16S/18S/ITS Amplicon Sequencing-PacBio
Vantaghji di serviziu
● Letture lunghe chì revelanu una sequenza completa di 16S/18S/ITS
● Chjama di basa assai precisa cù sequenza di modu PacBio CCS
● Risoluzione à livellu di spezie in annotazione OTU / ASV
● L'ultime QIIME2 analizà u flussu cù analisi diverse in termini di basa di dati, annotazione, OTU / ASV.
● Applicabile à diversi studii di a cumunità microbiana
● BMK pussede una vasta sperienza cù più di 100.000 campioni / annu, chì copre terra, acqua, gas, fanghi, feci, intestini, pelle, brodu di fermentazione, insetti, piante, etc.
● BMKCloud hà facilitatu l'interpretazione di dati chì cuntenenu 45 strumenti di analisi persunalizati
Specificazioni di serviziu
| SequencingPiattaforma | Biblioteca | Dati cunsigliatu | Tempu di turnaround |
| PacBio Sequel II | SMRT-campana | 5K/10K/20K Tags | 44 ghjorni di travagliu |
Analisi bioinformatica
● cuntrollu di qualità di dati crudu
● OTU clustering/De-noise (ASV)
● annotazione OTU
● diversità alfa
● diversità Beta
● Analisi intergruppu
● Analisi di associu contr'à fattori spirimintali
● Predizzione di geni di funzione
Requisiti di mostra è consegna
Requisiti di mostra:
Perestratti di DNA:
| Tipu di mostra | A quantità | Cuncentrazione | Purità |
| estratti di DNA | ＞ 1 μg | > 20 ng/μl | OD260/280 = 1,6-2,5 |
Per i campioni ambientali:
| Tipu di mostra | Prucedura di campionamentu cunsigliatu |
| Terra | Quantità di campionamentu: ca.5 g;A sostanza secca restante deve esse eliminata da a superficia;Macinate pezzi grossi è passanu per un filtru di 2 mm;Campioni aliquotati in EP-tube sterile o cyrotube per a riservazione. |
| Feces | Quantità di campionamentu: ca.5 g;Raccoglie e aliquote i campioni in un tubo EP sterile o un criotubo per prenotazione. |
| Cuntenuti intestinali | I campioni anu da esse processati in cundizioni asettiche.Lavà u tissutu cullatu cù PBS;Centrifugare le PBS e raccogliere il precipitante in tubi EP. |
| Sludge | Quantità di campionamentu: ca.5 g;Raccoglie e aliquote di campione di fango in un tubo EP sterile o un cryotube per prenotazione |
| Corpu d'acqua | Per a mostra cù una quantità limitata di microbica, cum'è l'acqua di u robba, l'acqua di pozzu, etc., Raccoglie almenu 1 L d'acqua è passa per un filtru di 0,22 μm per arricchisce microbial nantu à a membrana.Mantene a membrana in un tubu sterile. |
| A pelle | Raschiate cù cura a superficia di a pelle cù un tampone di cuttuni sterile o una lama chirurgica è mette in un tubu sterile. |
Cunsigliu Cunsigliu di Campione
Freeze i campioni in nitrogenu liquidu per l'ora di 3-4 è almacenà in nitrogenu liquidu o -80 gradi à riservazione longu.U trasportu di mostra cù ghiaccio seccu hè necessariu.
Flussu di travagliu di serviziu
Consegna di mostra
Custruzzione di biblioteca
Sequencing
Analisi di dati
Servizi post-vendita
1.Tasso di annotazione di V3 + V4 (Illumina)-basatu profiling microbial community vs. Full-length (PacBio)-basatu profiling.
(I dati di 30 prughjetti scelti aleatoriamente sò stati applicati per statistiche)
2. Tasso di annotazione di a sequenza di l'ampliconu à longu andà à livellu di spezie in diversi tipi di mostra
3.Distribuzione di spezie
4.Arburu filogeneticu
Casu BMK
L'esposizione à l'arsenicu induce danni à a barriera intestinali è l'attivazione conseguente di l'assi gut-fegato chì porta à inflammazioni è piroptosi di u fegatu in l'anatra.
Publicatu:Scienza di l'ambiente tutale,2021
Strategia di sequenza:
Campioni: Control versus 8 mg / kg ATO gruppu esposti
Rendimentu di dati di sequenza: 102,583 sequenze CCS crude in totale
Control: 54,518 ± 747 CCS efficace
ATO-esposta: 45.050 ± 1675 CCS efficace
I risultati chjave
diversità alfa:L'esposizione à l'ATO hà cambiatu significativamente a ricchezza microbiana intestinali è a diversità in l'anatra.
Analisi di metastati:
In u livellu di phylum: 2 phyla bacterial rilevati solu in gruppi di cuntrollu
In u livellu di genus: 6 generi sò stati trovati significativamente diffirenti in abbundanza relativa
In u livellu di spezie: 36 spezie sò state identificate in totale, cù 6 di elli significativamente differenti in abbundanza di rivivenza
Riferimentu
Thingholm, LB, et al."L'individui obesi cù è senza diabete di tipu 2 mostranu capacità è cumpusizioni funzionali microbiche di l'intestinu diffirenti".Cell Host & Microbe26.2 (2019).
