu applicabile à a tecnulugia SLAF-Seq per assicurà l'affidabilità è l'accuratezza di l'output finale.
Applicazione di SLAF
Mappa di ligame geneticu
Custruzzione di carte genetiche à alta densità è identificazione di lochi chì cuntrullanu i tratti di u fiore in Chrysanthemum (Chrysanthemum x morifolium Ramat.)
Journal: Horticulture Research Publicatu: 2020.7
GWAS
Identificazione di un genu candidatu assuciatu à u cuntenutu di isofavone in e sementi di soia utilizendu l'associazione di u genoma è a mappa di ligame.
Journal: u Plant Journal Publicatu: 2020.08
Genetica Evolutiva
L'analisi genomica di a pupulazione è l'assemblea de novo revelanu l'urìgine di u risu erbaccia cum'è un ghjocu evolutivu
Journal: Plant Molecular Publicatu: 2019.5
Analisi di Segregante Bulked (BSA)
GmST1, chì codifica una sulfotransferase, cunferisce resistenza à i ceppi di virus di mosaicu di soia G2 è G3.
Journal: Plant, Cell & Environment Publicatu: 2021.04
Riferimentu
Sun X, Liu D, Zhang X, et al.SLAF-Seq: un metudu efficiente di scuperta di SNP de novo à grande scala è genotipamentu utilizendu sequencing high-throughput [J].Plos unu, 2013, 8(3):e58700
Song X, Xu Y, Gao K, et al.A custruzzione di carte genetiche à alta densità è l'identificazione di i lochi chì cuntrullanu e caratteristiche di u fiore in Chrysanthemum (Chrysanthemum × morifolium Ramat.).Hortic Res.2020;7:108.
Wu D, Li D, Zhao X, et al.Identificazione di un genu candidatu assuciatu à u cuntenutu di isoflavone in e sementi di soia utilizendu l'associazione di u genoma è a mappa di ligame.Plant J. 2020;104 (4): 950-963.
Sun J, Ma D, Tang L, et al.L'analisi genomica di a pupulazione è l'Assemblea De Novo revelanu l'urìgine di u risu Weedy cum'è un ghjocu evolutivu.Mol Plant.2019;12(5):632-647.Mol Plant.2018;11 (11): 1360-1376.
Zhao X, Jing Y, Luo Z, et al.GmST1, chì codifica una sulfotransferase, conferisce resistenza à i ceppi di virus di mosaicu di soia G2 è G3.Ambiente Cellule vegetale.2021;10.1111/pce.14066
Tempu di Postu: 04-Jan-2022