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I prudutti

16S/18S/ITS Amplicon Sequencing-PacBio

A subunità nantu à 16S è 18S rRNA chì cuntene sia regioni altamente conservate è ipervariabili hè una perfetta impronta molecolare per l'identificazione di organismi procarioti è eucarioti.Apprufittannu di a sequenza, sti ampliconi ponu esse mirati in basa di e parti cunsirvate è e regioni ipervariabili ponu esse cumpletamente carattarizati per l'identificazione microbica cuntribuiscenu à studii chì coprenu l'analisi di a diversità microbica, a tassonomia, a filogenesia, ecc. ) a sequenza di a piattaforma PacBio permette di ottene letture longu assai precise, chì puderanu copre ampliconi di lunghezza completa (circa 1,5 Kb).A vista allargata di u campu geneticu hà aumentatu assai a risoluzione in l'annotazione di spezie in a comunità di batteri o fungi.

piattaforma:PacBio Sequel II


Dettagli di serviziu

Risultati Demo

Studiu di casu

Vantaghji di serviziu

1

● Letture lunghe chì revelanu una sequenza completa di 16S/18S/ITS

● Chjama di basa assai precisa cù sequenza di modu PacBio CCS

● Risoluzione à livellu di spezie in annotazione OTU / ASV

● L'ultime QIIME2 analizà u flussu cù analisi diverse in termini di basa di dati, annotazione, OTU / ASV.

● Applicabile à diversi studii di a cumunità microbiana

● BMK pussede una vasta sperienza cù più di 100.000 campioni / annu, chì copre terra, acqua, gas, fanghi, feci, intestini, pelle, brodu di fermentazione, insetti, piante, etc.

● BMKCloud hà facilitatu l'interpretazione di dati chì cuntenenu 45 strumenti di analisi persunalizati

Specificazioni di serviziu

SequencingPiattaforma

Biblioteca

Dati cunsigliatu

Tempu di turnaround

PacBio Sequel II

SMRT-campana

5K/10K/20K Tags

44 ghjorni di travagliu

Analisi bioinformatica

● cuntrollu di qualità di dati crudu

● OTU clustering/De-noise (ASV)

● annotazione OTU

● diversità alfa

● diversità Beta

● Analisi intergruppu

● Analisi di associu contr'à fattori spirimintali

● Predizzione di geni di funzione

16sPacbio

Requisiti di mostra è consegna

Requisiti di mostra:

Perestratti di DNA:

Tipu di mostra

A quantità

Cuncentrazione

Purità

estratti di DNA

> 1 μg

> 20 ng/μl

OD260/280 = 1,6-2,5

Per i campioni ambientali:

Tipu di mostra

Prucedura di campionamentu cunsigliatu

Terra

Quantità di campionamentu: ca.5 g;A sostanza secca restante deve esse eliminata da a superficia;Macinate pezzi grossi è passanu per un filtru di 2 mm;Campioni aliquotati in EP-tube sterile o cyrotube per a riservazione.

Feces

Quantità di campionamentu: ca.5 g;Raccoglie e aliquote i campioni in un tubo EP sterile o un criotubo per prenotazione.

Cuntenuti intestinali

I campioni anu da esse processati in cundizioni asettiche.Lavà u tissutu cullatu cù PBS;Centrifugare le PBS e raccogliere il precipitante in tubi EP.

Sludge

Quantità di campionamentu: ca.5 g;Raccoglie e aliquote di campione di fango in un tubo EP sterile o un cryotube per prenotazione

Corpu d'acqua

Per a mostra cù una quantità limitata di microbica, cum'è l'acqua di u robba, l'acqua di pozzu, etc., Raccoglie almenu 1 L d'acqua è passa per un filtru di 0,22 μm per arricchisce microbial nantu à a membrana.Mantene a membrana in un tubu sterile.

A pelle

Raschiate cù cura a superficia di a pelle cù un tampone di cuttuni sterile o una lama chirurgica è mette in un tubu sterile.

Cunsigliu Cunsigliu di Campione

Freeze i campioni in nitrogenu liquidu per l'ora di 3-4 è almacenà in nitrogenu liquidu o -80 gradi à riservazione longu.U trasportu di mostra cù ghiaccio seccu hè necessariu.

Flussu di travagliu di serviziu

consegna di mostra

Consegna di mostra

Preparazione di a biblioteca

Custruzzione di biblioteca

Sequencing

Sequencing

Analisi di dati

Analisi di dati

Servizii dopu a vendita

Servizi post-vendita


  • Previous:
  • Next:

  • 1.Tasso di annotazione di V3 + V4 (Illumina)-basatu profiling microbial community vs. Full-length (PacBio)-basatu profiling.
    (I dati di 30 prughjetti scelti aleatoriamente sò stati applicati per statistiche)

    3

    2. Tasso di annotazione di a sequenza di l'ampliconu à longu andà à livellu di spezie in diversi tipi di mostra

    4

    3.Distribuzione di spezie

    5
    4.Arburu filogeneticu

    6

    Casu BMK

    L'esposizione à l'arsenicu induce danni à a barriera intestinali è l'attivazione conseguente di l'assi gut-fegato chì porta à inflammazioni è piroptosi di u fegatu in l'anatra.

    Publicatu:Scienza di l'ambiente tutale,2021

    Strategia di sequenza:

    Campioni: Control versus 8 mg / kg ATO gruppu esposti
    Rendimentu di dati di sequenza: 102,583 sequenze CCS crude in totale
    Control: 54,518 ± 747 CCS efficace
    ATO-esposta: 45.050 ± 1675 CCS efficace

    I risultati chjave

    diversità alfa:L'esposizione à l'ATO hà cambiatu significativamente a ricchezza microbiana intestinali è a diversità in l'anatra.

    Analisi di metastati:
    In u livellu di phylum: 2 phyla bacterial rilevati solu in gruppi di cuntrollu
    In u livellu di genus: 6 generi sò stati trovati significativamente diffirenti in abbundanza relativa
    In u livellu di spezie: 36 spezie sò state identificate in totale, cù 6 di elli significativamente differenti in abbundanza di rivivenza

    Riferimentu

    Thingholm, LB, et al."L'individui obesi cù è senza diabete di tipu 2 mostranu capacità è cumpusizioni funzionali microbiche di l'intestinu diffirenti".Cell Host & Microbe26.2 (2019).

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