Sequencing DNA/RNA -PacBio Sequencer
Features
Dui modi di sequenza nantu à u sequencer PacBio: Continuous Long Read (CLR) è Circular Consensus Read (CCS)
| Modu di sequenza | Dimensione di a biblioteca | Dati teorichiRendimentu (per cellula) | Basa unicaAccuratezza | Applicazioni |
| CLR | 20Kb, 30Kb, etc. | 80 Gb à 130 Gb | Circa.85% | De novo, SV calling, etc. |
| CCS | 15-20 Kb | 14 à 40 Gb/cellule (Sequel II) 70 à 110 Gb/cellule (Revio) Dipende da i campioni | Circa.99% | De novo, SNP/Indel/SV calling, Iso-Seq, |
Comparazione di e prestazioni è e caratteristiche di Revio è Sequel II
| Termini | Sistema Sequel II | sistema Revio | Aumentà |
| Densità più altu | 8 milioni di ZMW | 25 milioni di ZMW | 3x |
| Tappe indipendenti | 1 | 4 | 4x |
| Tempi di corsa più brevi | 30 ore | 24 ore | 1,25x |
| 30X HiFi genomi umani / annu | 88 | 1.300 | 15x in generale |
Vantaghji di serviziu
● Più di 8 anni di sperienza nantu à a piattaforma di sequenza PacBio cù millaie di prughjetti chjusi cù diverse spezie.
● Completamente equipatu cù l'ultime piattaforme PacBio Sequencing, Revio per guarantisce un throughput di sequenza sufficiente.
● Faster turn-around time, più altu rendiment di dati è dati più precisa.
● Cuntribuitu in centinaie di publicazioni basati in PacBio d'impattu.
Requisiti di mostra
| Tipu di mostra | A quantità | Cuncentrazione （Qubit®） | Volume | Purità | Altri |
| DNA genomicu | Dipende da u requisitu di dati | ≥50 ng/μl | ≥ 15 μl | OD260/280 = 1,7-2,2; OD260/230 = 1.8-2.5; Piccu chjaru à 260 nm,senza contaminazioni | A cuncentrazione deve esse misurata da Qubit è Qubit/Nanopore = 0,8-2,5 |
| RNA totale | ≥ 1,2 μg | ≥120 ng/μl | ≥ 15 μl | OD260/280 = 1,7-2,5; OD260/230 = 0,5-2,5;senza contaminazioni | Valeur RIN ≥7,5 5≥28S/18S≥1 |
U flussu di travagliu di serviziu
Preparazione di mostra
Custruzzione di biblioteca
Sequencing
Analisi di dati
Cunsigliu di prughjettu
1.In-house Rendimentu Dati
Dati generati da 63 cellule CCS (da 26 spezie)
| DATA-PacBio-CCS-15 Kb | Media | Max | Min | Mediana |
| Rendimentu - subreads (Gb) | 421.12 | 544,27 | 221.38 | 426,58 |
| Renditu - CCS (Gb) | 25.93 | 38.59 | 10.86 | 25.43 |
| polimerasi N50 | 145.651 | 175.430 | 118.118 | 144.689 |
| Subreads N50 | 17.509 | 23.924 | 12 485 | 17.584 |
| CCS N50 | 14.490 | 19.034 | 9.876 | 14.747 |
| Lunghezza media - Polymerase | 67.995 | 89.379 | 49.664 | 66.433 |
| Lunghezza media-Subbreads | 15.866 | 21.036 | 11.657 | 16.012 |
| Lunghezza media - CCS | 14.489 | 19.074 | 8.575 | 14.655 |
Dati generati da 16 cellule CLR (da 76 spezie)
| DATA-PacBio-CLR-30Kb | Media | Max | Min | Mediana |
| Rendimentu - subreads (Gb) | 142.20 | 291,40 | 50,55 | 142,49 |
| polimerasi N50 | 39.456 | 121.191 | 15.389 | 35.231 |
| Subreads N50 | 28.490 | 41.012 | 14.430 | 29.063 |
| Lunghezza media - Polymerase | 22.063 | 48.886 | 8.747 | 21 555 |
| Lunghezza media-Subbreads | 17.720 | 27.225 | 8.293 | 17.779 |
2.Data QC - DemoStatistiche nantu à u rendiment di dati
| Campione | ccs Letture Num | Basi totali di ccs (bp) | ccs leghje N50 (bp) | ccs Lunghezza media (bp) | ccs Lettura più lunga (bp) | sottolegge basi (bp) | ccs rate (%) |
| PB_BMKxxx | 3.444.159 | 54.164.122.586 | 15.728 | 15.726 | 36.110 | 863.326.330.465 | 6.27 |
