Piattaforma | Dimensione di a biblioteca | Rendimentu di dati teorichi (per cellula) | Accuratezza di una sola basa | Applicazioni |
Nanoporu | 8Kb, 10kb, 20kb, Ultralongu, cDNA-PCR | 70-90 Gb/cell | 85-92% | Chiamata SV, De novo, Sequenza integrale, Iso-Seq, Annotazione genica, Rilevazione di metilazione di DNA |
● Più di 5 anni di sperienza nantu à a piattaforma di sequenza PacBio cù millaie di prughjetti chjusi cù diverse spezie.
● BMKGENE hè un cumpagnu ufficiale di Oxford Nanopore, cù a certificazione RNA/DNA di doppia piattaforma.
● Ci sò mudelli mainstream di sequencers cù un equipamentu cumpletu è un throughput di sequencing suffirenziu.
● Basatu nantu à a piattaforma Nanopore, più di 10 ricerche animali è vegetali Denovo sò stati publicati in ghjurnali di fama internaziunale.
Tipu di mostra | A quantità | Concentrazione (Qubit ®) | Volume | Purità | Altri |
DNA genomicu | Dipende da u requisitu di dati | ≥ 20 ng/μl | ≥ 15 μl | OD260/280 = 1,7-2,2; OD260/230≥1.5; Piccu chjaru à 260 nm, senza contaminazioni | A cuncentrazione deve esse misurata da Qubit è Qubit/Nanopore ≤ 2 |
RNA totale | ≥ 1,2 μg | ≥100μg/μl | ≥ 15 μl | OD260/280 = 1,7-2,5; OD260/230 = 0.5-2.5; senza contaminazioni | Valeur RIN ≥7,5 |
Valutazione di a Qualità di Dati di Campione di DNA
Table 1. Statistiche nantu à dati puliti.
BMKID | rawSeqNum | rawSumBase | cleanSeqNum | cleanSumBase | cleanN50Len | cleanN90Len | cleanMeanLen | cleanMaxLen | cleanMeanQual |
DNA_BMK01 | 1.218.239 | 26.37 | 1 121 736 | 25.90 | 28.014 | 15.764 | 23.090 | 143.181 | 9 |
Valutazione di a qualità di dati di l'RNA Sample
Table 1. Statistiche nantu à dati puliti.
FileName | ClientID | ReadNum | BaseNum | N50 | Lunghezza media | Max Length | MeanQscore |
RNA_BMK001 | C2 | 8.947.708 | 4.047.230.083 | 398 | 452 | 129.227 | Q12 |
Figura 1. Leghjite a distribuzione di lunghezza
Figura 2. Distribuzione di u puntu di qualità di dati puliti
Figura 3. Distribuzione di partitura di lunghezza è qualità di dati puliti