Taas nga kahusayan sa pagdiskobre sa marker- Ang high-throughput sequencing nga teknolohiya nagtabang sa SLAF-Seq sa pagdiskobre sa gatusan ka libo nga mga tag sulod sa tibuok genome.
Ubos nga pagsalig sa genome- Mahimo kining magamit sa mga espisye nga adunay o wala’y reference genome.
Flexible nga laraw sa laraw- Single-enzyme, dual-enzyme, multi-enzyme digestion ug lain-laing mga matang sa enzymes, ang tanan mahimong mapili aron sa paghatag sa lain-laing mga research tumong o espisye.Ang pre-evaluation sa silico gigamit aron masiguro ang labing maayo nga disenyo sa enzyme.
Epektibo nga enzymatic digestion- Ang pre-eksperimento gihimo aron ma-optimize ang mga kondisyon, nga naghimo sa pormal nga eksperimento nga lig-on ug kasaligan.Ang kahusayan sa pagkolekta sa tipik mahimong makab-ot sa 95%.
Parehas nga giapod-apod nga mga tag sa SLAF- Ang mga tag sa SLAF parehas nga giapod-apod sa tanan nga mga chromosome hangtod sa labing kadako, nga nakab-ot ang aberids nga 1 SLAF matag 4 kb.
Epektibo nga paglikay sa mga pag-usab- Ang nagbalikbalik nga pagkasunod-sunod sa datos sa SLAF-Seq gikunhoran ngadto sa ubos sa 5%, ilabina sa mga espisye nga adunay taas nga lebel sa pagsubli, sama sa trigo, mais, ug uban pa.
Lapad nga kasinatian-Kapin sa 2000 nga gisirado nga mga proyekto sa SLAF-Seq sa gatusan nga mga espisye nga naglangkob sa mga tanum, mammal, langgam, insekto, aqua-organismo, ug uban pa.
Gipalambo sa kaugalingon nga bioinformatic workflow- Usa ka hiniusa nga bioinformatic workflow alang sa SLAF-Seq gimugna sa BMKGENE aron masiguro ang pagkakasaligan ug katukma sa katapusan nga output.
Plataporma | Conc.(ng/gl) | Total (ug) | OD260/280 |
Illumina NovaSeq | >35 | >1.6(Tomo>15μl) | 1.6-2.5 |
Pagsunod-sunod nga giladmon: 10X/Tag
Gidak-on sa Genome | Girekomenda nga SLAF Tags |
<500 Mb | 100K o WGS |
500 Mb- 1 Gb | 100 K |
1 Gb -2 Gb | 200 K |
Higante o komplikado nga mga genome | 300 - 400K |
Mga aplikasyon
| Girekomenda Population Scale
| Estratehiya sa pagkasunodsunod ug giladmon
| |
Kalalim
| Numero sa Tag
| ||
GWAS
| Sample nga numero ≥ 200
| 10X
|
Sumala sa gidak-on sa genome
|
Genetic nga Ebolusyon
| Indibidwal sa matag usa subgroup ≥ 10; kinatibuk-ang sample ≥ 30
| 10X
|
Kontainer: 2 ml centrifuge tube
Alang sa kadaghanan sa mga sample, among girekomenda nga dili tipigan sa ethanol.
Sample nga pag-label: Ang mga sample kinahanglan nga klaro nga gimarkahan ug parehas sa gisumite nga porma sa impormasyon sa sample.
Pagpadala: Dry-ice: Ang mga sample kinahanglan nga ibutang una sa mga bag ug ilubong sa dry-ice.
1. Estadistika sa resulta sa mapa
2. Pag-uswag sa marka sa SLAF
3. Pagkalainlain nga anotasyon
Tuig | Journal | IF | Titulo | Mga aplikasyon |
2022 | Mga komunikasyon sa kinaiyahan | 17.694 | Genomic nga basehan sa giga-chromosome ug giga-genome sa tree peony Paeonia ostii | SLAF-GWAS |
2015 | Bag-ong Phytologist | 7.433 | Domestication footprints anchor genomic rehiyon sa agronomic importansya sa soybeans | SLAF-GWAS |
2022 | Journal of Advanced Research | 12.822 | Genome-wide artificial introgressions sa Gossypium barbadense ngadto sa G. hirsutum ipadayag ang labaw nga loci alang sa dungan nga pagpauswag sa kalidad ug abot sa cotton fiber mga kinaiya | SLAF-Ebolusyonaryong genetics |
2019 | Molekular nga Tanum | 10.81 | Populasyon Genomic Analysis ug De Novo Assembly Nagpadayag sa Sinugdanan sa Weedy Rice isip Ebolusyonaryong Dula | SLAF-Ebolusyonaryong genetics |
2019 | Mga Genetika sa Kinaiyahan | 31.616 | Genome sequence ug genetic diversity sa komon nga carp, Cyprinus carpio | SLAF-Linkage nga mapa |
2014 | Mga Genetika sa Kinaiyahan | 25.455 | Ang genome sa kultibado nga mani naghatag og panabut sa legume karyotypes, polyploid ebolusyon ug crop domestication. | SLAF-Linkage nga mapa |
2022 | Plant Biotechnology Journal | 9.803 | Ang pag-ila sa ST1 nagpadayag sa usa ka pagpili nga naglambigit sa hitchhiking sa seed morphology ug lana sulod sa panahon sa soybean domestication | Pag-uswag sa SLAF-Marker |
2022 | Internasyonal nga Journal sa Molecular Sciences | 6.208 | Identification ug DNA Marker Development alang sa Wheat-Leymus mollis 2Ns (2D) Disomic Chromosome Substitution | Pag-uswag sa SLAF-Marker |