I prudutti

Sequenza di l'ARNm à a lunghezza completa - PacBio

Sequenza di mRNA à tutta a lunghezza -PacBio Featured Image

De novosequenza di transcriptome full-length, canusciutu macari comuDe novoIso-Seq piglia i vantaghji di u sequencer PacBio in a durata di lettura, chì permette a sequenza di molécule d'ADNc di lunghezza completa senza pause.Questu evita cumplettamente qualsiasi errori generati in i passi di l'assemblea di a trascrizione è custruisce insemi unigene cù una risoluzione à livellu isoforme.Stu set unigene furnisce una infurmazione genetica putente cum'è "genoma di riferimentu" à livellu di transcriptome.Inoltre, cumminendu cù dati di sequenza di a prossima generazione, stu serviziu permette una quantificazione precisa di l'espressione à livellu isoforme.

Piattaforma: PacBio Sequel II

Biblioteca: SMRT bell library

Cuntatta ci

Dettagli di serviziu

Risultati Demo

Studiu di casu

Vantaghji di serviziu

● Lettura diretta di a molecula di cDNA di lunghezza completa da a fine 3' à l'estremità 5'

● Risoluzione di livellu iso-forma in struttura di sequenza

● Trascrizioni cù alta precisione è integrità

● Altamente compatible à vaiours spezie

● Grande capacità di sequenza cù 4 piattaforme di sequenza PacBio Sequel II equipate

● Altamente espertu cù più di 700 prughjetti di sequencing RNA basatu in Pacbio

● Consegna di risultati basatu in BMKCloud: Data mining persunalizata dispunibule nantu à a piattaforma.

● Servizii post-vendita validu per 3 mesi dopu à a fine di u prugettu

Specificazioni di serviziu

Piattaforma: PacBio Sequel II

Biblioteca di sequenza: biblioteca di mRNA arricchita di Poly A

Rendimentu di dati ricumandatu: 20 Gb/campione (Secondu a spezia)

FLNC（%）： ≥75%

*FLNC: Transcipts non-chimerici à longu andà

Analisi bioinformatica

● Trattamentu di dati prima

● Identificazione di a trascrizione

● Struttura di sequenza

● Expression Quantification

● Annotazione di funzione

Requisiti di mostra è consegna

Requisiti di mostra:

Nucleotidi:

Conc. (ng/μl)

Quantità (μg)

Purità

Integrità

≥ 120

≥ 0,6

OD260/280 = 1,7-2,5

OD260/230 = 0,5-2,5

Cuntaminazione limitata o micca di proteine o DNA mostrata nantu à u gel.

Per i pianti: RIN≥7,5;

Per l'animali: RIN≥8.0;

5.0≥ 28S/18S≥1.0;

limitazione o senza elevazione di basa

Tissu: Pesu (secu):≥ 1 g
* Per i tissuti più chjuchi di 5 mg, ricumandemu di mandà un campione di tissutu congelatu (in nitrogenu liquidu).

Suspension cellulare:Conte di cellule = 3 × 10⁶- 1×10⁷
* Hè cunsigliatu di spedite lisatu di cellule congelate.In casu chì a cellula conta più chjuca di 5 × 10⁵, Flash frozen in nitrogenu liquidu hè cunsigliatu, chì hè preferibile per micro extraction.

Campioni di sangue:Volume ≥ 1 mL

Microorganismu:Massa ≥ 1 g

Cunsigliu Cunsigliu di Campione

Container:
Tubu da centrifuga da 2 ml (sconsigliatu u fogliu di stagno)
Esempiu di etichettatura: Gruppu + replicate per esempiu A1, A2, A3;B1, B2, B3....

spedizione:

1. Ghiaccio seccu: I campioni deve esse imballati in sacchetti è intarrati in ghiaccio seccu.
2. Tubi RNAstable: i campioni di RNA ponu esse secchi in un tubu di stabilizazione di RNA (per esempiu RNAstable®) è spediti in a temperatura di l'ambienti.

Flussu di travagliu di serviziu

Prughjettu di cuncepimentu

Consegna di mostra

estrazione di RNA

Custruzzione di biblioteca

Sequencing

Analisi di dati

Servizi post-vendita

Previous: Sequenza di mRNA eucarioti-Illumina

Next: Sequenza di mRNA di lunghezza completa-Nanopore

1.FLNC distribuzione di lunghezza

A lunghezza di a lettura non chimerica (FLNC) indica a lunghezza di cDNA in a custruzzione di a biblioteca.A distribuzione di lunghezza FLNC hè un indicatore cruciale in a valutazione di a qualità di a custruzzione di a biblioteca.

Distribuzione di lunghezza di lettura mRNA-FLNC

Distribuzione di lunghezza di lettura FLNC

2.Complete a distribuzione di lunghezza di a regione ORF

Utilizemu TransDecoder per predichendu e regioni di codificazione di a proteina è e sequenze d'aminoacidi currispondenti per generà insemi unigene, chì cuntene infurmazione cumpleta di trascrizione non redundante in tutti i campioni.

mRNA-Complete-ORF-distribuzione di lunghezza

Distribuzione cumpleta di a lunghezza di a regione ORF

3.KEGG analisi arricchimentu caminu

Trascrizioni espresse di manera differenziale (DETs) ponu esse identificate allineendu e dati di sequenza di RNA basati in NGS in setti di trascrizione di lunghezza completa generati da dati di sequenza PacBio.Questi DET ponu ulteriormente processati per diverse analisi funzionali, per esempiu, analisi di arricchimentu di via KEGG.

arricchimentu di via mRNA-DEG-KEGG

Arricchimentu di via DET KEGG -Dot plot

Casu BMK

A dinamica di u sviluppu di u Populus stem transcriptome

Publicatu: Rivista di Biotecnologia vegetale, 2019

Strategia di sequenza:
Raccolta di campioni:regioni stem: apex, primu internode (IN1), second internode (IN2), terzu internode (IN3), internode (IN4) è internode (IN5) da Nanlin895
Sequenza NGS:L'RNA di 15 individui sò stati cumulati cum'è una mostra biologica.Trè replicati biologichi di ogni puntu sò stati processati per a sequenza NGS
Sequenza TGS:E regioni stem sò state divise in trè regioni, ie apex, IN1-IN3 è IN4-IN5.Ogni regione hè stata processata per a sequenza PacBio cù quattru tipi di biblioteche: 0-1 kb, 1-2 kb, 2-3 kb è 3-10 kb.

I risultati chjave

1.Un totale di 87150 trascrizioni full-length sò stati identificati, in quale, 2081 isoforms novelli è 62058 isoforms spliced alternativi novi sò stati identificati.
2.1187 lncRNA è 356 genes di fusioni sò stati identificati.
3.Da a crescita primaria à a crescita secundaria, 15838 transcripts spressi differenziali da 995 genes spressi differenziali sò stati identificati.In tutti i DEG, 1216 eranu fattori di trascrizzione, a maiò parte di i quali ùn sò micca stati ancu signalati.
L'analisi di arricchimentu 4.GO palesa l'impurtanza di a divisione cellulare è u prucessu di riduzzione d'ossidazione in a crescita primaria è secundaria.