Assemblea Genome basatu in Hi-C
Vantaghji di serviziu
Panoramica di Hi-C
(Lieberman-Aiden E et al.,Scienza, 2009)
● Nisun bisognu di custruì a pupulazione genetica per l'ancora contig;
● Densità di marcatura più altu chì porta à u rapportu di ancoraggio contigs più altu à sopra à 90%;
● Permette a valutazione è e currezzione nantu à l'assemblee di genoma esistenti;
● Tempu di turnu più breve cù una precisione più alta in l'assemblea di u genoma;
● Esperienza abbundante cù più di 1000 biblioteche Hi-C custruite per più di 500 spezie;
● Più di 100 casi di successu cù un fattore d'impattu cumulativu publicatu di più di 760;
● Assemblea di genomu basatu in Hi-C per u genoma poliploide, u 100% di a tarifa d'ancorazione hè stata ottenuta in u prughjettu precedente;
● Brevetti interni è copyright di software per esperimenti Hi-C è analisi di dati;
● Software di sintonizazione di dati visualizati auto-sviluppatu, permette u muvimentu di bloccu manuale, inversione, revoking è redoing.
Specificazioni di serviziu
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Tipu di biblioteca
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Piattaforma | Lunghezza di lettura | Cunsigliu Strategia |
| Ciao-C | Illumina NovaSeq | PE150 | ≥ 100X |
Analisi bioinformatica
● cuntrollu di qualità di dati crudu
● Hi-C cuntrollu di qualità biblioteca
● Assemblea genomu basatu Hi-C
● Valutazione post-assemblea
Requisiti di mostra è consegna
Requisiti di mostra:
| Animal | Fungus | Piante
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| Tessulu congelatu: 1-2 g per biblioteca Cellule: 1x 10^7 cellule per biblioteca | Tessulu congelatu: 1 g per biblioteca | Tessulu congelatu: 1-2 g per biblioteca
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| *Ricumandemu fermamente di mandà almenu 2 aliquote (1 g ognunu) per l'esperimentu Hi-C. | ||
Cunsigliu Cunsigliu di Campione
Contenitore: Tubu da centrifuga da 2 ml (Un fogliu di stagno ùn hè micca cunsigliatu)
Per a maiò parte di i campioni, ricumandemu micca di priservà in etanolu.
Etichettatura di campioni: I campioni anu da esse chjaramente etichettati è identici à a forma d'infurmazione di mostra presentata.
Spedizione: Ghiaccio secco: I campioni anu da esse imballati in sacchetti prima è intarrati in ghiaccio seccu.
Flussu di travagliu di serviziu
Prughjettu di cuncepimentu
Consegna di mostra
estrazione di DNA
Custruzzione di biblioteca
Sequencing
Analisi di dati
Servizi post-vendita
*I risultati demo mostrati quì sò tutti da genomi publicati cù Biomarker Technologies
1.Hi-C interaction heat map ofCamptotheca acuminatagenoma.Cum'è mostra nantu à a mappa, l'intensità di l'interazzione hè correlata negativamente cù a distanza lineale, chì indica una assemblea à livellu di cromusomu assai precisa.(Ratio di ancoraggio: 96,03%)
Kang M et al.,Comunicazioni Natura, 2021
2.Hi-C facilitò a validazione di inversioni tràGossypium hirsutumL. TM-1 A06 èG. arboreumChr06
Yang Z et al.,Natura Communications, 2019
3.Assembly è differenziazione biallelica di u genomu di cassava SC205.A mappa di calore Hi-C mostra una divisione clara in cromusomi omologhi.
Hu W et al.,Pianta Molecular, 2021
4.Hi-C heatmap nantu à l'assemblea di genomu di dui spezie Ficus:F.microcarpa(rapportu di ancoraggio: 99,3%) èF.hispida (ratio di ancoraggio: 99,7%)
Zhang X et al.,Cell, 2020
Casu BMK
I genomi di u Banyan Tree è u Pollinator Wasp furniscenu insights nantu à a coevoluzione di u ficu-vespa
Publicatu: Cell, 2020
Strategia di sequenza:
F. microcarpa genoma: ca.84 X PacBio RSII (36,87 Gb) + Hi-C (44 Gb)
F. hispidagenoma: ca.97 X PacBio RSII (36,12 Gb) + Hi-C (60 Gb)
Eupristina verticillatagenoma: ca.170 X PacBio RSII (65 Gb)
I risultati chjave
1.Dui genomi di l'arbulu di banyan è un genoma di vespa di polinizatore sò stati custruiti cù sequenza PacBio, Hi-C è mappa di ligame.
(1)F. microcarpagenoma: Una assemblea di 426 Mb (97,7% di a dimensione di u genoma stimata) hè stata stabilita cù contig N50 di 908 Kb, u puntu BUSCO di 95,6%.In totale di 423 sequenze Mb sò stati ancorati à 13 cromusomi da Hi-C.L'annotazione di u genoma hà datu 29.416 geni codificatori di proteine.
(2)F. Hispidagenoma: Una assemblea di 360 Mb (97,3% di a dimensione di u genoma stimatu) hè stata rendita cun contig N50 di 492 Kb è u puntu BUSCO di 97,4%.Un totale di sequenze di 359 Mb sò stati ancorati nantu à 14 cromusomi da Hi-C è assai identici à a mappa di ligame à alta densità.
(3)Eupristina verticillatagenoma: Una assemblea di 387 Mb (Stima di u genoma: 382 Mb) hè stata stabilita cù contig N50 di 3,1 Mb è u puntu BUSCO di 97,7%.
2.L'analisi genomica comparativa palesa un gran numaru di variazioni di struttura trà duiFicusgenomi, chì furnisce una risorsa genetica inestimabile per studii di evoluzione adattativa.Stu studiu, per a prima volta, hà furnitu insights in a coevoluzione di Fig-vesp à livellu genomicu.
 Diagramma di Circos nantu à e caratteristiche genomiche di duiFicusgenomi, inclusi cromosomi, duplicazioni segmentali (SD), trasposoni (LTR, TEs, DNA TEs), espressione genica è sintonia |  Identificazione di u cromusoma Y è u genu candidatu per a determinazione di u sessu |
Zhang, X., et al."I genomi di u Banyan Tree è u Pollinator Wasp furniscenu insights in a coevoluzione di Fig-Wasp".Cell 183.4 (2020).
