Analisi Segregant Bulked
Vantaghji di serviziu
Takagi et al., The Plant Journal, 2013
● Localizazione precisa: mischjà bulks cù 30 + 30 à 200 + 200 individui per minimizzà u rumore di fondo;Previsione di regione candidata basata in mutanti non sinonimi.
● Analisi comprehensiva: Annotazione approfondita di a funzione di u genu candidatu, cumprese NR, SwissProt, GO, KEGG, COG, KOG, etc.
● Tempu di turnaround più veloce: Localizazione rapida di gene in 45 ghjorni di travagliu.
● Esperienza estensiva: BMK hà cuntribuitu in millaie di caratteristiche di localizazione, chì copre diverse spezie cum'è culturi, prudutti acquatici, furesta, fiori, frutti, etc.
Specificazioni di serviziu
Populazione :
Segregazione di a progenie di genitori cù fenotipi opposti.
p. es. progenie F2, Backcrossing (BC), Linea inbred recombinant (RIL)
Piscina di mistura
Per i tratti qualitativi: da 30 à 50 individui (minimu 20) / bulk
Per i tratti quantitativi: da u 5% à u 10% di l'individui cù fenotipi estremi in tutta a pupulazione (minimu 30 + 30).
Profundità di sequenza cunsigliata
Almenu 20X / genitore è 1X / individuu di prole (per esempiu, per una piscina di mistura di prole di 30 + 30 individui, a prufundità di sequenza serà 30X per massa)
Analisi bioinformatica
● Resequenza di u genoma sanu
● Trattamentu di dati
● SNP / Indel calling
● Prughjettu di a regione candidata
● Annotazione di funzione geni candidati
Requisiti di mostra è consegna
Requisiti di mostra:
Nucleotidi:
| mostra gDNA | Campione di tissutu |
| Concentrazione: ≥30 ng/μl | Piante: 1-2 g |
| Quantità: ≥2 μg (Volume ≥15 μl) | Animali: 0,5-1 g |
| Purità: OD260/280 = 1.6-2.5 | Sangue sanu: 1,5 ml |
Flussu di travagliu di serviziu
Prughjettu di cuncepimentu
Consegna di mostra
estrazione di RNA
Custruzzione di biblioteca
Sequencing
Analisi di dati
Servizi post-vendita
1.Association analisi basi nantu Euclidean Distance (ED) à identificà regione candidatu.In a figura seguente
X-axis: numeru di cromosomi;Ogni puntu rapprisenta un valore ED di un SNP.A linea Nera currisponde à u valore ED adattatu.Un valore ED più altu indica una associazione più significativa trà u situ è u fenotipu.A linea di trattu rossu rapprisenta u limitu di associazione significativa.
2.Association analisi basatu senza SNP-index
X-axis: numeru di cromosomi;Ogni puntu rapprisenta u valore di l'indice SNP.A linea nera significa u valore di l'indice SNP adattatu.U più grande hè u valore, u più significativu hè l'associazione.
Casu BMK
U locus di trattu quantitativa di l'effettu maiò Fnl7.1 codifica una proteina abbundante di l'embriogenesi tardiva assuciata à a lunghezza di u collu di u fruttu in u pepino.
Publicatu: Rivista di Biotecnologia vegetale, 2020
Strategia di sequenza:
Genitori (Jin5-508, YN): Resequenza di u genoma tutale per 34 × è 20 ×.
Pool di DNA (50 à collu longu è 50 à collu corto): Resequencing per 61 × è 52 ×
I risultati chjave
In questu studiu, a pupulazione segregante (F2 è F2: 3) hè stata generata da attraversà a linea di pepino à collu longu Jin5-508 è YN à collu curtu.Dui pools di DNA sò stati custruiti da 50 individui estremi di collu longu è 50 individui estremi di collu curtu.QTL d'effettu maiò hè statu identificatu nantu à Chr07 da l'analisi BSA è a cartografia QTL tradiziunale.A regione candidata hè stata ulteriormente ristretta da cartografia fine, quantificazione di l'espressione genica è esperimenti transgenici, chì anu revelatu un gene chjave in u cuntrollu di a lunghezza di u collu, CsFnl7.1.Inoltre, u polimorfismu in a regione di u promotore CsFnl7.1 hè statu truvatu per esse assuciatu cù l'espressione currispondente.Ulteriori analisi filogenetiche suggerenu chì u locu Fnl7.1 hè assai prubabile di esse urigginatu da l'India.
 QTL-mapping in l'analisi BSA per identificà a regione candidata assuciata à a lunghezza di u collu di pepino |  Profili LOD di QTL di lunghezza di u collu di pepino identificati nantu à Chr07 |
Xu, X., et al."U locu di trattu quantitativa di l'effettu maiò Fnl7.1 codifica una proteina abbundante di embriogenesi tardiva assuciata à a lunghezza di u collu di u fruttu in pepino".Rivista di Biotecnologia vegetale 18.7 (2020).
