Sequenza metagenomica -NGS
Vantaghji di serviziu
● Isulamentu è senza cultivazioni per u prufilu di a cumunità microbiana
● High risuluzione in detecting spezie bassu-abbundanza in campioni ambientali
● L'idea di "meta-" integra tutte e caratteristiche biologiche à u livellu funziunale, u livellu di spezie è u livellu di genu, chì riflette una vista dinamica chì hè più vicinu à a realità.
● BMK accumula una sperienza massiva in diversi tipi di campioni cù più di 10 000 campioni trattati.
Specificazioni di serviziu
| Piattaforma | Sequencing | Dati cunsigliatu | Tempu di turnaround |
| Piattaforma Illumina NovaSeq | PE150 | 6 G/10 G/20 G | 45 ghjorni di travagliu |
Analisi bioinformatica
● cuntrollu di qualità di dati crudu
● Assemblea Metagenome
● Inseme di geni non redundant è annotazione
● Analisi di a diversità di spezie
● Analisi di diversità di funzione genetica
● Analisi intergruppu
● Analisi di associu contr'à fattori spirimintali
Requisiti di mostra è consegna
Requisiti di mostra:
Perestratti di DNA:
| Tipu di mostra | A quantità | Cuncentrazione | Purità |
| estratti di DNA | > 30 ng | ＞ 1 ng/μl | OD260/280 = 1,6-2,5 |
Per i campioni ambientali:
| Tipu di mostra | Prucedura di campionamentu cunsigliatu |
| Terra | Quantità di campionamentu: ca.5 g;A sostanza secca restante deve esse eliminata da a superficia;Macinate pezzi grossi è passanu per un filtru di 2 mm;Campioni aliquotati in EP-tube sterile o cyrotube per a riservazione. |
| Feces | Quantità di campionamentu: ca.5 g;Raccoglie e aliquote i campioni in un tubo EP sterile o un criotubo per prenotazione. |
| Cuntenuti intestinali | I campioni anu da esse processati in cundizioni asettiche.Lavà u tissutu cullatu cù PBS;Centrifugare le PBS e raccogliere il precipitante in tubi EP. |
| Sludge | Quantità di campionamentu: ca.5 g;Raccoglie e aliquote di campione di fango in un tubo EP sterile o un cryotube per prenotazione |
| Corpu d'acqua | Per a mostra cù una quantità limitata di microbica, cum'è l'acqua di u robba, l'acqua di pozzu, etc., Raccoglie almenu 1 L d'acqua è passa per un filtru di 0,22 μm per arricchisce microbial nantu à a membrana.Mantene a membrana in un tubu sterile. |
| A pelle | Raschiate cù cura a superficia di a pelle cù un tampone di cuttuni sterile o una lama chirurgica è mette in un tubu sterile. |
Cunsigliu Cunsigliu di Campione
Freeze i campioni in nitrogenu liquidu per l'ora di 3-4 è almacenà in nitrogenu liquidu o -80 gradi à riservazione longu.U trasportu di mostra cù ghiaccio seccu hè necessariu.
Flussu di travagliu di serviziu
Consegna di mostra
Custruzzione di biblioteca
Sequencing
Analisi di dati
Servizi post-vendita
1.Histogram: Distribuzione di spezie
2.Geni funzionali annotati à i viaghji metabolichi KEGG
3.Mappa di calore: Funzioni differenziali basate nantu à l'abbundanza di geni relative
4.Circos di CARD genes resistenza antibiotici
Casu BMK
Prevalenza di i geni di resistenza à l'antibiotici è i patogeni bacteriali longu u cuntinuu di a radica di mangrove di terra
Publicatu:Journal of Hazardous Materials, 2021
Strategia di sequenza:
Materiali: estratti di DNA di quattru frammenti di campioni associati di radici di mangrove: terri senza pianta, rizosfera, episfera è compartimenti endosferiali
Piattaforma: Illumina HiSeq 2500
Targets: Metagenome
16S rRNA gene regione V3-V4
I risultati chjave
A sequenza metagenomica è a profilazione di metabarcoding in u cuntinuu di a terra-radica di i pianti di mangrove sò stati processati per studià a disseminazione di i geni di resistenza à l'antibiotici (ARG) da a terra in e piante.I dati metagenomichi anu revelatu chì u 91,4% di i geni di resistenza à l'antibiotici sò comunmente identificati in tutti i quattru compartimenti di a terra citati sopra, chì mostranu una moda cuntinua.A sequenza di amplicone 16S rRNA hà generatu 29,285 sequenze, chì rapprisentanu 346 spezie.Cumminendu cù u prufilu di spezie da a sequenza di amplicone, sta disseminazione hè stata trovata indipindente da a microbiota associata à a radica, in ogni modu, puderia esse facilitata da elementi genetichi mobili.Stu studiu hà identificatu u flussu di ARG è patogeni da a terra in i pianti à traversu un continuum interconnected soil-root.
Riferimentu
Wang, C. , Hu, R. , Strong, PJ , Zhuang, W. , & Shu, L. .(2020).Prevalenza di i geni di resistenza à l'antibiotici è i patogeni bacteriali longu u continuu di a radica di a terra-mangrove.Journal of Hazardous Materials, 408, 124985.
