Gamay nga RNA sequencing-Illumina
Mga Bentaha sa Serbisyo
● ang unang base sa 5 'katapusan adunay usa ka lig-on nga gusto alang sa U sa pagkuha sa piho nga RNAs
● miRNA target gene prediksiyon
● Ang datos gigamit sa paghimo sa hiniusang pagtuki sa mRNA
● miRNA differential expression
● miRNA target gene prediksiyon
● Paghatud sa resulta nga gibase sa BMKCloud: Ang customized data-mining anaa sa plataporma
● After-sale nga mga serbisyo balido sulod sa 3 ka bulan human sa proyekto
Sample nga Kinahanglanon ug Paghatud
| Library | Plataporma | Girekomenda nga datos | Data QC |
| sRNA | Illumina SE50 | 10M/20M nga pagbasa | Q30≥85% |
Sample nga Kinahanglanon:
Nucleotides:
| Conc.(ng/μl) | Gidaghanon (μg) | Kaputli | Integridad |
| ≥ 80 | ≥ 0.5 | OD260/280=1.7-2.5 OD260/230=0.5-2.5 Limitado o walay kontaminasyon sa protina o DNA nga gipakita sa gel. | Para sa mga tanom: RIN≥7.5; Para sa mga mananap: RIN≥8.0; 5.0≥28S/18S≥1.0; limitado o walay baseline elevation |
*Para sa tissue nga mas gamay sa 5 mg, among girekomenda nga magpadala ug flash frozen(sa liquid nitrogen) tissue sample.
Pagsuspinde sa selula: Ihap sa selula = 3×107
* Girekomenda namon nga ipadala ang frozen cell lysate.Sa kaso nga ang cell nag-ihap nga mas gamay sa 5 × 105, girekomendar ang flash frozen sa liquid nitrogen.
Mga sample sa dugo:
PA×geneBloodRNATube;
6mLTRIzol ug 2mL nga dugo(TRIzol:Dugo=3:1)
Girekomenda nga Sample Delivery
sudlanan:
2 ml centrifuge tube (Tin foil dili girekomendar)
Sample nga pag-label: Grupo+kopya eg A1, A2, A3;B1, B2, B3...
pagpadala:
1.Dry-ice: Ang mga sample kinahanglan nga ibutang sa mga bag ug ilubong sa dry-ice.
2.RNAstable tubes: RNA samples mahimong mamala sa RNA stabilization tube(eg RNAstable®) ug ipadala sa lawak temperatura.
Daloy sa Trabaho sa Serbisyo
Eksperimento nga disenyo
Sample nga paghatod
Pagkuha sa RNA
Pagtukod sa librarya
Pagsunodsunod
Pagtuki sa datos
After-sale nga serbisyo
Bioinformatics
1.miRNA Identification
Ang matag kandidato nga pasiuna sa mga nobela nga miRNA nga gitagna sa miRDeep2 adunay usa ka pdf nga numero nga nagpakita sa istruktura ug giladmon sa pagkasunud niini.
miRNA precursor structure ug sequencing depth
2.KEGG Pagpalambo sa DE-miRNA Targeted Genes
Sa kini nga sesyon, una nga gisusi sa Biomarker kung ang mga agianan sobra nga presentasyon sa mga gipunting nga mga gene sa DE-miRNA.Ang enrichment factor ug fisher test gigamit sa pagdeterminar sa enrichment degree ug kamahinungdanon sa agianan.Ang equation sa kalkulasyon sa pagpadato gipakita sa ubos.
KEGG pathway enrichment sa DE-miRNA nga gipunting nga mga gene
3.GO Enrichment Analysis sa DE-miRNA Targeted Genes
Ang clusterProfiler gigamit sa pag-analisa sa pagpaayo sa GO sa mga target nga gen sa DE-miRNA.Ang gidirekta nga acyclic graph sa gipadato nga mga termino gihimo aron ipakita ang hierarchical nga istruktura sa mga termino.Sa numero, ang direksyon sa mga arrow nagrepresentar sa mga relasyon sa paglakip tali sa mga termino, ie ang mga node mas espesipiko kay sa ilang mga upper node.Ang gitumong nga acylic graph sa DE-miRNA nga gipunting nga mga gene gipakita sa numero sa ubos.
Gidirekta sa TopGO ang acyclic graph sa DE-miRNA nga gipunting nga mga gene
Kaso sa BMK
Ang Integrated Analysis sa MiRNA ug Genes nga Nalambigit sa Meat Quality Nagpadayag nga ang Gga-MiR-140-5p Makaapektar sa Intramuscular Fat Deposition sa mga Manok
Gipatik:Cellular Physiology ug Biochemistry,2018
Pangunang mga resulta
Ang ulahing panahon sa pagpamunga nga mga hens nagpakita sa ubos nga global nga lebel sa ekspresyon sa miRNAs kay sa juvenile hens.
Usa ka regulatory network sa mirNA-mrna nga mahimong makaapekto sa kalidad sa karne gihimo
Ang gga-miR-140-5p nagpasiugda sa pagkalahi sa adipocyte pinaagi sa pagpaubos sa pag-regulate sa RXRG.
 Ang gga-miR-140-5p nagpasiugda sa pagkalahi sa intramuscular preadipocyte sa manok pinaagi sa pag-target sa 3'UTR sa RXRG |
Reperensya
Zhang M, Li DH, Li F, ug uban pa.Ang Integrated Analysis sa MiRNA ug Genes nga Nalambigit sa Meat Quality Nagpadayag nga ang Gga-MiR-140-5p Makaapektar sa Intramuscular Fat Deposition sa mga Manok[J].Cellular Physiology ug Biochemistry, 2018: 2421-2433.DOI: 10.1159/000489649
